זוהי הפקודה faidx שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
faidx - אחזר רצפים מ-FASTA
תַקצִיר
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-ו] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--גרסה] fasta
[אזורים [אזורים ...]]
תיאור
אחזר רצפים מ-FASTA. אם לא צוינו אזורים, כל הערכים בקובץ הקלט הם
חזר. קובץ FASTA הקלט חייב להיות כרוך בשורה באופן עקבי, וגלישת שורה של הפלט
מבוסס על אורכי קו קלט.
אפשרויות
מקומי טיעונים
קובץ fasta FASTA
אזורים
אזורי רצף מופרדים בחלל כדי להביא למשל. chr1:1-1000
אופציונלי טיעונים
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-b מיטה, --מיטה BED
קובץ מיטה של אזורים
-o הַחוּצָה, --הַחוּצָה החוצה
שם קובץ הפלט (ברירת מחדל: stdout)
-i {מיטה,מגודל,נוקלאוטיד,טרנספוס}, --שינוי צורה
{מיטה, chromsizes, nucleotide, transposed}
להפוך את האזורים המבוקשים לפורמט אחר. ברירת מחדל: אין
-c, --מַשׁלִים
משלימים את הרצף. ברירת מחדל: False
-r, --לַהֲפוֹך
להפוך את הרצף. ברירת מחדל: False
-n, --ללא שמות
להשמיט שמות רצפים מהפלט. ברירת מחדל: False
-f, --שמות מלאים
פלט שמות מלאים כולל תיאור. ברירת מחדל: False
-x, --פיצול קבצים
כתוב כל אזור לקובץ נפרד (שמות נגזרים מאזורים)
-l, --עָצֵל
מלא --default-seq לטווחים חסרים. ברירת מחדל: False
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
בסיס ברירת מחדל למיקומים חסרים ולמיסוך. ברירת מחדל: N
-d DELIMITER, --מפריד מפריד
מפריד לפיצול שמות למספר ערכים (שמות כפולים יהיו
מוּשׁלָך). ברירת מחדל: אין
-g REGEX, --רגקס REGEX
ביטוי רגולרי לסינון שמות רצפים שאינם תואמים. ברירת מחדל: .*
-m, --mask-with-default-seq
מסווה את קובץ FASTA באמצעות --default-seq ברירת מחדל: False
-M, --מסכה לכל מקרה
מסווה את קובץ ה-FASTA על ידי שינוי לאותיות קטנות. ברירת מחדל: False
--גִרְסָה
הדפס מספר גרסה של pyfaidx
השתמש ב-faidx באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
