freecontact - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

freecontact - מנבא מגע מהיר של חלבון

תַקצִיר

צור קשר חופשי [אופציה]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | מגע חופשי
--parprof evfold > contacts.out

freecontact --ali=אליפיל --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --צפיפות=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[שטוח|xml]
--mincontsep=NUM --output-format=[evfold|pframat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --חוטים=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --שקט --גרסה

תיאור

FreeContact הוא מנבא מגע של שאריות חלבון המותאם למהירות. FreeContact יכול
לתפקד כירידה מואצת עבור מנבאי הקשר שפורסמו EVfold-mfDCA של
DS. מרקס וחב'. (2011) [1], ו-PSICOV של D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact מואצת על ידי שילוב של הוראות וקטוריות, שרשורים מרובים ו
יישום מהיר יותר של חלקי מפתח. בהתאם ליישור, מהירות של פי 8 ומעלה
אפשריים.

נדרש יישור גדול מספיק לתוצאות משמעותיות. כמינימום, א
יישור עם ספירת רצף יעילה (לאחר השקילה) גדולה יותר מאורך ה-
יש להשתמש ברצף שאילתות. יישור עם עשרות אלפי רצפים (יעילים).
נחשבים לקלט טוב.

ג'קהמר(1) או hhblits(1) יכול לשמש ליצירת היישורים, למשל.

[1] PLoS One. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 בדצמבר.
מבנה תלת-ממד של חלבון מחושב ממגוון רצף אבולוציוני. מרקס DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] ביואינפורמטיקה. 2012 בינואר 15;28(2): 184-90. Epub 2011 17 בנובמבר. PSICOV: מדויק
חיזוי מגע מבני באמצעות הערכת שיתופיות הפוכה דלילה על מכפלה גדולה
יישור רצף. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

קֶלֶט
הפורמטים הבאים נתמכים:

דירה
נעשה שימוש בפורמט קובץ הקלט הפשוט הבא:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
רצף שאילתות עם כניסות נטול גבס
-מיושר---רצף--עם-פערים-----
אחר-מיושר------------ רצף

שורות הכותרת '#' הן אופציונליות. קווי כותרת משמשים לחישוב שאריות מגע
מספרים וכדי לחפש שאריות שאילתות בהתאמה עבור פורמטי פלט מסוימים.

אם לא מוגדרת שאילתה, הרצף הראשון ביישור משמש כשאילתה
סדר פעולות. אסור לרצף השאילתה להכיל פערים ביישור.

כל שורות היישור חייבות להיות באותו אורך, ויכולות להכיל רק
[אבגדהוזחטיכלמנסעפצקרשת-]. [B] ממופה ל-[D], [Z] ממופה ל-[E], [JOUX] הם
ממופה ל-[X]. [X] מתאים רק את עצמו עבור התוכנית כולה.

ניתן להמיר יישורי קלט A2M לפורמט שלעיל באמצעות
/usr/share/freecontact/a2m2aln. ניתן להשתמש ב-a2m2aln לצינור היישור ישירות
למגע חופשי.

xml מסמך XML עם אחדhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
אלמנט, המוגדר בסכימת FreeContact [4] הנגזרת מ-BioXSD [5].

דוגמא: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

תְפוּקָה
פורמט הפלט המקורי EVfold-mfDCA או PSICOV משמש כברירת מחדל כאשר ההתאמה
נבחר פרופיל פרמטר.

להתגלות (EVfold-mfDCA)
5 ק 6 ל 0.332129 3.59798
| | | | | + ציון איש קשר נורמה מתוקנת (CN).
| | | | + ציון מידע הדדי (MI).
| | | + קוד שאריות חומצת אמינו ליצירת קשר
| | + מספר שאריות מגע
| + קוד שאריות חומצת אמינו ליצירת קשר
+ מספר שאריות מגע

אנשי הקשר ממוינים לפי מספר שאריות.

pframat_rr (PSICOV)
פורמט חיזוי הפרדת שאריות ושאריות CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + ציון איש קשר
| | +-+ טווח [Å] של מרחק Cb-Cb החזוי עבור צמד השאריות
| | (C-alpha עבור גליצינים)
| | שני שדות אלה אינם משתנים בפלט.
| + מספר שאריות מגע
+ מספר שאריות מגע

אנשי הקשר ממוינים לפי ניקוד, יורד.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
מסמך XML עם אחדhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
אלמנט, המוגדר בסכימת FreeContact [4] הנגזרת מ-BioXSD [5].

דוגמא: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

הערה: מכיוון ש-BioXSD נמצא בפיתוח פעיל בשיתוף פעולה עם FreeContact, ה-
סכימת FreeContact עשויה למעשה להיות נגזרת מגרסה שעדיין לא זמינה ב-[5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

ייתכן שהפלט לא יפרט את כל אנשי הקשר האפשריים.

ביבליוגרפיה

הוגש. FreeContact: חיזוי ישיר של שאריות-שאריות מגע מהיר וחינמי.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

אפשרויות

-a [ --threads ] arg
שרשורים לשימוש [0-). 0 פירושו כמה כמו ליבות.

--apply-gapth arg
כאשר זה נכון, אל תכלול עמודות ושורות שאריות עם תדירות פער משוקלל > --פער
ממטריצת השונות [בוליאנית].

-c [ --clustpc ] arg
אחוז מקבץ BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
אם זה נכון, השאר חומצת אמינו אחת מחוץ למטריצת השונות, מה שהופך אותה ללא קביעת יתר
[בוליאנית].

-ד [ --צפיפות ] arg
צפיפות מטריצת יעד דיוק [0-1]. מַעֲרֶכֶת 0 כדי לא לשלוט בצפיפות.

--לנפות
הפעל איתור באגים.

--estimate-ivcov arg
השתמש באומדן מטריצת שיתופיות הפוכה במקום היפוך מטריצה ​​[בוליאנית].

-f [ --ali ] arg (=-)
קובץ יישור [נתיב]. אם '-', קלט סטנדרטי. ברירת מחדל: '-'.

-g [ --gapth ] arg
סף תדירות פער משוקלל (0-1].

-h [ --עזרה ]
הפק הודעת עזרה זו.

-i [ --input-format ] arg (=שטוח)
פורמט קלט [שטוח|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
פסק זמן להערכת מטריצת שיתופיות הפוכה בשניות [0-). מוחל על כל סטייה
להתקשר באופן עצמאי. אם מתרחש פסק זמן, התוכנית יוצאת עם סטטוס 2.

--mincontsep arg
הפרדת זוג שאריות מגע מינימלית מבחינה רצף נתונה בחומצות אמינו כ
(ji>=arg). 1 עבור שאריות סמוכות. [1-).

-o [ --output-format ] arg
פורמט פלט [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=ברירת מחדל)
פרופיל פרמטר (אופציונלי) [ברירת מחדל|evfold|psicov]. פרופיל ברירת המחדל הוא להתגלות.

ניתן להשתמש בארגומנטים של שורת הפקודה כדי לעקוף ערכי פרופיל.

להתגלות
מפעיל מצב תאימות EVfold-mfDCA [1].

פסיקוב
מפעיל מצב תאימות PSICOV [2].

psicov-sd
מפעיל מצב ברירת מחדל הגיוני של PSICOV [2]: ברירת מחדל קבועה, ללא בקרת צפיפות.

-w [ --pscount-weight ] arg
משקל פסאודו-ספירת [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
ספאודו-ספירת [0-).

--זְרִיזוּת
הדפס פרמטרים יעילים על שגיאת תקן. השתמש באפשרות זו כדי לראות אילו פרמטרים
מגע חופשי(1) מנוהל עם בפירוט. זה שימושי במיוחד כאשר --פרפרוף
אפשרות משמשת בשילוב עם אפשרויות אחרות.

--rho arg
ערך התחלתי של פרמטר הסדרת Glasso [0-). אם שלילי, בחר ערך
באופן אוטומטי.

--שקט arg (=0)
הדפס רק הודעות שגיאה על שגיאה רגילה. לא משפיע --לנפות.

--veczw arg
השתמש בשקלול רצף וקטורי כאשר זמין [בוליאני].

--גִרְסָה
גרסת הדפסה.

יְצִיאָה סטָטוּס

0 אין שגיאה - הצלחה.

1 שגיאה לא מוגדרת.

2 פסק זמן (ראה --icme-timeout) התרחש.

דוגמאות

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

אורים

לביצועים מיטביים, השתמש בתוכנת האלגברה ליניארית מכווננת אוטומטית (ATLAS)
ספריה הידור on מה היא מכונה שבו מופעל freecontact.

השתמש ב-freecontact באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net