fsl - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

fsl - כלי ניתוח להדמיית מוח FMRI, MRI ו-DTI

תיאור

FSL הוא ערכת כלים מקיפה לניתוח נתוני הדמיה מוחית רפואית. זה
מספק כלים לעיבוד מוקדם של נתונים, מיצוי מוח, רישום תמונה וכן א
קשת רחבה של ניתוחים סטטיסטיים. FSL מספק GUI קל לשימוש.

FSL מחייב מספר משתני סביבה כדי להיות מוגדרים כראוי. כדי להשיג זאת,
אנא מקור את סקריפט התצורה מ-/etc/fsl/5.0/fsl.sh. דרך אחת לעשות זאת
אוטומטית היא להוסיף שורה המכילה

. /etc/fsl/5.0/fsl.sh

לקובץ .bashrc בספריית הבית של המשתמש (או קובץ מתאים עבור קונכיות אחרות
מאשר בש). ייתכן שתצטרך ליצור קובץ כזה תחילה.

לחלופין, חבילת Debian מתקינה קישורים סימליים עבור כל כלי ה-FSL ב / usr / bin זֶה
לדאוג לטעינת התצורה המתאימה באופן אוטומטי. שמות ה-Symlink הם
קידומת של המתאים FSL גרסה כדי למנוע התנגשויות שמות קבצים ולאפשר
גרסאות מרובות שיתקיימו במקביל באותה מערכת. לדוגמה, ה פרוס פקודה היא
זמין כ fsl5.0-slicer. שימו לב כי לשימוש FSL כלים דרך סימלינקים אלה
לֹא הכרחי לביצוע הליך ההגדרה המתואר לעיל. עם זאת, נוחות זו
התכונה היא ספציפית לדביאן. סקריפטים המשתמשים בפקודות FSL ומיועדים לשיתוף
עם אחרים צריך להסתמך על שמות פקודות ללא קידומת ועל משתנה סביבת FSL
להכין.

אל האני FSL ממשק משתמש מתייחס לפעמים ל- FSLDIR. במערכות דביאן זה
/usr/share/fsl/5.0 עבור FSL גרסה 5.0.

FSL תיעוד ועזרה מקוונת מסופקים על ידי fsl-5.0-doc חֲבִילָה.

שאלות לגבי השימוש ב FSL או תיאוריה קשורה ניתן לפרסם ב FSL דיוור
רשימה (ראה http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).

מקבילה

ניתן להגדיר את FSL להגשת עבודות ל-Sun Gridengine (SGE) הפועל. אמנם לא כולם
פונקציונליות המיושמת ב-FSL תומכת בהקבלה מסוג זה, התובענית ביותר
כלי עיבוד (למשל POSSUM ו-FDT) עושים זאת.

FSL אמור להיות מסוגל להשתמש ב-SGE גם אם משתנה הסביבה SGE_ROOT לא מוגדר, כמו ב
המקרה של חבילת דביאן של SGE. כדי לאפשר עיבוד אצווה פשוט הגדר

FSLPARALLEL=1

במעטפת שבה פועל FSL. ניתן להפעיל זאת לצמיתות ב

/etc/fsl/5.0/fsl.sh

או על בסיס מקרה לגופו.

השתמש ב-fsl באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net