זהו הפקודה גנום-music-bmr-calc-wig-covgp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
גנום מוזיקת bmr calc-wig-covg - ספירת בסיסים מכוסים לכל גן עבור כל מסלול התנועות נתון
קובץ פורמט.
גִרְסָה
מסמך זה מתאר מוזיקת גנום bmr calc-wig-covg גרסה 0.04 (2016-01-01 בכתובת
23: 10: 18)
תַקצִיר
גנום מוזיק bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?
שימוש כללי:
... מוזיקה bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
נדרש טיעונים
קובץ roi טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של ROIs [chr start stop gene_name] (ראה תיאור)
רצף התייחסות טקסט
נתיב לרצף הפניה בפורמט FASTA
רשימת פאות טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של קובצי WIG [sample_name wig_file] (ראה תיאור)
פלט-dir טקסט
ספרייה שבה ייכתבו קבצי פלט וספריות משנה
תיאור
סקריפט זה סופר בסיסים עם כיסוי מספיק בהחזר ה-ROI של כל גן מהנתון
קבצי פורמט מסלול נדנוד, ומסווג אותם ל- AT, CG (ללא CpG) ו-CpG.
זה גם מוסיף את ספירות הבסיס הללו על פני כל ההחזרים על ההשקעה של כל גן עבור כל דגימה, אבל
בסיסים מכוסים שנמצאים בתוך ROI חופפים אינם נספרים יותר מפעם אחת
הספירות הכוללות הללו.
טיעונים
--roi-קובץ
אזורי העניין (ROI) של כל גן הם בדרך כלל אזורים שמיועדים אליהם
ריצוף או מיזוג אקסון לוקוסים (מתמלילים מרובים) של גנים עם 2-bp
אגפים (צמתים ספייס). עבור ספירת בסיס לכל גן, בסיס חופף יהיה
נספר בכל פעם שהוא מופיע ב-ROI של אותו גן. כדי להימנע מכך, הקפד לעשות זאת
למזג יחד ROI חופפים של אותו גן. MergeBed של BEDtools יכול לעזור אם משתמשים בו
לכל גן.
---reference-sequence
רצף ההתייחסות בפורמט FASTA. אם אינדקס רצף הפניות לא נמצא
ליד קובץ זה (קובץ .fai), הוא ייווצר.
--רשימת פאות
ספק קובץ המכיל שמות לדוגמה ואת מיקומי הקובץ בפורמט של מסלול הנדנוד
כל אחד. השתמש בפורמט המופרד בטאבים [sample_name wig_file] לכל שורה. עמודות נוספות
כמו נתונים קליניים מותרים, אך מתעלמים מהם. ה-example_name חייב להיות זהה ל-
שמות דגימות גידולים המשמשים בקובץ MAF (עמודה 16, עם הכותרת
גידול_דגימת_ברקוד).
--output-dir
ציין ספריית פלט שבה ייווצר/יכתבו הדברים הבאים: roi_covgs:
ספריית משנה המכילה ספירות בסיס מכוסות לכל ROI עבור כל מדגם. gene_covgs:
ספריית משנה המכילה ספירות בסיס מכוסות לכל גן עבור כל דגימה. total_covgs:
קובץ המכיל את הכיסויים הכוללים שאינם חופפים לכל מדגם.
השתמש ב-genome-music-bmr-calc-wig-covgp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
