זהו גיאום הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
geom - מנתח קלט גיאומטריה מולקולרית בקואורדינטות קרטזיות.
תיאור
התכנית גיאום קורא קבוצה של קואורדינטות קרטזיות וקובע מהן את הקשר
מרחקים (בוהר ואנגסטרם), זוויות קשר, זוויות פיתול, זוויות מחוץ למישור
(אופציונלי), מומנטים של אינרציה וקבועי סיבוב.
קבצים נדרש
input.dat - קובץ קלט
ואחד מהבאים:
geom.dat - קובץ גיאומטריה
file11.dat - קובץ גיאומטריה/שיפוע בפורמט PSI
קבצים נוצר
geom.out - קובץ המכיל את הניתוח
קלט אפשרויות
אל האני גיאום לתוכנית יש את האפשרויות הבאות:
-h הדפס מידע עזרה (אפשרויות אלה).
-אסים [שם הקובץ]
קרא את הקלט בפורמט פלט ACES, כאשר כל שורה מורכבת מאטומי
סמל, מספר אטומי וקואורדינטות קרטזיות (ב-Bohr). הטיעון האופציונלי
הוא השם של קובץ הקלט הגיאומטריה, שברירת המחדל היא geom.dat.
-qchem [שם הקובץ]
קרא את הקלט בפורמט פלט QCHEM, כאשר כל שורה מורכבת מהאטום
מספר, הסמל האטומי וקואורדינטות קרטזיות (באנגסטרום). האופציונלי
ארגומנט הוא השם של קובץ הקלט הגיאומטריה, שברירת המחדל היא geom.dat.
-xyz [שם הקובץ]
קרא את הקלט בפורמט פלט XYZ. השורה הראשונה מכילה את המספר של
אטומים והשורה השנייה היא שורת הערות. שורות עוקבות כל אחת מכילה את
סמל אטומי וקואורדינטות XY ו-Z קרטזיות (באנגסטרום). האופציונלי
ארגומנט הוא השם של קובץ הקלט הגיאומטריה, שברירת המחדל היא geom.dat.
-אופס הדפס זוויות מחוץ למישור, כאשר הזווית abcd מוגדרת כזווית שנוצרה
לפי ה-ad הווקטורית והמישור המוגדר על ידי האטומים b, c ו-d.
DO_OOP = בוליאני
זהה לבורר שורת הפקודה -oop שתואר לעיל.
איזוטופים = מַטרִיצָה of ריאלים/מחרוזות
משמש לציון מסות שישמשו בחישוב מרכז המסה ו
קבועי סיבוב. מערך אחד מסופק עבור כל איזוטופומר לחישוב.
המערכים יכולים לערבב מספרי נקודה צפה עם מחרוזות שמציינות איזוטופים.
אם מערך זה לא ניתן וקובץ11.dat קיים, אז ההמונים יהיו
מתקבל על ידי המרת המספרים האטומיים בקובץ11. אם המונים לא ניתנים על ידי
ISOTOPES או לפי file11, אז לא יחושבו כמויות הקשורות למסה.
-g [שם הקובץ]
קרא קואורדינטות קרטזיות מקובץ שאינו file11.dat. אם שם קובץ לא
נתון, ברירת המחדל היא geom.dat. ההנחה היא שהקובץ החלופי הוא בפורמט
דומה לזה של geom.dat של PSI. מכיוון שקבצים כאלה אינם מכילים מספרים אטומיים,
מומנטי האינרציה וקבועי הסיבוב אינם מחושבים אם אפשרות זו
משמש.
READ_GEOM = בוליאני
אפשרות זו ב-input.dat מספרת גיאום כדי לקרוא את הגיאומטריה מ-geom.dat ב-PSI
פורמט geom.dat.
-a הדפס פרמטרים עבור כל מרחקי הזוגות.
PRINT_ALL_DIST = בוליאני
זהה ל-דגל שתואר לעיל.
-d מרחק
הדפס רק פרמטרים הכוללים זוגות של אטומים שהם פחות מ מרחק בוהר
בנפרד (ערך ברירת המחדל הוא 4.0 בוהר).
PRINT_DISTANCE = ערך
זהה לדגל -d שתואר לעיל.
-אנגסטרום
קואורדינטות הקלט הן באנגסטרום, לא בוהר.
אנגסטרום = בוליאני
If נכון, קואורדינטות הקלט הן באנגסטרום במקום בוהר. ברירת המחדל היא
שֶׁקֶר.
הדוגמה הבאה מיועדת לחישוב המידע הגיאומטרי עבור מים עם
כמה איזוטופים שונים. הגיאומטריה נקראת מ-geom.dat ולא מ-
file11.dat.
גאום: (
read_geom = נכון
איזוטופים = (
(OHH)
(מוזר)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 יוני 1998 גיאום(1)
השתמש ב-geom באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
