gff2aplot - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gff2aplot - המרת קבצי GFF עבור יישור זוגי ל-PostScript.

תַקצִיר

gff2aplot אפשרויות

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה את gff2aplot פקודה.

gff2aplot היא תוכנה שמציירת גרפי יישור מלאי צבע מקבצי GFF עבור זה
יישור ושני ביאורים של רצפים.

אפשרויות

מקף כפול על עצמו "--" מסמן סוף של האפשרויות ותחילת שמות קבצים (אם
הווה). ניתן להשתמש במקף בודד "-" כמציין מיקום STDIN. אפשרויות זמינות ו-a
תיאור קצר מופיע כאן:

-ח, - עזרה
הצג סיכום של אפשרויות.

--גִרְסָה
מציג את הגרסה הנוכחית ויוצא.

-ב, --מִלוּלִי
מצב מפורט, דוח מלא נשלח לשגיאה סטנדרטית (ברירת המחדל מוגדרת להצגה
רק אזהרות).

-V, --שם-קובץ-יומנים
הדוח נכתב לקובץ יומן.

-q, --שֶׁקֶט
מצב שקט, אל תציג הודעה/אזהרה לשגיאה סטנדרטית (דיווח בלבד)
שגיאות).

-פ, --גודל עמוד
הגדרת גודל עמוד מבין גודלים מוגדרים מראש, ראה להלן רשימה של עמודים זמינים
פורמטים).

--שוליים-שמאליים

--שוליים-ימין

--שוליים למעלה

--שוליים-תחתית
הגדרת כל שולי עמוד ל אם לא ניתנות יחידות, מניחים נקודות,
ניתן להשתמש בנקודות, מילימטרים, סנטימטרים או אינצ'ים (pt, mm, cm או in,
בהתאמה).

-ב, --צבע רקע
צבע רקע.

-ו, --צבע החזית
צבע חזית.

-T, --כותרת
הגדרת כותרת עלילה.

-ט, --כתוביות
כותרת משנה מגדירה את העלילה.

-איקס, --x-label
הגדרת תווית ציר X.

-י, --y-label
הגדרת תווית ציר Y.

-ל, --אחוז-תווית-קופסה
הגדרת תווית תיבת אחוזים.

-ל, --תווית-הקופסה-הנוספת
הגדרת תווית קופסה נוספת.

-איקס, --קואורדינטות-רצף-x

-S, --התחל-רצף-x
קובע את הנוקלאוטיד הראשון ברצף X.

-ה, --סוף-רצף-x
קובע את הנוקלאוטיד האחרון ברצף X.

-י, ---קואורדינטות-רצף-y

-ס, --התחל-רצף-y
קובע את הנוקלאוטיד הראשון ברצף Y.

, --סוף-רצף-y
קובע את הנוקלאוטיד האחרון ברצף Y.

--x-sequence-zoom

--y-sequence-zoom

-ז, --תקריב [ [-ס ] [-ה ] [-ס ] [-ה ] ]
אפשרות זו מגדילה את התצוגה של אזור שבחרת באמצעות -S,-E,-s,-e (כל 4 הסימנים אופציונליים).

-ז, --אזור-זום [ [-ס ] [-ה ] [-ס ] [-ה ] ]
אפשרות זו מסמנת אזור זום בגרף שלך, אך אינה מבצעת זום.

-א, --שם-היישור
הגדרת איזה יישור יוצג אם יש לך יותר מיישור אחד
בקלט ה-gff שלך.

-נ, --שם-רצף-x
הגדרת איזה רצף יוצג בציר ה-X.

-נ, --שם-רצף-y
הגדרת איזה רצף יוצג בציר ה-Y.

-ר, --aplot-xy-noteq
כברירת מחדל, צירי X ו-Y הם בעלי אורך זהה, אפשרות זו מבטלת התנהגות כזו, כך ש-X
ולרצף Y יהיו אורכי צירים פרופורציונליים לאורכם של הנוקלאוטידים.

-ר, --קנה מידה של צירי xy <X/Y יחס>
אפשרות זו מאפשרת להגדיר קנה מידה שונה בין אורכי צירי X ו-Y (לפי
ברירת המחדל היא '1'). ערכים מתחת ל-1 גורמים ל-Y להיות גדול מ-X, וערכים גדולים מ-1 גורמים ל-
נהיה X גדול יותר מ-Y. # חייב להיות מוסבר טוב יותר.

-W, --aln-scale-width
שינוי קנה מידה של ציון לפי רוחב עבור קווי Aplot.

-וו, --aln-scale-color
שינוי קנה מידה של ציון לפי צבע עבור קווי Aplot.

-ק, --הצג-סרטים
כפיית סרטים עבור כל התכונות על הצירים להיות: (N)אחד, (L)יניות, (R)יבונים, (B)אות.

-G, --הצג-רשת
מפעיל את הרשת (ברירת המחדל היא 'כבוי').

-ג, --הסתרת-רשת
מכבה את הרשת (אם היא מופעלת מקבצי התאמה אישית).

-אני, --הצג-אחוז-תיבת
מפעיל את תיבת האחוזים (ברירת המחדל היא 'כבוי').

-אני, --הסתרת-אחוז-תיבת
מכבה את תיבת האחוזים (אם מוגדרת כפעילה בקבצים מותאמים אישית).

-או, --הצגת-תיבה-נוספת
מפעיל את תיבת התוספת (ברירת המחדל היא 'כבוי').

-או, --הסתרת-תיבה-נוספת
מכבה את תיבת התוספת (אם מוגדרת כ-'פעילה' בקבצים מותאמים אישית).

-ד, --aplot-box-color
צבע רקע של תיבת Aplot הראשית.

-ד, --צבע-הקופסה-אחוז
צבע רקע של תיבת האחוזים.

-ב, --צבע-הקופסה-הנוספת
צבע רקע של תיבה נוספת.

--אזהרות ללא אזהרות
כבה אזהרות שעשויות להופיע על דמות ה-PostScript הסופית כאשר רצף X,
חסרים נתוני קלט של רצף Y ו/או יישור.

-א, --הסתר-קרדיטים
כבה את שורת הקרדיטים של gff2aplot בעלילה.

--לנפות
דיווח על תוכן משתנה בעת בדיקת התוכנית. דורש את קובץ דוח היומן
גם האפשרות הופעלה.

--פריסה-משתנה ' '

--רצף-משתנה ' '

--מקור-משתנה ' '

--strand-var ' '

--group-vari ' '

--תכונה-משתנה ' '
טוען משתנה התאמה אישית של feature/group/strand/source/sequence/layout מ-
שורת פקודה. ניתן להגדיר מספר משתנים על ידי חזרה על כל אחת מהאפשרויות הללו,
כְּלוֹמַר:
... --תכונה-משתנה 'cds::feature_shape=box'
--תכונה-משתנה 'cds::feature_color=blue' ...

-ג, --שם-קובץ-מותאם-למשתמש
טוען פרמטרים להתאמה אישית מקובץ נתון (אם ברירת המחדל היא ".gff2aplotrc"
(קיים נטען לפניו).

אלו הצבעים המוגדרים ב-gff2aplot:
+ צבעי ברירת מחדל: שחור לבן.
+ פלטת צבעים:
אפור ורוד מגנטה סגול כחול כחול שמיים ציאן ירוק ים
ירוק ליים צהוב כתום אדום חום
ניתן לקבל עד תשעה גווני צבע מ-Variable Colors עם "verydeep",
קידומות "עמוק", "כהה מאוד", "כהה", "בהיר", "בהיר מאוד", "חיוור" ו"חיוור מאוד",
כדוגמה:
כחול עמוק מאוד, כחול עמוק, כחול כהה מאוד, כחול כהה, כחול, כחול בהיר, כחול בהיר מאוד,
תכלת וכחול בהיר מאוד.
+ צבעים דינמיים: קשת בענן הדרגתית.

גדלי העמודים הבאים זמינים: מ-A0 עד A10, מ-B0 עד B10, 10x14,
מנהל, פוליו, ספר חשבונות, משפטי, מכתב, רביעיית, הצהרה וטבלואיד.

הסביבה וריאציות

ישנם שני משתני סביבה שניתן להגדיר על ידי משתמשים בהתאם להעדפותיהם:
+ ניתן לציין את הנתיב שבו gff2aplot יכול למצוא את קבצי ברירת המחדל באמצעות המעטפת
המשתנה "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". ערך ברירת המחדל הוא הנתיב שבו אתה מפעיל
gff2aplot.
+ ניתן גם להגדיר את שם הקובץ המותאם אישית שתרצה באמצעות המשתנה
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", שם הקובץ המותאם אישית המוגדר כברירת מחדל בתוכנית הוא ".gff2aplotrc".
+ כעת gff2aplot לא צריך לכתוב קובץ זמני, כך שגרסאות קודמות
משתנה נתיב הספרייה הזמני המוגדר כברירת מחדל ("GFF2APLOT_TMP") אינו בשימוש עוד.
+ הגדרת המשתנים הללו ב-Bourne-shell וב-C-shell:
שימוש ב-Bourne-Shell (למשל bash):
ייצוא GFF2APLOT_CUSTOMPATH="נתיב" ייצוא GFF2APLOT_CUSTOMFILE="שם_הקובץ"
שימוש ב-C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "נתיב" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "שם_קובץ"

השתמש ב-gff2aplot באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net