gff2ps - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gff2ps - מפיקה פלט גרפי PostScript מקבצי GFF.

תַקצִיר

gff2ps [אפשרויות] -- gff_files

תיאור

תוכנית זו שואבת DotPlots מלאי צבע מקבצים עם שדות נתונים בפורמט gff. ה
התוכנית לוקחת כקלט את התכונות המוערות ברצף גנומי בפורמט GFF, ו
מייצר פלט חזותי ב-PostScript.

אפשרויות

-h הצג סיכום של אפשרויות.

-H
מציג רק עזרה עבור האפשרות שצוינה.

-V מצב מפורט, דוח מלא נשלח לשגיאה רגילה (ברירת מחדל נשלחת בלבד
אזהרות).

-v מצב שקט: השבת את כל האזהרות, ללא הודעות שנשלחו לשגיאה רגילה.

-d כתוב (או שכתוב אם קיים) קובץ מותאם אישית המוגדר כברירת מחדל.

-D
צור קובץ ברירת מחדל מותאם אישית חדש עם שם הקובץ הנתון.

-C
טען קובץ מותאם אישית נתון והוסף לקובץ מותאם אישית ברירת מחדל (.gff2psrc).

-s
שימושי לשינוי גודל העמוד (ברירת המחדל היא a4).

-p מחליף את כיוון העמוד לפורטרט (ברירת המחדל היא לרוחב).

-G
מגדיר צבע עבור FOREGROUND (ברירת המחדל היא שחור).

-g
מגדיר צבע עבור BACKGROUND (ברירת המחדל היא לבן).

-P <#> מגדיר כמה עמודים נדרשים כדי לפצל את הפלט שלך (ברירת המחדל היא אחד).

-S <#> זום נוקלאוטיד ראשון (ברירת המחדל היא מקור הרצף).

-E <#> הגדל את הנוקלאוטיד האחרון (ברירת המחדל היא אורך הרצף).

-B <#> מגדיר בלוקים לכל עמוד (ברירת המחדל היא אחד).

-N <#> מגדיר נוקלאוטידים לכל שורה (ברירת המחדל היא מיקום הרצף הגדול ביותר מקלט gff-
קבצים).

-b חסימות משמאל לימין ומלמעלה למטה (ברירת המחדל היא מלמעלה למטה קודם).

-L כבה את הכותרת (אזור הכותרת).

-T
הגדרת כותרת (ברירת המחדל היא שם קובץ gff קלט).

-t
הגדרת כתוביות (ברירת המחדל היא ללא).

-l לא מציג מספור עמודים.

-O לא מראה תאריך.

-o לא מראה זמן.

-M <#> מספר הסימנים העיקריים בכל שורה (ברירת מחדל 10).

-K <#> קנה המידה העיקרי של סימני התקתק בנוקלאוטידים, ברירת המחדל היא אורך נוקלאוטיד עבור קווים
לחלק במספר הסימנים העיקריים (ראה אפשרות -T).

-m <#> מספר התיקונים הקטנים בין הסימנים העיקריים (ברירת מחדל 10).

-k <#> קנה המידה של סימנים קטנים בנוקלאוטידים ברירת המחדל היא גודל הסימנים העיקריים חלקי
מספר סימנים קלים (ראה אפשרות -t).

-וו, -f כבה את הצגת רכיבי גדיל קדימה (Watson).

-ג, -r כבה את הצגת רכיבי גדיל הפוך (קריק).

-i כבה את הצגת אלמנטים בלתי תלויים בגדיל.

-0
מגדיר צבע למסגרת "0" (ברירת המחדל היא כחול).

-1 מגדיר צבע למסגרת "1" (ברירת המחדל היא אדום).

-2 מגדיר צבע למסגרת "2" (ברירת המחדל היא ירוק).

-3 מגדיר צבע למסגרת "." (ברירת המחדל היא כתום).

-n כבה את התוויות עבור מיקומי הרכיב.

-a כבה את קו CopyRight על העלילה.

הסביבה וריאציות

ישנם שלושה משתנים סביבתיים שניתן להגדיר על ידי המשתמשים לפי העדפותיהם:

+ אתה יכול לציין את הנתיב שבו GFF2PS יכול למצוא את קבצי ברירת המחדל עם המעטפת
משתנה "GFF2PS_CFDIR". ערך ברירת המחדל הוא הנתיב שבו אתה מפעיל GFF2PS.
+ אתה יכול גם להגדיר את ברירת המחדל של שם הקובץ המותאם אישית שתאהב עם המשתנה
"GFF2PS_CUSTOMFILE", שם קובץ ברירת המחדל של התוכנית עבור קובץ מותאם אישית הוא ".gff2psrc".
+ GFF2PS צריך לכתוב כמה קבצים זמניים בספרייה עם הרשאות עבור הנוכחי
משתמש לקרוא ולכתוב. נתיב ברירת המחדל של ספרייה זמני מוגדר ל"/ tmp /" אבל אתה יכול
הקצה נתיב ספרייה זמני אחר באמצעות המשתנה "GFF2PS_TMP".

הגדרת הוורסים האלה ב-Bourne-shell (bash):
ייצוא GFF2PS_CFDIR="נתיב"
ייצוא GFF2PS_CUSTOMFILE="שם_קובץ"
ייצוא GFF2PS_TMP="נתיב"

שימוש ב-C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "נתיב"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "שם_קובץ"
setenv GFF2PS_TMP "נתיב"

תגובות

*הצבעים המוגדרים הם:
צבעים בסיסיים: שחור לבן
צבעים משתנים: אפור מגנטה סגול כחול שמיים כחול ציאן ירוק ים ירוק ליים ירוק צהוב
כתום אדום חום
אתה יכול לקבל חמישה גווני צבע מ Variable Colors עם "verydark", "כהה", "בהיר" ו
קידומות "קלילות מאוד". דוגמה: ים כהה ירוק כהה ירוק ים ירוק בהיר ירוק ים
ירוק מאוד בהיר

* גודלי הדפים שהוגדרו הם:
מ-A0 עד A10, מ-B0 ל-B10, 10x14, מנהל, פוליו, ספר חשבונות, משפטי, אות, קווטו,
הצהרה וצהובון.

השתמש ב-gff2ps באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net