זוהי הפקודה gff2ps שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gff2ps - מייצר פלט גרפי PostScript מקבצי GFF.
תַקצִיר
gff2ps [אפשרויות] -- gff_files
תיאור
תוכנית זו מציירת תרשימי DotPlots מלאי צבע מקבצים עם שדות נתונים בפורמט gff.
התוכנית מקבלת כקלט את המאפיינים המבוארים ברצף גנומי בפורמט GFF, ו
מייצר פלט חזותי ב-PostScript.
אפשרויות
-h הצג סיכום של אפשרויות.
-H
מציג עזרה רק עבור האפשרות שצוינה.
-V מצב מפורט, דוח מלא נשלח לשגיאה סטנדרטית (ברירת מחדל שולח רק
אזהרות).
-v מצב שקט: השבתת כל האזהרות, לא נשלחות הודעות לשגיאת שגיאה סטנדרטית.
-d כתוב (או כתוב מחדש אם קיים) קובץ מותאם אישית ברירת מחדל.
-D
צור קובץ מותאם אישית חדש כברירת מחדל עם שם הקובץ הנתון.
-C
טען את הקובץ המותאם אישית הנתון וצרף אותו לקובץ המותאם אישית המוגדר כברירת מחדל (.gff2psrc).
-s
שימושי לשינוי גודל העמוד (ברירת המחדל היא a4).
-p משנה את כיוון העמוד לאורך (ברירת המחדל היא לרוחב).
-G
קובע צבע עבור FOREGROUND (ברירת המחדל היא שחור).
-g
מגדיר את צבע הרקע (ברירת המחדל היא לבן).
-P <#> קובע כמה עמודים נדרשים לפיצול הפלט (ברירת המחדל היא אחד).
-S <#> הגדלה של הנוקלאוטיד הראשון (ברירת המחדל היא מקור הרצף).
-E <#> הגדלה של הנוקלאוטיד האחרון (ברירת המחדל היא אורך הרצף).
-B <#> מגדיר בלוקים לכל עמוד (ברירת המחדל היא אחד).
-N <#> קובע נוקלאוטידים לכל שורה (ברירת המחדל היא מיקום הרצף הגדול ביותר מהקלט gff-
קבצים).
-b בלוקים משמאל לימין ומלמעלה למטה (ברירת המחדל היא מלמעלה למטה תחילה).
-L כבה את הכותרת (אזור הכותרת).
-T
הגדרת כותרת (ברירת המחדל היא שם קובץ gff להקלט).
-t
הגדרת כתוביות (ברירת המחדל היא ללא).
-l לא מציג מספור עמודים.
-O לא מציג תאריך.
-o לא מראה זמן.
-M <#> מספר סימני וי עיקריים בכל שורה (ברירת מחדל 10).
-K <#> קנה מידה של סימני תיוג עיקריים בנוקלאוטידים, ברירת המחדל היא אורך נוקלאוטידים עבור קווים
חלקי מספר סימני הווית העיקריים (ראה אפשרות -T).
-m <#> מספר סימני וי משניים בין סימני וי עיקריים (ברירת מחדל 10).
-k <#> קנה המידה של סימני ה-ticksign הקטנים בנוקלאוטידים הוא ברירת המחדל היא גודל סימני ה-ticksign העיקריים חלקי
מספר סימני וי משניים (ראה אפשרות -t).
-וו, -f כבה את הצגת אלמנטים של גדיל קדמי (ווטסון).
-ג, -r כבה את הצגת אלמנטים של גדיל הפוך (קריק).
-i כבה את הצגת האלמנטים שאינם תלויים בגדיל.
-0
מגדיר צבע עבור מסגרת "0" (ברירת המחדל היא כחול).
-1 קובע צבע עבור מסגרת "1" (ברירת המחדל היא אדום).
-2 קובע צבע עבור מסגרת "2" (ברירת המחדל היא ירוק).
-3 קובע צבע עבור מסגרת "." (ברירת המחדל היא כתום).
-n כבה תוויות עבור מיקומי אלמנטים.
-a כבה את קו CopyRight בגרף.
הסביבה וריאציות
ישנם שלושה משתני סביבה שניתן להגדיר על ידי משתמשים בהתאם להעדפותיהם:
+ ניתן לציין את הנתיב שבו GFF2PS יכול למצוא את קבצי ברירת המחדל באמצעות המעטפת
המשתנה "GFF2PS_CFDIR". ערך ברירת המחדל הוא הנתיב שבו אתה מפעיל את GFF2PS.
+ ניתן גם להגדיר את שם הקובץ המותאם אישית שתרצה באמצעות המשתנה
"GFF2PS_CUSTOMFILE", שם הקובץ המותאם אישית המוגדר כברירת מחדל בתוכנית הוא ".gff2psrc".
+ GFF2PS צריך לכתוב כמה קבצים זמניים בספרייה עם הרשאות עבור הנוכחי
משתמש לקריאה וכתיבה. נתיב ברירת המחדל של הספרייה הזמנית מוגדר כ-"/ tmp /"אבל אתה יכול
הקצה נתיב ספרייה זמני אחר באמצעות המשתנה "GFF2PS_TMP".
הגדרת המשתנים הללו ב-Bourne-shell (bash):
ייצוא GFF2PS_CFDIR="נתיב"
ייצוא GFF2PS_CUSTOMFILE="שם_הקובץ"
ייצוא GFF2PS_TMP="נתיב"
שימוש ב-C-Shell (csh):
נתיב GFF2PS_CFDIR
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "שם_קובץ"
נתיב "setenv GFF2PS_TMP"
תגובות
* הצבעים המוגדרים הם:
צבעים בסיסיים: שחור לבן
צבעים משתנים: אפור, מג'נטה, סגול, כחול, כחול שמיים, ציאן, ירוק ים, ירוק ליים, צהוב
כתום אדום חום
ניתן לקבל חמישה גווני צבע מ-Variable Colors עם "dark מאוד", "dark", "light" ו-
קידומות "בהירות מאוד". דוגמה: verydarkseasgreen darkseasgreen seagreen lightseasgreen
ירוק ים בהיר מאוד
* גדלי העמודים המוגדרים הם:
מ-A0 עד A10, מ-B0 עד B10, 10x14, מנהלים, פוליו, ספר חשבונות, משפטי, מכתב, רביעייה,
הצהרה וצהובון.
השתמש ב-gff2ps באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
