זוהי הפקודה giira שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
giira - זיהוי גנים המשלב נתוני RNA-Seq וקריאות דו-משמעיות
תַקצִיר
ג'יירה -iG genomeFile.fasta -iR rnaFile.fastq -libPath
תיאור
GIIRA (זיהוי גנים המשלב נתוני RNA-Seq וקריאות עמימות) היא שיטה ל...
זיהוי אזורי גנים פוטנציאליים בגנום על סמך מיפוי RNA-Seq ושילובם
קריאות ממופות באופן דו משמעי.
אפשרויות
-h טקסט עזרה ויציאה
-iG [pathToGenomes] : ציין נתיב לספרייה עם קבצי הגנום בפורמט fasta
-iR [pathToRna] : ציין נתיב לספרייה עם קבצי RNA שנקראו בפורמט fastq
-תסריטים [absolutePath] : ציין את הנתיב המוחלט לתיקייה המכילה את
סקריפטים נדרשים לעזרה, ברירת מחדל: ספרייה של GIIRA.jar
אאוט [pathToResults] : ציין את הספרייה שתכיל את קבצי התוצאות
שם-out [outputName] : ציין את השם הרצוי עבור קבצי הפלט, ברירת מחדל: גנים
-haveSam [samfileName]: אם קובץ SAM כבר קיים, יש לספק את השם, אחרת יתבצע מיפוי.
בוצע. הערה: יש למיין את אותו קובץ לפי שמות הקריאה!
-nT [numberThreads] : מציין את המספר המקסימלי של הליכים המותרים לשימוש,
ברירת מחדל: 1
-mT [tophat/bwa/bwasw] : ציין את הכלי הרצוי למיפוי הקריאה, ברירת מחדל: tophat
-מ [int] : מציין את כמות הזיכרון ש-cplex רשאי להשתמש בה
-מקסימום תוצאות מדווחות [int] : אם משתמשים ב-BWA ככלי מיפוי, ציינו את המספר המקסימלי של
תוצאות מדווחות, ברירת מחדל: 2
-פרוקריוט אם צוין, הגנום מטופל כפרוקריוטי, לא מתבצעות קריאות שחבור
התקבלו, וגנים מבניים נפתרו. ברירת מחדל: n
-minCov [double] : ציין את הכיסוי המינימלי הנדרש של מיצוי מועמד הגן,
בְּרִירַת מֶחדָל: -1 (מוערך ממיפוי)
-maxCov [double] : סף כיסוי מקסימלי אופציונלי, ניתן להעריך אותו גם ממיפוי
(בְּרִירַת מֶחדָל)
סוף קוב [double] : אם הכיסוי יורד מתחת לערך זה, המועמד הפתוח כרגע
הגן סגור. ניתן להעריך ערך זה מהכיסוי המינימלי (-1);
בְּרִירַת מֶחדָל: -1
-דיספקוב [0/1] : הערכה (1) של היסטוגרמת הכיסוי עבור מיפוי הקריאה, ברירת מחדל: 0
-הַפסָקָה [int] : מציין את הגודל המינימלי של מרווח בין גנים מועמדים קרובים, אם
"-1" שווה לאורך הקריאה. ברירת מחדל: -1
-splLim [double] : ציין את הכיסוי המינימלי הנדרש כדי לקבל אתר חיבור,
אם-1) הסף שווה ל- minCov, ברירת מחדל: -1
-rL [int] : ציין אורך קריאה, אחרת מידע זה מופק מקובץ SAM
(בְּרִירַת מֶחדָל)
-samForSexual [pathToSamFile] : אם רוצים לנתח כרומוזומים ב-
באופן רציף, לספק קובץ SAM ממוין כרומוזומים בנוסף לזה
ממוין לפי שמות שנקראו, ברירת מחדל: noSurfing
-noAmbiOpti אם צוין, התאמות דו-משמעיות לא ייכללו בניתוח
-settingMapper [(רשימת פרמטרים)] : רשימה מופרדת בפסיקים של הפרמטרים הרצויים
עבור TopHat או BWA. אנא ספקו
עבור כל פרמטר זוג של אינדיקטור וערך, מופרדים בסימן שוויון.
שימו לב שפרמטרים המיועדים לשלושת החלקים השונים (אינדקס, aln, sam) של BWA
יש להפריד באמצעות פס קטן
דוגמא: -settingMapper [-a=is_-t=5,-N_-n=5]
השתמש ב-giira באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
