זוהי הפקודה glam2 שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
glam2 - יישור מוטיבים מקומי מרווח
תַקצִיר
גלאם2 [אפשרויות] אלפבית my_seqs.fa
אלפבית מלבד p or n מתפרש כשם של קובץ אלפביתי.
תיאור
GLAM2 היא חבילת תוכנה למציאת מוטיבים ברצפים, בדרך כלל חומצות אמינו או
רצפי נוקלאוטידים. מוטיב הוא תבנית רצף שחוזרת על עצמה: דוגמאות טיפוסיות הן ה
קופסת TATA ומוטיב הפרנילציה CAAX. החידוש העיקרי של GLAM2 הוא שהוא מאפשר
הוספות ומחיקות במוטיבים.
אפשרויות (בְּרִירַת מֶחדָל הגדרות)
-h
הצג את כל האפשרויות והגדרות ברירת המחדל שלהן.
-o
קובץ פלט (stdout).
-r
מספר ריצות יישור (10).
-n
סיים כל ריצה לאחר כל כך הרבה איטרציות ללא שיפור (10000).
-2
בדוק את שני הגדילים - משלימים קדימה ואחורה.
-z
מספר מינימלי של רצפים ביישור (2).
-a
מספר מינימלי של עמודות מיושרות (2).
-b
מספר מקסימלי של עמודות מיושרות (50).
-w
מספר ראשוני של עמודות מיושרות (20).
-d
קובץ תערובת דיריכלה.
-D
מחיקה פסאודו-ספירת (0.1).
-E
ספירת פסאודו ללא מחיקה (2.0).
-I
הוספת פסאודו-ספירת (0.02).
-J
ספירת פסאודו ללא הכנסה (1.0).
-q
משקל עבור שפע של שאריות גנרי לעומת רצף-סט ספציפי (1e + 99).
-t
טמפרטורה התחלתית (1.2).
-c
מקדם קירור לכל n איטרציות (1.44).
-u
גבול תחתון של טמפרטורה (0.1).
-p
הדפס מידע התקדמות בכל איטרציה.
-m
מהלכי דגימת עמודות לכל מהלך דגימת אתר (1.0).
-x
אלגוריתם דגימת אתרים: 0=מהיר 1=לאט 2=FFT (0).
-s
מקור למספרים פסאודו אקראיים (1).
השתמש ב-glam2 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
