זוהי הפקודה glam2scan שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
glam2scan - מוצא מוטיב GLAM2 במסד נתונים
תַקצִיר
glam2scan [אפשרויות] אלפבית my_motif.glam2 my_seqs.fa
אלפבית מלבד p or n מתפרש כשם של קובץ אלפביתי.
תיאור
glam2scan מוצא התאמות, במסד נתונים של רצף, למוטיב שהתגלה על ידי גלאם2. כל
match מקבל ניקוד, המציין עד כמה הוא מתאים למוטיב.
אפשרויות (בְּרִירַת מֶחדָל הגדרות)
-h
הצג את כל האפשרויות והגדרות ברירת המחדל שלהן.
-o
קובץ פלט (stdout).
-n
מספר יישורים לדיווח (25).
-2
בדוק את שני הגדילים - משלימים קדימה ואחורה.
-D
מחיקה פסאודו-ספירת (0.1).
-E
ספירת פסאודו ללא מחיקה (2.0).
-I
הוספת פסאודו-ספירת (0.02).
-J
ספירת פסאודו ללא הכנסה (1.0).
-d
קובץ תערובת דיריכלה.
השתמש ב-glam2scan באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
