זוהי הפקודה gmod_fasta2gff3.plp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
$O - המר את FASTA ל-GFF3 פשוט
תַקצִיר
% $O [אפשרויות]
שורת הפקודה אפשרויות
--fasta_dir מדריך מכיל קבצי fasta
(ברירת מחדל: ./fasta)
--gfffilename שם קובץ GFF3 שייווצר
(ברירת מחדל: ./out.gff)
- הקלד SO כדי להקצות לכל תכונה
(ברירת מחדל: EST)
--מקור טקסט שיופיע בעמודת המקור
(ברירת מחדל: .)
--attributes צמדי תג=ערך נוספים שיופיעו בעמודה 9
--nosequence הדחיק את הקטע ##FASTA (כלומר, אל תעשה זאת
להדפיס רצפי DNA)
תיאור
הסקריפט הזה פשוט לוקח אוסף של קבצי fasta וממיר אותם ל-GFF3 פשוט
מתאים לטעינה לצ'אדו.
מחברים
סקוט קיין[מוגן בדוא"ל]>
זכויות יוצרים (ג) 2006
ספרייה זו היא תוכנה חופשית; אתה יכול להפיץ אותו מחדש ו/או לשנות אותו תחת אותו
מונחים כמו פרל עצמה.
השתמש ב-gmod_fasta2gff3.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net