זוהי הפקודה gmod_load_cvterms.plp שניתן להפעיל בספק האחסון החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
load_cvterms.pl - משווה אילו מונחים חדשים בקובץ בהשוואה למסד הנתונים ו
מכניס אותם
תַקצִיר
שימוש: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D קובץ dbname [-vdntuFo]
פרמטרים
-g שם פרופיל מסד הנתונים של GMOD (יכול לספק מארח, שם DB, סיסמה, שם משתמש ו
נהג) ברירת מחדל: 'ברירת מחדל'
שם מסד הנתונים לקישור (חייב להיות בטבלת db, למשל GO )
-n שם אוצר מילים מבוקר (למשל 'תהליך_ביולוגי'). אופציונאלי. אם לא ניתן,
מונחים של כל מרחבי השמות הקשורים לשם מסד הנתונים יטופלו.
-F פורמט קובץ. יכול להיות obo או go_flat ואחרים נתמכים על ידי Bio::OntologyIO.
ברירת מחדל: obo
- אתה מעדכן את כל התנאים. ללא -u, התנאים במסד הנתונים לא יתעדכנו
תוכן הקובץ, מבחינת הגדרות וכו'. מונחים חדשים עדיין יהיו
הוסיף.
-v פלט מילולי
-o outfile עבור כתיבה של שגיאות והודעות מילוליות (אופציונלי)
-t מצב ניסיון. אל תבצע פעולות בחנות כלל. (מצב ניסיון לא יכול לבדוק
הוספת נתונים משויכים למונחים חדשים)
האפשרויות הבאות נדרשות אם לא משתמשים בפרופיל GMOD
-H שם מארח עבור מסד נתונים [נדרש אם -p אינו בשימוש]
שם מסד הנתונים -D [נדרש אם לא נעשה שימוש ב-p]
סיסמת -p (אם אתה צריך לספק סיסמה כדי להתחבר ל-db שלך)
שם משתמש -r (אם אתה צריך לספק שם משתמש כדי להתחבר למסד הנתונים שלך)
שם הנהג -d (למשל 'Pg' עבור postgres). ניתן לספק את שם מנהל ההתקן ב-gmod_config
התסריט מנתח את האונטולוגיה בקובץ ואת האונטולוגיה המתאימה במסד הנתונים,
אם נמצא. הוא משווה אילו מונחים חדשים בקובץ בהשוואה למסד הנתונים ו
מכניס אותם, ומשווה את כל מערכות היחסים החדשות ומכניס אותן. זה מסיר
הקשרים שלא צוינו בקובץ ממסד הנתונים. זה אף פעם לא מסיר
ערך מונח ממסד הנתונים.
סקריפט זה עובד עם סכימת Chado (ראה gmod.org) וגישה לטבלאות הבאות:
db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
cvterm מילה נרדפת
cvterm_dbxref
cvtermprop
מונחים שנמצאים במסד הנתונים אך לא בקובץ מוגדרים ל-is_obsolete=1. כל ה
המונחים הקיימים במסד הנתונים מתעדכנים (אם משתמשים באפשרות -u) כדי לשקף את
הגדרות מונחים שנמצאים בקובץ. מונחים חדשים שנמצאים בקובץ אך לא ב-
מסד הנתונים מאוחסנים. הנתונים הבאים משויכים לכל הוספת מונח/עדכון:
שם מונח
הגדרת מונח
יחסים עם מונחים אחרים
שמות נוספים
מזהים משניים
הגדרה dbxrefs
תגובות
השתמש ב-gmod_load_cvterms.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
