gmx_d - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx - חבילת הדמיית דינמיקה מולקולרית

תַקצִיר

gmx [-[לא]ח] [-[לא]שקט] [-[אין] גרסה] [-[אין] זכויות יוצרים] [-נֶחְמָד ]
[-[אין] גיבוי]

תיאור

GROMACS היא חבילה מלאה של תוכניות לביצוע הדמיות דינמיקה מולקולרית,
כלומר, לדמות את ההתנהגות של מערכות באמצעות מאות עד מיליוני חלקיקים
משוואות תנועה ניוטוניות. הוא משמש בעיקר למחקר על חלבונים, שומנים ו
פולימרים, אך ניתן ליישם אותם במגוון רחב של מחקרים כימיים וביולוגיים
שאלות.

אפשרויות

אפשרויות אחרות:

-[לא]ח (לא)
הדפס עזרה וצא

-[לא]שקט (לא)
אל תדפיס מידע או הצעות מחיר נפוצות על הפעלה

-[אין] גרסה (לא)
הדפס מידע על גרסה מורחבת וצא

-[אין] זכויות יוצרים (כן)
הדפס מידע על זכויות יוצרים בעת ההפעלה

-נֶחְמָד (19)
הגדר את הרמה הנחמדה (ברירת המחדל תלויה בפקודה)

-[אין] גיבוי (כן)
כתוב גיבויים אם קיימים קבצי פלט

GMX פקודות

הפקודות הבאות זמינות. אנא עיין בדפי האדם האישיים שלהם או GMX
לעזור לקבלת פרטים נוספים.

מסלול אנליזה
gmx-gangle(1)
חשב זוויות

gmx-distance(1)
חשב מרחקים בין זוגות של עמדות

gmx-freevolume(1)
חשב נפח חופשי

gmx-pairdist(1)
חשב מרחקים בזוגיות בין קבוצות של עמדות

gmx-rdf(1)
חשב פונקציות התפלגות רדיאלית

gmx-sasa(1)
מחשב שטח פנים נגיש לממס

gmx-select(1)
הדפס מידע כללי על בחירות

יוצר טופולוגיות ו קואורדינטות
gmx-editconf(1)
ערוך את התיבה וכתוב קבוצות משנה

gmx-x2top(1)
צור טופולוגיה פרימיטיבית מקואורדינטות

gmx-solvate(1)
פתור מערכת

gmx-insert-molecules(1)
הכנס מולקולות למשרות פנויות קיימות

gmx-genconf(1)
הכפל קונפורמציה בכיוונים 'אקראיים'

gmx-genion(1)
צור יונים מונואטומיים על עמדות חיוביות מבחינה אנרגטית

gmx-genrestr(1)
צור מעצורי מיקום או מעצורי מרחק עבור קבוצות אינדקס

gmx-pdb2gmx(1)
המר קבצי קואורדינטות לטופולוגיה וקבצי קואורדינטות תואמי FF

ריצה a הדמיה
gmx-grompp(1)
צור קובץ קלט הפעלה

gmx-mdrun(1)
בצע סימולציה, בצע ניתוח מצב רגיל או מזעור אנרגיה

gmx-convert-tpr(1)
צור קובץ קלט שונה

צופה מסלולים
gmx-nmtraj(1)
צור מסלול נדנוד וירטואלי מוקטור עצמי

gmx-view(1)
הצג מסלול במסוף X-Windows

תהליך אנרגיות
gmx-enemat(1)
חלץ מטריצת אנרגיה מקובץ אנרגיה

gmx-energy(1)
כותב אנרגיות לקבצי xvg ומציג ממוצעים

gmx-mdrun(1)
(מחדש) חישוב אנרגיות עבור מסגרות מסלול עם הפעלה חוזרת

המרה קבצים
gmx-editconf(1)
המרה ומתמרן קבצי מבנה

gmx-eneconv(1)
המרת קבצי אנרגיה

gmx-sigeps(1)
המר שילובים של c6/12 או c6/cn אל וממנו sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
שרשור קבצי מסלול

gmx-trjconv(1)
המרה ומניפולציה של קבצי מסלול

gmx-xpm2ps(1)
המר מטריצות XPM (XPixelMap) ל-postscript או XPM

כלים
gmx-analyze(1)
ניתוח מערכי נתונים

gmx-dyndom(1)
אינטרפולציה ואקסטרפולציה של סיבובי מבנה

gmx-פילטר(1)
מסלולי סינון תדרים, שימושי ליצירת סרטים חלקים

gmx-lie(1)
הערכת אנרגיה חופשית משילובים ליניאריים

gmx-morph(1)
אינטרפולציה ליניארית בין קונפורמציות

gmx-pme_error(1)
הערך את השגיאה בשימוש ב-PME עם קובץ קלט נתון

gmx-sham(1)
מחשב אנרגיות חופשיות או היסטוגרמות אחרות מהיסטוגרמות

gmx-מרחבי(1)
חשב את פונקציית ההתפלגות המרחבית

gmx-traj(1)
תרשים x, v, f, תיבה, טמפרטורה ואנרגיה סיבובית ממסלולים

gmx-tune_pme(1)
זמן mdrun כפונקציה של דרגות PME כדי לייעל את ההגדרות

gmx-wham(1)
בצע ניתוח היסטוגרמה משוקלל לאחר דגימת מטריה

gmx-check(1)
בדוק והשווה קבצים

gmx-dump(1)
הפוך קבצים בינאריים לקריאה אנושית

gmx-make_ndx(1)
צור קבצי אינדקס

gmx-mk_angndx(1)
צור קבצי אינדקס עבור 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
סדר מולקולות לפי המרחק שלהן לקבוצה

gmx-xpm2ps(1)
המר מטריצות XPM (XPixelMap) ל-postscript או XPM

מרחקים בֵּין מבנים
gmx-cluster(1)
מבני אשכול

gmx-confrms(1)
התאם שני מבנים ומחשב את ה-RMSD

gmx-rms(1)
חשב RMSDs עם מבנה ייחוס ומטריצות RMSD

gmx-rmsf(1)
חשב תנודות אטומיות

מרחקים in מבנים יותר זמן
gmx-mindist(1)
חשב את המרחק המינימלי בין שתי קבוצות

gmx-mdmat(1)
חשב מפות מגע עם שאריות

gmx-polystat(1)
חשב תכונות סטטיות של פולימרים

gmx-rmsdist(1)
חשב מרחקי זוג אטומים בממוצע בהספק -2, -3 או -6

מסה הפצה נכסים יותר זמן
gmx-gyrate(1)
חשב את רדיוס התנועה

gmx-msd(1)
מחשבת תזוזות מרובעות ממוצעות

gmx-polystat(1)
חשב תכונות סטטיות של פולימרים

gmx-rdf(1)
חשב פונקציות התפלגות רדיאלית

gmx-rotacf(1)
חשב את פונקציית המתאם הסיבובי עבור מולקולות

gmx-rotmat(1)
שרטט את מטריצת הסיבוב לצורך התאמה למבנה ייחוס

gmx-sans(1)
חישוב ספקטרום פיזור נויטרונים בזווית קטנה

gmx-saxs(1)
חישוב ספקטרום פיזור קרני רנטגן בזווית קטנה

gmx-traj(1)
תרשים x, v, f, תיבה, טמפרטורה ואנרגיה סיבובית ממסלולים

gmx-vanhove(1)
חישוב של Van Hove תזוזה ופונקציות מתאם

ניתוח מלוכדות יחסי גומלין
gmx-angle(1)
חשב התפלגויות ומתאמים עבור זוויות ודיהדרלים

gmx-mk_angndx(1)
צור קבצי אינדקס עבור 'gmx angle'

מבני נכסים
gmx-anadoc(1)
מבני אשכול מ-Autodock ריצות

gmx-bundle(1)
נתח צרורות של צירים, למשל, סלילים

gmx-clustsize(1)
חשב התפלגות גודל של צבירים אטומיים

gmx-disre(1)
נתח מעצורי מרחק

gmx-hbond(1)
חישוב וניתוח קשרי מימן

gmx-order(1)
חשב את פרמטר הסדר לכל אטום עבור זנבות פחמן

gmx-principal(1)
חשב צירי אינרציה עיקריים עבור קבוצת אטומים

gmx-rdf(1)
חשב פונקציות התפלגות רדיאלית

gmx-saltbr(1)
מחשב גשרי מלח

gmx-sorient(1)
נתח את כיוון הממס סביב המומסים

gmx-spol(1)
נתח כיוון דיפול ממס וקיטוב סביב מומסים

קינטית נכסים
gmx-bar(1)
חשב הערכות הבדלי אנרגיה חופשית באמצעות יחס הקבלה של בנט

gmx-current(1)
חשב קבועים דיאלקטריים ופונקציית קורלציה אוטומטית של זרם

gmx-dos(1)
נתח צפיפות של מצבים ומאפיינים על סמך זה

gmx-dyecoupl(1)
חלץ דינמיקה של צבע ממסלולים

gmx-principal(1)
חשב צירי אינרציה עיקריים עבור קבוצת אטומים

gmx-tcaf(1)
חשב צמיגות של נוזלים

gmx-traj(1)
תרשים x, v, f, תיבה, טמפרטורה ואנרגיה סיבובית ממסלולים

gmx-vanhove(1)
חישוב של Van Hove תזוזה ופונקציות מתאם

gmx-velacc(1)
חשב פונקציות של קורלציה אוטומטית של מהירות

אלקטרוסטטית נכסים
gmx-current(1)
חשב קבועים דיאלקטריים ופונקציית קורלציה אוטומטית של זרם

gmx-דיאלקטרי(1)
חשב קבועים דיאלקטריים תלויי תדר

gmx-dipoles(1)
חשב את הדיפול הכולל פלוס תנודות

gmx-potential(1)
חשב את הפוטנציאל האלקטרוסטטי על פני הקופסה

gmx-spol(1)
נתח כיוון דיפול ממס וקיטוב סביב מומסים

gmx-genion(1)
צור יונים מונואטומיים על עמדות חיוביות מבחינה אנרגטית

ספציפי לחלבון אנליזה
gmx-do_dssp(1)
הקצה מבנה משני וחשב שטח פנים נגיש לממס

gmx-chi(1)
חשב את כל מה שאתה רוצה לדעת על צ'י ודיהדרלים אחרים

gmx-helix(1)
חשב תכונות בסיסיות של סלילי אלפא

gmx-helixorient(1)
חשב גובה גובה / כיפוף / סיבוב / כיוון מקומי בתוך סלילים

gmx-rama(1)
חישוב עלילות Ramachandran

gmx-wheel(1)
מגרש גלגלים סליליים

ממשקים
gmx-bundle(1)
נתח צרורות של צירים, למשל, סלילים

צפיפות gmx(1)
חשב את צפיפות המערכת

gmx-densmap(1)
חשב מפות צפיפות מישוריות דו-ממדיות או ציריות-רדיאליות

gmx-densorder(1)
חשב תנודות פני השטח

gmx-h2order(1)
חישוב הכיוון של מולקולות מים

gmx-hydorder(1)
חישוב פרמטרי טטרהדרליות סביב אטום נתון

gmx-order(1)
חשב את פרמטר הסדר לכל אטום עבור זנבות פחמן

gmx-potential(1)
חשב את הפוטנציאל האלקטרוסטטי על פני הקופסה

משתנות אנליזה
gmx-anaeig(1)
נתח את הווקטורים העצמיים

gmx-covar(1)
חשב ואלכסון את מטריצת השונות

gmx-make_edi(1)
צור קבצי קלט עבור דגימת דינמיקה חיונית

נוֹרמָלִי מצבי
gmx-anaeig(1)
נתח את המצבים הרגילים

gmx-nmeig(1)
אלכסן את ההסיאן לניתוח מצב רגיל

gmx-nmtraj(1)
צור מסלול נדנוד וירטואלי מוקטור עצמי

gmx-nmens(1)
צור אנסמבל של מבנים מהמצבים הרגילים

gmx-grompp(1)
צור קובץ קלט הפעלה

gmx-mdrun(1)
מצא מינימום אנרגיה פוטנציאלית וחשב את ההסיאן

זכויות יוצרים

2015, צוות הפיתוח של GROMACS

השתמש ב-gmx_d באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net