gmx-density - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-density - חשב את צפיפות המערכת

תַקצִיר

צפיפות gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-יי [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-d ]
[-סל ] [-מאורות ] [-נג ] [-[אין]מרכז]
[-[לא] סימ] [-[אין] קרוב משפחה]

תיאור

GMX צפיפות מחשב צפיפויות חלקיות על פני התיבה, באמצעות קובץ אינדקס.

לצפיפות הכוללת של סימולציות NPT, השתמש GMX אנרגיה במקום.

אפשרות -מֶרְכָּז מבצע את ההיסטוגרמה binning ביחס למרכז של שרירותי
קבוצה, בקואורדינטות תיבה מוחלטות. אם אתה מחשב פרופילים לאורך תיבת ציר Z
ממד bZ, הפלט יהיה מ-bZ/2 ל-bZ/2 אם אתה מרכז על סמך המערכת כולה.
שים לב שהתנהגות זו השתנתה ב-GROMACS 5.0; גרסאות קודמות ביצעו רק א
binning סטטי ב-(0,bZ) והזיז את הפלט. כעת אנו מחשבים את המרכז עבור כל מסגרת
ו-bin in (-bZ/2,bZ/2).

אפשרות -סימ סימטרית את הפלט סביב המרכז. זה יופעל אוטומטית
-מֶרְכָּז גַם. אוֹפְּצִיָה -קרוב משפחה מבצע את ה-binning בתיבה יחסית במקום מוחלטת
קואורדינטות, ומקנה קנה מידה של הפלט הסופי עם ממד התיבה הממוצע לאורך הפלט
צִיר. זה יכול לשמש בשילוב עם -מֶרְכָּז.

הצפיפויות הן בק"ג/מ"3, וצפיפות מספרים או צפיפות אלקטרונים יכולות להיות גם כן
מְחוֹשָׁב. עבור צפיפות אלקטרונים, קובץ המתאר את מספר האלקטרונים עבור כל אחד מהם
סוג האטום צריך להיות מסופק באמצעות -יי. זה אמור להיראות כך:

2
atomname = nrelectrons
atomname = nrelectrons

השורה הראשונה מכילה את מספר השורות לקריאה מהקובץ. צריך להיות אחד
שורה עבור כל שם אטום ייחודי במערכת שלך. מספר האלקטרונים לכל אטום הוא
שונה על ידי המטען החלקי האטומי שלו.

שיקולים חשובים ל-BILAYERS

אחד מתרחישי השימוש הנפוצים ביותר הוא חישוב הצפיפות של קבוצות שונות
על פני דו-שכבה שומנית, בדרך כלל כאשר ציר z הוא הכיוון הרגיל. בקיצור
סימולציות, מערכות קטנות וגדלים קבועים של קופסאות זה יעבוד מצוין, אבל ליותר מכך
במקרה כללי דו-שכבות שומנים עלולות להיות מסובכות. הבעיה הראשונה שבעוד שניהם
לחלבונים ולשומנים יש נפח דחיסה נמוך, ליפידים יש שטח די גבוה
דחיסה. משמעות הדבר היא שצורת הקופסה (עובי ושטח/ליפיד) תתנונה
באופן מהותי אפילו עבור מערכת רגועה לחלוטין. מאז GROMACS מציב את התיבה בין
מקור וקואורדינטות חיוביות, זה בתורו אומר שדו-שכבה מרוכזת בתיבה
יזוז מעט למעלה/למטה עקב התנודות הללו, וימרח את הפרופיל שלך. הקל ביותר
הדרך לתקן את זה (אם אתה רוצה צימוד לחץ) היא להשתמש ב -מֶרְכָּז אפשרות ש
מחשב את פרופיל הצפיפות ביחס למרכז התיבה. שימו לב שאתם יכולים
עדיין מתרכז בחלק הדו-שכבתי גם אם יש לך מערכת לא סימטרית מורכבת עם א
חלבונים דו-שכבתיים, נניח, ממברנות - אז הפלט שלנו פשוט יהיה בעל יותר ערכים על אחד
הצד של הפניה למקור (במרכז).

אפילו החישוב הממורכז יוביל למריחה מסוימת של פרופילי הפלט, כמו
השומנים עצמם נדחסים ומתרחבים. ברוב המקרים אתה כנראה רוצה את זה (מאז
זה מתאים לניסויים מקרוסקופיים), אבל אם אתה רוצה להסתכל על פרטים מולקולריים
אתה יכול להשתמש ב- -קרוב משפחה אפשרות לנסות להסיר אפילו יותר מהשפעות הווליום
תנודות.

לבסוף, שכבות דו-שכבות גדולות שאינן כפופות למתח פני השטח יפגינו גליות
תנודות, שבהן נוצרים 'גלים' במערכת. זהו יסוד
תכונה של המערכת הביולוגית, ואם אתה משווה לניסויים סביר להניח
רוצה לכלול את אפקט מריחה גלי.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-יי [<.dat>] (electrons.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (density.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-d (ז)
קח את הנורמלי על הממברנה בכיוון X, Y או Z.

-סל (50)
מחלקים את הקופסה במספר זה של פרוסות.

-מאורות (מסה)
צפיפות: מסה, מספר, מטען, אלקטרון

-נג (1)
מספר הקבוצות מהן לחשב צפיפות.

-[אין]מרכז (לא)
בצע את ה-binning ביחס למרכז התיבה (המשתנה). שימושי ל
שכבות דו-שכבתיות.

-[לא] סימ (לא)
סימטרי את הצפיפות לאורך הציר, ביחס למרכז. שימושי ל
שכבות דו-שכבתיות.

-[אין] קרוב משפחה (לא)
השתמש בקואורדינטות יחסיות לשינוי תיבות וקנה מידה של פלט לפי ממדים ממוצעים.

ידוע סוגיות

· בעת חישוב צפיפות אלקטרונים, נעשה שימוש בשמות אטומים במקום בסוגים. זה רע.

השתמש ב-gmx-density באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net