gmx-densorder - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-densorder - חשב תנודות פני השטח

תַקצִיר

gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [או [<.out> [...]]] [-וג [<.xpm> [...]]]
[-ספקט [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-[no]1d] [-בוו ]
[-bwn ] [-להזמין ] [-צִיר ]
[-שיטה ] [-ד1 ] [-ד2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]

תיאור

GMX צפוף מפחית התפלגות צפיפות דו-פאזית לאורך ציר, המחושבת על פני MD
מסלול, למשטחים דו-ממדיים משתנים בזמן, לפי התאמה לפרופיל פונקציונלי עבור
צפיפות פנים. ייצוג מרחבי ממוצע של הממשקים יכול להיות
פלט עם האפשרות -תבג.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי

או [<.out> [...]] (hello.out) (אופציונלי)
קובץ פלט כללי

-וג [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-ספקט [<.out> [...]] (intfspect.out) (אופציונלי)
קובץ פלט כללי

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-[no]1d (לא)
גיאומטריית ממשק Pseudo-1d

-בוו (0.2)
רוחב bin של חלוקת הצפיפות משיק לממשק

-bwn (0.05)
רוחב bin של התפלגות צפיפות נורמלית לממשק

-להזמין (0)
סדר מסנן גאוסי, סדר 0 משווה ללא סינון

-צִיר (ז)
כיוון ציר - X, Y או Z

-שיטה (לַחֲצוֹת)
שיטת מיקום ממשק: חצויה, פונקציונלית

-ד1 (0)
צפיפות נפח שלב 1 (ב-z קטן)

-ד2 (1000)
צפיפות נפח שלב 2 (ב-z גדול)

-tblock (100)
מספר פריימים בממוצע בלוק זמן אחד

-nlevel (100)
מספר רמות הגובה ב-2D - XPixMaps

השתמש ב-gmx-densorder באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net