gmx-energy - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-energy - כותב אנרגיות לקבצי xvg ומציג ממוצעים

תַקצִיר

gmx energy [-f [<.edr>]] [-F2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-וויול [<.xvg>]] [-זוגות [<.xvg>]] [-ורה [<.xvg>]]
[-אורט [<.xvg>]] [-אודה [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-אוט [<.xvg>]] [-אוטן [<.xvg>]] [-קור [<.xvg>]]
[-לפני [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-אוד [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[ללא עמלה]
[-פטמפ ] [-אֶפֶס ] [-[אין] סכום] [-[no]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[אין] מוטות] [-לדלג ]
[-[אין]אבר] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no]driftcorr] [-[אין] תנופה] [-[לא] אורינסט] [-[לא]אובק]
[-acflen ] [-[לא]לנרמל] [-P ]
[-fitfn ] [-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX אנרגיה מחלץ רכיבי אנרגיה או נתוני ריסון מרחק מקובץ אנרגיה. ה
המשתמש מתבקש לבחור באופן אינטראקטיבי את תנאי האנרגיה הרצויים.

ממוצע, RMSD וסחיפה מחושבים בדיוק מלא מהסימולציה (ראה
מדריך מודפס). סחיפה מחושבת על ידי ביצוע התאמה בריבועים הקטנים ביותר של הנתונים ל-a
קו ישר. הסחף הכולל המדווח הוא הפרש ההתאמה בראשון ובאחרון
נְקוּדָה. הערכת שגיאה של הממוצע ניתנת בהתבסס על ממוצעים של בלוק על פני 5 בלוקים
תוך שימוש בממוצעים בעלי דיוק מלא. הערכת השגיאה יכולה להתבצע על פני מספר בלוק
אורכים עם האפשרויות -nbmin ו -nbmax. הערות שברוב המקרים קבצי האנרגיה
מכיל ממוצעים על כל שלבי ה-MD, או על הרבה יותר נקודות ממספר הפריימים
קובץ אנרגיה. זה הופך את GMX אנרגיה פלט סטטיסטיקה מדויק יותר מאשר .xvg
תְפוּקָה. כאשר ממוצעים מדויקים אינם קיימים בקובץ האנרגיה, הזכירו הסטטיסטיקה
למעלה הם פשוט מעל ערכי האנרגיה הבודדים, לכל מסגרת.

המונח תנודה נותן ל-RMSD סביב ההתאמה של הריבועים הקטנים ביותר.

ניתן לחשב כמה מאפיינים תלויי תנודות בתנאי האנרגיה הנכונים
נבחרים, וכי אפשרות שורת הפקודה -fluct_props נתון. הבאים
מאפיינים יחושבו:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│נכס │ דרושים תנאי אנרגיה │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ קיבולת חום C_p (NPT sims): │ אנתלפיה, טמפ' │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ קיבולת חום C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│מקדם התפשטות תרמית. (NPT): │ אנתלפיה, כרך, טמפ' │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ דחיסה איזותרמית: │ כרך, טמפ │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│מודול נפח אדיאבטי: │ כרך, טמפ │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

אתה תמיד צריך להגדיר את מספר המולקולות -nmol. חישובי C_p/C_v כן לֹא
לכלול כל תיקונים להשפעות קוונטיות. להשתמש ב GMX דוס תוכנית אם אתה צריך את זה (ו
אתה כן).

כאשר -וויול האפשרות מוגדרת, הפרות הממוצעות בזמן מתוכננות והריצה
הסכום הממוצע והמיידי של הפרות מחושב מחדש. בנוסף ריצה
ניתן לשרטט מרחקים ממוצעים בזמן ומיידי בין זוגות נבחרים באמצעות ה-
-זוגות אוֹפְּצִיָה.

אפשרויות -ורה, -אורט, -אודה, -odr ו -אוט משמשים לניתוח נתוני ריסון כיוון.
שתי האפשרויות הראשונות משרטטות את הכיוון, שלוש האחרונות את הסטיות של
כיוונים מתוך ערכי הניסוי. האפשרויות שמסתיימות ב-'a' מתארות את
ממוצע לאורך זמן כפונקציה של ריסון. האפשרויות המסתיימות ב-'t' מנחות את
משתמש למספרי תווית ריסון ולתכנן את הנתונים כפונקציה של זמן. אוֹפְּצִיָה -odr
משרטט את סטיית ה-RMS כפונקציה של ריסון. כשהריצה השתמשה בזמן או בהרכב
מעצורי אוריינטציה ממוצעים, אופציה -אורינסט ניתן להשתמש כדי לנתח את המיידי,
לא אוריינטציות וסטיות בממוצע אנסמבל במקום הזמן והאנסמבל
ממוצעים.

אפשרות -אוטן משרטט את הערכים העצמיים של טנזור הסדר המולקולרי עבור כל כיוון
ניסוי איפוק. עם אופציה -ovec גם הווקטורים העצמיים משורטטים.

אפשרות -אוד מחלץ ומשרטט את נתוני האנרגיה החופשית (הבדלים המילטואניים ו/או ה
נגזרת המילטון dhdl) מה ener.edr קובץ.

עם -תַשְׁלוּם מחושב אומדן להפרש האנרגיה החופשית עם גז אידיאלי
מדינה:

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

כאשר k הוא הקבוע של בולצמן, T נקבע על ידי -פטמפ והממוצע הוא מעל האנסמבל
(או זמן במסלול). שימו לב שזה באופן עקרוני נכון רק כאשר עושים ממוצע
על כל האנסמבל (בולצמן) ושימוש באנרגיה הפוטנציאלית. זה גם מאפשר
אומדן אנטרופיה באמצעות:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - דלתא A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

כאשר מצוין קובץ אנרגיה שני (-F2), מחושב הפרש אנרגיה חופשית:

dF = -kT ln( _א) ,

כאשר E_A ו-E_B הם האנרגיות מקובץ האנרגיה הראשון והשני, והממוצע
הוא מעל האנסמבל A. הממוצע הרץ של הפרש האנרגיה החופשית מודפס ל-a
קובץ שצוין על ידי -ravg. הערות שהאנרגיות חייבות להיות מחושבות מאותו הדבר
מַסלוּל.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.edr>] (ener.edr)
קובץ אנרגיה

-F2 [<.edr>] (ener.edr) (אופציונלי)
קובץ אנרגיה

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (אופציונלי)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-וויול [<.xvg>] (violaver.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-זוגות [<.xvg>] (pairs.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-ורה [<.xvg>] (orienta.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אורט [<.xvg>] (orientt.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אודה [<.xvg>] (orideva.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אוט [<.xvg>] (oridevt.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אוטן [<.xvg>] (oriten.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-קור [<.xvg>] (enecorr.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-לפני [<.xvg>] (visco.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אוד [<.xvg>] (dhdl.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ללא עמלה (לא)
עשה הערכת אנרגיה בחינם

-פטמפ (300)
טמפרטורת ייחוס לחישוב אנרגיה חופשית

-אֶפֶס (0)
הורידו אנרגיה של נקודת אפס

-[אין] סכום (לא)
סכם את מונחי האנרגיה שנבחרו במקום להציג את כולם

-[no]dp (לא)
הדפס אנרגיות בדיוק גבוה

-nbmin (5)
מספר מינימלי של בלוקים להערכת שגיאה

-nbmax (5)
מספר בלוקים מקסימלי להערכת שגיאה

-[אין] מוטות (לא)
חשב את מומנט הדיפול הכולל מהרכיבים

-לדלג (0)
דלג על מספר פריימים בין נקודות נתונים

-[אין]אבר (לא)
הדפס גם את הממוצע המדויק וה-rmsd המאוחסנים במסגרות האנרגיה (רק כאשר מונח אחד
מבוקש)

-nmol (1)
מספר המולקולות במדגם שלך: האנרגיות מחולקות במספר זה

-[no]fluct_props (לא)
חישוב מאפיינים המבוססים על תנודות אנרגיה, כמו קיבולת חום

-[no]driftcorr (לא)
שימושי רק לחישובים של מאפייני תנודות. הסחף ב
ניתנים לצפייה יופחתו לפני חישוב מאפייני התנודות.

-[אין] תנופה (לא)
חשב קורלציה אוטומטית של תנודות אנרגיה ולא של האנרגיה עצמה

-[לא] אורינסט (לא)
ניתוח נתוני כיוון מיידי

-[לא]אובק (לא)
גם את הווקטורים העצמיים עם -אוטן

-acflen (-1)
אורך ה-ACF, ברירת המחדל היא מחצית ממספר הפריימים

-[לא]לנרמל (כן)
נרמל ACF

-P (0)
סדר פולינום Legendre עבור ACF (0 מציין שאין): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ללא)
פונקציית התאמה: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-התחל כושר (0)
זמן היכן להתחיל את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם

-endfit (-1)
הזמן שבו לסיים את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם, -1 הוא עד ל-
סוף

השתמש ב-gmx-energy באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net