gmx-insert-molecules - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-insert-molecules - הכנס מולקולות למשרות פנויות קיימות

תַקצִיר

gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-זֶה [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-קופסא ]
[-nmol ] [-לְנַסוֹת ] [-זֶרַע ]
[-רַדִיוּס ] [-סוּלָם ] [-ד"ר ]
[-רָקָב ]

תיאור

GMX הכנס-מולקולות מוסיף -nmol עותקים של המערכת המצוינת ב -זֶה קובץ קלט.
ההחדרות מתרחשות או לתוך חלל פנוי בקונפורמציה המומסת שניתנה עם
-f, או לתוך קופסה ריקה שניתנה על ידי -קופסא. מפרט את שניהם -f ו -קופסא מתנהג כמו -f, אבל
ממקם קופסה חדשה סביב המומס לפני ההחדרות. כל המהירויות הקיימות הן
מוּשׁלָך.

כברירת מחדל, מיקומי ההחדרה הם אקראיים (כאשר המקור הראשוני מצוין על ידי -זֶרַע).
התוכנית חוזרת עד -nmol מולקולות הוכנסו לקופסה. מולקולות לא
מוכנס היכן שהמרחק בין כל אטום קיים לכל אטום של המוכנס
מולקולה קטנה מהסכום המבוסס על רדיוסי ואן דר ואלס של שני האטומים. מסד נתונים
(vdwradii.dat) של רדיוסים ואן דר ואלס נקרא על ידי התוכנית, והרדיוסים המתקבלים
קנה מידה לפי -סוּלָם. אם רדיוסים לא נמצאים במסד הנתונים, לאותם אטומים מוקצים ה-
מרחק (בקנה מידה מראש). -רַדִיוּס.

סך של -nmol * -לְנַסוֹת ניסיונות החדרה נעשים לפני הוויתור. להגביר -לְנַסוֹת אם אתה
יש כמה חורים קטנים למילוי. אוֹפְּצִיָה -רָקָב מציין אם מולקולות ההחדרה
מכוונים באופן אקראי לפני ניסיונות ההחדרה.

לחילופין, ניתן להחדיר את המולקולות רק בעמדות המוגדרות ב-positions.dat
(-ip). לקובץ הזה צריך להיות 3 עמודות (x,y,z), שנותנות את התזוזות לעומת
מיקום מולקולת הקלט (-זֶה). לפיכך, אם הקובץ הזה צריך להכיל את המוחלט
יש לרכז את המולקולה (0,0,0) לפני השימוש GMX הכנס-מולקולות
(למשל מ GMX editconf -מֶרְכָּז). מתעלמים מהערות בקובץ המתחיל ב-#.
אפשרות -ד"ר מגדיר את התזוזות המקסימליות המותרות במהלך ניסויים אינסרציאליים. -לְנַסוֹת ו
-רָקָב לעבוד כמו במצב ברירת המחדל (ראה למעלה).

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (אופציונלי)
תצורה קיימת להוספה ל: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-זֶה [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
תצורה להוספה: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-ip [<.dat>] (positions.dat) (אופציונלי)
עמדות ניסוי הכנסה מוגדרות מראש

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
תצורת פלט לאחר ההכנסה: gro g96 pdb brk ent esp

אפשרויות אחרות:

-קופסא (0 0 0)
גודל קופסא (בננומטר)

-nmol (0)
מספר מולקולות נוספות להחדרה

-לְנַסוֹת (10)
נסה להכניס -nmol פִּי -לְנַסוֹת פִּי

-זֶרַע (1997)
זרע מחולל אקראי

-רַדִיוּס (0.105)
מרחק ברירת מחדל ואן דר ואלס

-סוּלָם (0.57)
גורם קנה מידה להכפלת רדיוסי ואן דר ואלס ממסד הנתונים ב
share/gromacs/top/vdwradii.dat. ערך ברירת המחדל של 0.57 מניב צפיפות קרובה ל
1000 גרם/ליטר לחלבונים במים.

-ד"ר (0 0 0)
תזוזה מותרת ב-x/y/z ממיקומים ב -ip פילה

-רָקָב
סובב מולקולות מוכנסות באופן אקראי: xyz, z, none

השתמש ב-gmx-insert-molecules באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net