gmx-sham - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-sham - מחשב אנרגיות חופשיות או היסטוגרמות אחרות מהיסטוגרמות

תַקצִיר

gmx sham [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-דיסט [<.xvg>]]
[-היסטו [<.xvg>]] [-פַּח [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-לס [<.xpm>]] [-לשש [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ]
[-[אין זמן] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[מָנוֹד רֹאשׁ] [-[לא]דמה] [-טשאם ]
[-pmin ] [-עָמוּם ] [-נגריד ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-אמין ] [-emax ]
[-nlevels ]

תיאור

GMX בְּלוֹף עושה עלילות אנרגיה חופשית, אנתלפיה ואנטרופיה רב-ממדית. GMX בְּלוֹף קורא
אחד או יותר .xvg מקבץ ומנתח מערכי נתונים. המטרה הבסיסית של GMX בְּלוֹף זה לתכנן
נופי אנרגיה חופשית של גיבס (אופציה -לס) מאת בולצמן היפוך רב מימדי
היסטוגרמות (אפשרות -lp), אבל זה יכול גם ליצור אנטלפיה (אפשרות -לשש) ואנטרופיה (אפשרות
-lss) עלילות. ניתן ליצור ההיסטוגרמות עבור כל כמות שהמשתמש מספק. שורה פנימה
קובץ הקלט עשוי להתחיל עם זמן (ראה אפשרות -time) וכל מספר של y-ערכים עשויים
לעקוב אחר. ניתן לקרוא סטים מרובים גם כשהם מופרדים על ידי & (אפשרות -n), בזה
מקרה אחד בלבד y-הערך נקרא מכל שורה. כל השורות שמתחילות ב-# ו-@ הן
דילג.

אפשרות -ge ניתן להשתמש כדי לספק לקובץ אנרגיות חופשיות כאשר האנסמבל אינו א
אנסמבל בולצמן, אבל צריך להיות מוטה על ידי האנרגיה החופשית הזו. ערך אנרגיה חופשית אחד הוא
נדרש עבור כל נקודת נתונים (רב-ממדית) ב- -f קֶלֶט.

אפשרות -ene יכול לשמש כדי לספק לקובץ אנרגיות. אנרגיות אלו משמשות בתור א
פונקציית שקלול בשיטת ניתוח היסטוגרמה בודדת מאת Kumar et al. מתי
טמפרטורות מסופקות (כעמודה שנייה בקובץ), שקלול ניסיוני
מיושם תכנית. בנוסף, העמקים משמשים ליצירת חלקות אנטלפיה ואנטרופיה.

עם אפשרות -עָמוּם, ניתן לתת מידות למרחקים. כאשר המרחק הוא 2- או
תלת מימדי, ההיקף או המשטח שנדגמו על ידי שני חלקיקים גדל עם
הגדלת המרחק. תלוי מה אתה רוצה להראות, אתה יכול לבחור לתקן
ההיסטוגרמה והאנרגיה החופשית עבור אפקט נפח זה. ההסתברות מנורמלת על ידי r
ו-r^2 עבור ממדים של 2 ו-3, בהתאמה. ערך של -1 משמש לציון an
זווית במעלות בין שני וקטורים: תוחל נורמליזציה של חטא (זווית). הערות
שעבור זוויות בין וקטורים התוצר הפנימי או הקוסינוס הוא הכמות הטבעית ל
להשתמש, שכן הוא יפיק פחים באותו נפח.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-דיסט [<.xvg>] (ener.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-היסטו [<.xvg>] (edist.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-פַּח [<.ndx>] (bindex.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-לס [<.xpm>] (gibbs.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-לשש [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (אופציונלי)
קובץ נתונים של חלבונים

-g [<.log>] (shamlog.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

אפשרויות אחרות:

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[אין זמן (כן)
צפו לזמן בקלט

-b (-1)
פעם ראשונה לקרוא מהסט

-e (-1)
פעם אחרונה לקרוא מהסט

-ttol (0)
סובלנות בזמן ביחידות מתאימות (בדרך כלל ps)

-n (1)
קרא את מספר הקבוצות המופרדות בשורות המכילות רק אמפרסנד

-[מָנוֹד רֹאשׁ (לא)
השתמש בנגזרת

-[לא]דמה (כן)
כבה את שקלול האנרגיה גם אם ניתנות אנרגיות

-טשאם (298.15)
טמפרטורה לניתוח היסטוגרמה בודדת

-pmin (0)
סבירות מינימלית. כל דבר נמוך מזה יוגדר לאפס

-עָמוּם (1 1 1)
מידות למרחקים, משמש לתיקון נפח (מקסימום 3 ערכים, מידות > 3
יקבל את אותו ערך כמו הקודם)

-נגריד (32 32 32)
מספר פחים לנופי אנרגיה (מקסימום 3 ערכים, מידות > 3 יקבלו את
אותו ערך כמו הקודם)

-xmin (0 0 0)
מינימום עבור הצירים בנוף אנרגיה (ראה למעלה עבור > 3 מימדים)

-xmax (1 1 1)
מקסימום עבור הצירים בנוף אנרגיה (ראה למעלה עבור > 3 מימדים)

-pmax (0)
הסתברות מקסימלית בתפוקה, ברירת המחדל היא לחשב

-gmax (0)
אנרגיה חופשית מקסימלית בתפוקה, ברירת המחדל היא חישוב

-אמין (0)
אנטלפיה מינימלית בפלט, ברירת המחדל היא חישוב

-emax (0)
אנטלפיה מקסימלית בפלט, ברירת המחדל היא חישוב

-nlevels (25)
מספר רמות עבור נוף אנרגיה

השתמש ב-gmx-sham באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net