gmx-spatial - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-spatial - חשב את פונקציית ההתפלגות המרחבית

תַקצִיר

gmx מרחבי [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-[no]pbc]
[-[no]div] [-הסתער ] [-פַּח ] [-נאב ]

תיאור

GMX מרחבי מחשב את פונקציית ההתפלגות המרחבית ומוציא אותה בצורה שיכולה
להיקרא על ידי VMD כפורמט קובייה Gaussian98. למערכת של 32,000 אטומים ו-50 ns
מסלול, ניתן להפיק את ה-SDF תוך כ-30 דקות, כאשר רוב הזמן מוקדש
לשני רץ דרך trjconv שנדרשים למרכז הכל כמו שצריך. זֶה
גם לוקח הרבה מקום (3 עותקים של קובץ המסלול). ובכל זאת, התמונות
הם יפים ואינפורמטיביים מאוד כאשר הבחירה המותאמת נעשית כראוי. 3-4 אטומים פנימה
קבוצה ניידת נרחבת (כמו חומצת אמינו חופשית בתמיסה) עובדת היטב, או בחר את
עמוד השדרה של חלבון במבנה מקופל יציב כדי לקבל את SDF של ממס ולהסתכל על
מעטפת פתרון ממוצעת בזמן. אפשר גם להשתמש בתוכנה זו ליצירת ה-SDF
מבוסס על איזו קואורדינטה קרטזיאנית שרירותית. כדי לעשות זאת, פשוט השמיט את ההודעה המוקדמת GMX
trjconv צעדים.

נוֹהָג:

1. להשתמש GMX make_ndx כדי ליצור קבוצה המכילה את האטומים שסביבם אתה רוצה את ה-SDF

2. GMX trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter טריק -אור קומפקטי -pbc אף לא אחד

3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -לְהַתְאִים ריקבון+טרנס

4. לרוץ GMX מרחבי על c.tng פלט של שלב מס' 3.

5. טען grid.cube לתוך VMD ולהסתכל כאיזו-surface.

הערות שמערכות כגון מיצלות ידרשו GMX trjconv -pbc אשכול בין שלבים 1
ו2.

אזהרות
ה-SDF ייווצר עבור קובייה המכילה את כל הפחים שיש בהם חלק שאינו אפס
תפוסה. עם זאת, ההכנה -לְהַתְאִים ריקבון+טרנס אפשרות ל GMX trjconv מרמז ש
המערכת שלך תסתובב ותתרגם במרחב (על מנת שהקבוצה שנבחרה
לא). לכן הערכים שיוחזרו יהיו תקפים רק עבור אזור מסוים
סביב הקבוצה/קואורדינטה המרכזית שלך שיש לה חפיפה מלאה עם עוצמת הקול של המערכת לאורך כל הדרך
כל המערכת המתורגמת/מסובבת במהלך המסלול. זה תלוי ב
משתמש כדי לוודא שזה המקרה.

מְסוּכָּן אפשרויות
כדי להפחית את כמות השטח והזמן הנדרשים, אתה יכול להוציא רק את הקוורדים שהם
הולך לשמש בהפעלה הראשונה ואחריה GMX trjconv. עם זאת, הקפד לעשות זאת
להגדיר את -נאב אפשרות לערך גבוה מספיק מכיוון שהזיכרון מוקצה לפחי קוביות
מבוסס על הקואורדינטות הראשוניות וה- -נאב ערך אופציה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-[no]pbc (לא)
השתמש בתנאי גבול תקופתיים לחישוב מרחקים

-[no]div (כן)
חשב והחל את המחלק עבור תפוסות בפח על בסיס אטומים/קוביה מינימלית
גודל. הגדר כ-TRUE להדמיה וכ-FALSE (-נודיב) כדי לקבל ספירות מדויקות
לכל מסגרת

-הסתער (-1)
אל תציג את המספר הזה של קוביות חיצוניות (ערכים חיוביים עשויים להקטין את הגבול
כתמים; -1 מבטיח שהשטח החיצוני נראה לעין)

-פַּח (0.05)
רוחב הפחים (ננומטר)

-נאב (4)
מספר פחים נוספים כדי להבטיח הקצאת זיכרון נכונה

ידוע סוגיות

· כאשר הזיכרון המוקצה אינו גדול מספיק, עלולה להתרחש תקלת פילוח. זה
בדרך כלל מזוהה והתוכנית נעצרת לפני התקלה תוך הצגת אזהרה
הודעה המציעה את השימוש ב- -נאב אפשרות (מספר פחים נוספים). אולם, ה
התוכנית אינה מזהה את כל האירועים הללו. אם אתה נתקל בתקלת פילוח, הפעל אותה
שוב עם עלייה -נאב ערך.

השתמש ב-gmx-spatial באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net