זוהי הפקודה go-show-paths-to-rootp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online emulator או MAC OS Online emulator
תָכְנִית:
שֵׁם
go-show-paths-to-root.pl - מציג את כל הנתיבים האפשריים ממונח לראש
תַקצִיר
go-show-paths-to-root.pl -id GO:0008021 ontology/gene_ontology.obo
go-show-paths-to-root.pl -names -id GO:0008021 ontology/gene_ontology.obo
תיאור
חוצה DAG ומראה את כל הנתיבים (מונחים ויחסי התערבות) לשורש
סקריפט זה מבוסס על קבצים בלבד; הוא צריך לנתח את האונטולוגיה בכל פעם
ניתן להאיץ את הניתוחים הבאים באמצעות אפשרות use_cache
אם ברצונך להשתמש ב-GO MySQL db, עיין בסקריפט go-db-show-paths-to-root.pl ב- go-
הפצת db-perl
טיעונים
-e שגיאה
כותב שגיאות ניתוח ב-XML - ברירת המחדל היא STDERR (לא אמורות להיות שגיאות ניתוח ב-well
קבצים שנוצרו)
-p פורמט
קובע באיזה מנתח להשתמש; אם לא יצוין, יעשה ניחוש על סמך הקובץ
סִיוֹמֶת. ראה למטה לפורמטים
-use_cache
אם מתג זה צוין, מצב שמירה במטמון מופעל.
במצב מטמון, בפעם הראשונה שתנתח קובץ, אז יהיה קובץ נוסף
מיוצא בפורמט מיוחד המהיר לניתוח. לקובץ זה יהיה אותו שם קובץ
בתור הקובץ המקורי, אלא שתהיה לו סיומת ".cache".
בפעם הבאה שתנתח את הקובץ, תוכנית זו תבדוק אוטומטית את קיומו
של קובץ ".cache". אם הוא קיים, והוא יותר עדכני מהקובץ שציינת, זה
מנותח במקום זאת. אם זה לא קיים, זה נבנה מחדש.
תיעוד
<http://www.godatabase.org/dev>
השתמש ב- go-show-paths-to-rootp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
