gt-csa - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gt-csa - הפיכת יישורי spliced ​​מקובץ GFF3 ליישורי spliced ​​קונצנזוס.

תַקצִיר

gt CSA [אפשרות ...] [GFF3_file]

תיאור

-אורך הצטרפות [ערך]
הגדר אורך צירוף עבור אשכול היישור המחובר (ברירת מחדל: 300)

-v [כן|לא]
להיות מילולי (ברירת מחדל: לא)

-o [שם הקובץ]
הפנה פלט לקובץ שצוין (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-gzip [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס של gzip (ברירת מחדל: לא)

-bzip2 [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס bzip2 (ברירת מחדל: לא)

כוח [כן|לא]
לכפות כתיבה לקובץ פלט (ברירת מחדל: לא)

עזרה
הצג עזרה וצא

-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת

דוגמא:

בוא נניח שיש לנו קובץ GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 המכיל את
בעקבות ארבעה יישורי שחבור חופפים (מיוצגים כגנים עם אקסונים כ
יְלָדִים):

##gff-גרסה 3
##sequence-region seq 1 290
seq. גן 1 209. + . ID=gene1
seq. אקסון 1 90 . + . הורה=גן1
seq. אקסון 110 190 . + . הורה=גן1
seq. אקסון 201 209 . + . הורה=גן1
# # #
seq. גן 1 290. + . ID=gene2
seq. אקסון 1 90 . + . הורה=גן2
seq. אקסון 101 190 . + . הורה=גן2
seq. אקסון 201 290 . + . הורה=גן2
# # #
seq. גן 10 290. + . ID=gene3
seq. אקסון 10 90 . + . הורה=גן3
seq. אקסון 110 190 . + . הורה=גן3
seq. אקסון 201 290 . + . הורה=גן3
# # #
seq. גן 181 290. + . ID=gene4
seq. אקסון 181 190 . + . הורה=גן4
seq. אקסון 201 290 . + . הורה=גן4
# # #

כדי לחשב את היישורים המחוברים בקונצנזוס אנו קוראים:

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

מה שמחזיר:

##gff-גרסה 3
##sequence-region seq 1 290
seq gt csa gene 1 290. + . ID=gene1
seq gt csa mRNA 1 290. + . ID=mRNA1; Parent=gene1
seq gt csa exon 1 90. + . הורה=mRNA1
seq gt csa exon 110 190. + . הורה=mRNA1
seq gt csa exon 201 290. + . הורה=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290. + . ID=mRNA2; Parent=gene1
seq gt csa exon 1 90. + . הורה=mRNA2
seq gt csa exon 101 190. + . הורה=mRNA2
seq gt csa exon 201 290. + . הורה=mRNA2
# # #

כפי שניתן לראות, הם שולבו לכדי יישור שחבור בקונצנזוס (מיוצג כ
גנים עם mRNA כילדים שבתורם יש אקסונים כילדים) עם שתי חלופות
צורות חבור. היישור המחובר הראשון והשלישי שולבו לתוך הראשון
צורת שחבור חלופית (mRNA1) והיישור המחובר השני והרביעי לתוך
צורת החבור האלטרנטיבית השנייה (mRNA2).

כפי שניתן לראות, האקסון השני מצורת החבור החלופית הראשונה קצר יותר מה-
אקסון מקביל מצורת החבור האלטרנטיבית השנייה.

דיווח באגים

דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.

השתמש ב-gt-csa באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net