זהו הפקודה gt-gff3validator שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור המקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gt-gff3validator - אימות קפדני של קבצי GFF3 נתונים.
תַקצִיר
gt gff3validator [אפשרות ...] [GFF3_file ...]
תיאור
-בדיקת סוג [מחרוזת]
השתמש באונטולוגיה שניתנה בקובץ OBO כדי לאמת יחסי הורה-ילד. אם לא
ניתן ארגומנט, נעשה שימוש בקובץ sofa.obo מהספרייה gtdata/obo_files. אם
ניתן ארגומנט, הוא משמש כשם קובץ OBO. במקרה שקובץ כזה כן
לא קיים .obo מתווסף לארגומנט וטוען את שם הקובץ שנוצר מה-
בוצע ניסיון בספריית gtdata/obo_files. (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-xrfcheck [מחרוזת]
בדוק את תכונות Dbxref ו- Ontology_term עבור תחביר נכון לפי א
קובץ הגדרות קיצור. אם לא ניתן ארגומנט, הקובץ GO.xrf_abbs מה-
נעשה שימוש בספריית gtdata/xrf_abbr. אם ניתן ארגומנט, הוא משמש כספציפי
שם קובץ עבור קובץ קיצור. במקרה שלא קיים תיק כזה,
.xrf_abbr מתווסף לארגומנט וטוען את שם הקובץ שנוצר מה-
בוצע ניסיון בספריית gtdata/xrf_abbr. (ברירת מחדל: לא מוגדר)
עזרה
הצג עזרה וצא
-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת
דיווח באגים
דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.
השתמש ב-gt-gff3validator באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
