gt-hop - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gt-hop - תיקון שגיאות הומופולימר מבוסס רצף קוגנטי.

תַקצִיר

gt לקפוץ - -ג -מַפָּה -קורא [אפשרויות...]

תיאור

-c [מחרוזת]
רצף קשור (מקודד באמצעות קידוד gt encseq)

-מַפָּה [מחרוזת]
מיפוי של קריאות לרצף הקוגנטי חייב להיות בפורמט SAM/BAM, וממוין לפי
קואורדינטה (ניתן להכין למשל באמצעות: samtools sort)

-סאם [כן|לא]
קובץ המיפוי הוא ברירת המחדל של SAM: BAM

-תוֹקפָּנִי [כן|לא]
לתקן כמה שאפשר

-לְמַתֵן [כן|לא]
לתווך בין רגישות לדיוק

-שמרני [כן|לא]
לתקן רק שגיאות ככל הנראה

-מוּמחֶה [כן|לא]
בחר ידנית קריטריונים לתיקון

-קורא
קבצי קריאה לא מתוקנים בפורמט FastQ; הקריאות המתוקנות יוצאות ב-
ספריית עבודה נכונה בקבצים שנקראים בתור קבצי הקלט, כל אחד מהם מונח מראש
על ידי קידומת (ראה אפשרות -outprefix) -reads מאפשר להוציא את הקריאות באותו
סדר כמו בקלט והוא חובה אם ה-SAM מכיל יותר מראשי יחיד
יישור עבור כל קריאה (למשל פלט של bwasw) ראה גם אפשרות -o כחלופה

-תחילית חוץ [מחרוזת]
קידומת עבור שמות קבצי פלט (קריאה מתוקנת) כאשר -reads מצוין הקידומת היא
מוצב לפני כל שם קובץ קלט (ברירת מחדל: hop_)

-o [מחרוזת]
קובץ פלט לקריאה מתוקנת (ראה גם -reads/-outprefix) אם נעשה שימוש ב-o, הקריאות הן
פלט בקובץ בודד בסדר שבו הם נמצאים בקובץ SAM (שבדרך כלל
שונה מהסדר המקורי) זה יעבוד רק אם הקריאות היו מיושרות עם a
תוכנה הכוללת רק יישור אחד לכל קריאה (למשל bwa) (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-המין [ערך]
אורך הומופולימר מינימלי ברצף קוגנטי (ברירת מחדל: 3)

-קרא-המין [ערך]
אורך הומופולימר מינימלי בקריאות (ברירת מחדל: 2)

-qmax [ערך]
איכות ממוצעת מקסימלית של הומופולימר בקריאה (ברירת מחדל: 120)

-altmax [ערך]
תמיכה מקסימלית בהומופול חלופי. אורך; למשל 0.8 אומר: אל תתקן שום קריאה אם
הומופ. אורך ביותר מ-80%% מהקריאות יש את אותו ערך, שונה מה-
קשור אם altmax מוגדר ל-1.0 הקריאות תמיד מתוקנות (ברירת מחדל: 0.800000)

-קוגמין [ערך]
תמיכה מינימלית של הומופול ברצף מוכר. אורך; למשל 0.1 אומר: אל תתקן אף אחד
לקרוא אם הומופ קשור. אורך אינו קיים בלפחות 10%% מהקריאות אם קוגמין
מוגדר ל-0.0 קריאות תמיד מתוקנות

-mapqmin [ערך]
איכות מיפוי מינימלית (ברירת מחדל: 21)

-קובמין [ערך]
כיסוי מינימלי; למשל 5 פירושים: אל תתקן אף קריאת כיסוי (מספר קריאות
ממופה על הומפולימר שלם) הוא פחות מ-5 אם covmin מוגדר ל-1 קריאות תמיד
תוקן (ברירת מחדל: 1)

-אפשר-רב [כן|לא]
אפשר תיקונים מרובים בקריאה (ברירת מחדל: לא)

-קלנמקס [ערך]
ברירת המחדל של אורך התיקון המקסימלי: בלתי מוגבלת

-אן [מחרוזת]
ביאור של רצף קוגנטי יש למיין אותו לפי קואורדינטות על הקוגנטי
רצף (ניתן לעשות זאת למשל באמצעות: gt gff3 -sort) אם נעשה שימוש ב-ann, תיקונים
יהיה מוגבל להומפולימרים שמתחילים או מסתיימים בסוג התכונה המצוין על ידי
-ft optionformat: ממוין GFF3 (ברירת מחדל: לא מוגדר)

-פט [מחרוזת]
סוג תכונה לשימוש כאשר מצוינת אפשרות -ann (ברירת מחדל: CDS)

-v [כן|לא]
להיות מילולי (ברירת מחדל: לא)

עזרה
הצג עזרה עבור אפשרויות בסיסיות ויציאה

-עזרה+
הצג עזרה עבור כל האפשרויות וצא

-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת

מצב תיקון:

אחת האפשרויות -תוֹקפָּנִי, -לְמַתֵן, -שמרני or -מוּמחֶה יש לבחור.

השמיים -תוֹקפָּנִי, -לְמַתֵן ו -שמרני מצבים הם קביעות מראש של הקריטריונים שלפיהם הוא
נקבע אם נצפה אי התאמה באורך ההומופולימר בין רצף קוגנטי לבין א
הקריאה תתוקן או לא. תיאור של הקריטריונים הבודדים מסופק על ידי שימוש
מה היא -עזרה+אפשרות '. הקביעות הקבועות מקבילות להגדרות הבאות:

-אגרסיבי -מתון -שמרני
-המין 3 3 3
-read-hmin 1 1 2
-altmax 1.00 0.99 0.80
-refmin 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-קובמין 1 1 1
-clenmax ללא הגבלה ללא הגבלה ללא הגבלה
-אפשר-מרובה כן כן לא

המצב האגרסיבי מנסה למקסם את הרגישות, המצב השמרני למזער
התוצאות הכוזבות. ניתן להשיג מערך תיקונים שמרני עוד יותר באמצעות
מה היא -אן אפשרות (ראה -עזרה+).

השמיים -מוּמחֶה מצב מאפשר להגדיר ידנית כל פרמטר; ערכי ברירת המחדל הם
אותו דבר כמו ב -שמרני מצב.

(לבסוף, למטרות הערכה בלבד, ה -מצב של אמת ניתן להשתמש במצב: מצב זה
מניח שהגנום המרוצף צוין כרצף מוכר ומוציא an
רשימה אידיאלית של תיקונים.)

דיווח באגים

דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.

השתמש ב-gt-hop באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net