זהו הפקודה gt-shredder שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gt-shredder - קבצי רצף מגרסה לחתיכות עוקבות באורך אקראי.
תַקצִיר
gt המגרסה [אפשרות ...] [קובץ_רצף ...]
תיאור
-כיסוי [ערך]
הגדר את מספר הפעמים שקובץ sequence_יוחרם (ברירת מחדל: 1)
-אורך דקות [ערך]
הגדר את האורך המינימלי של השברים המגורסים (ברירת מחדל: 300)
-אורך מקסימלי [ערך]
הגדר את האורך המרבי של השברים המגורסים (ברירת מחדל: 700)
-חֲפִיפָה [ערך]
הגדר את החפיפה בין חלקים עוקבים (ברירת מחדל: 0)
-לִטעוֹם [ערך]
קח דוגמאות של חלקי הרצף שנוצרו עם ההסתברות הנתונה (ברירת מחדל:
1.000000)
-clipdesc [כן|לא]
תיאורי קליפים לאחר הרווח הראשון (שולל על ידי \t, \n וכו') מוסיף היסט ואורך ל
להבטיח מזהה ייחודי (ברירת מחדל: לא)
רוחב [ערך]
הגדר רוחב פלט עבור הדפסת רצף FASTA (0 משבית את העיצוב) (ברירת מחדל: 0)
-o [שם הקובץ]
הפנה פלט לקובץ שצוין (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-gzip [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס של gzip (ברירת מחדל: לא)
-bzip2 [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס bzip2 (ברירת מחדל: לא)
כוח [כן|לא]
לכפות כתיבה לקובץ פלט (ברירת מחדל: לא)
עזרה
הצג עזרה וצא
-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת
כל רצף נתון ב sequence_file הוא מגורר לחתיכות רנדומליות
אורך (בין -אורך דקות ו -אורך מקסימלי) עד שהוא נצרך. לפי זה האחרון
קטע מגורר של רצף נתון יכול להיות קצר יותר מהארגומנט לאופציה
-אורך דקות. כדי להיפטר משברים כאלה השתמש ב-gt seqfilter (ראה דוגמה למטה).
דוגמאות:
גרוס BAC נתון:
$ gt shredder U89959_genomic.fas > fragments.fas
גרוס אוסף EST לחתיכות בין 50 ל-100 bp ולהיפטר מהכל (טרמינלי)
שברים קצרים מ-50 bp:
$ gt מגרסה -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 - > fragments.fas
# 130 מתוך 1260 רצפים הוסרו (10.317%)
גרוס אוסף EST והצג רק 10% אקראי מהשברים שהתקבלו:
$ gt shredder -sample 0.1 U89959_ests.fas
דיווח באגים
דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.
השתמש ב-gt-shredder באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
