gtf2gff3p - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gtf2gff3 - ממיר קבצים בפורמט GTF לקבצי GFF3 חוקיים

גִרְסָה

מסמך זה מתאר את גרסה 0.1

תַקצִיר

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

תיאור

סקריפט זה ימיר קבצים בפורמט GTF לקבצים חוקיים בפורמט GFF3. זה ימפה
הערך בעמודה 3 (עמודה\"סוג\") ל-SO חוקי, אלא בגלל מונחים רבים שאינם סטנדרטיים
עשוי להופיע בעמודה זו בקובצי GTF, אתה יכול לערוך את קובץ התצורה כדי לספק קובץ משלך
תכונת GTF למיפוי SO. התסריט יבנה גם מודלים של גנים מאקסונים, CDS ו-
תכונות אחרות שניתנו בקובץ GTF. זה נבדק כרגע על אנסמבל ו-Twinscan
GTF, והוא אמור לעבוד על כל קבצים אחרים שעוקבים אחר אותו מפרט. זה עושה
לא עובד על GTF מדפדפן הטבלה UCSC מכיוון שקבצים אלה משתמשים באותו מזהה עבור הגן
ותעתיק, כך שאי אפשר לקבץ מספר תעתיקים לגן. ראה את
README שהגיע עם הסקריפט למידע נוסף.

אפשרויות:

--cfg
ספק את שם הקובץ עבור קובץ תצורה. עיין בקובץ התצורה שסופק עם זה
סקריפט לפרטי פורמט. השתמש בקובץ תצורה זה כדי לשנות את ההתנהגות של
תַסרִיט. אם לא ניתן קובץ תצורה, הוא מחפש את ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg בסדר זה.

- עזרה
ספק הודעת עזרה מפורטת בסגנון דף אדם ולאחר מכן צא.

דיאגנוסטיקה

"שגיאה: תכונות חסרות או לא סטנדרטיות: parse_attributes"
לשורה בקובץ GTF לא היו תכונות כלשהן, או שעמודת התכונות שלו הייתה
בלתי ניתן לניתוח.

"שגיאה: תכונת גנים ללא תמלול אינה נתמכת. אנא צור קשר עם המחבר לתמיכה:
build_gene"
אזהרה זו מציינת שדילגה על שורה מכיוון שהיא הכילה תמליל שאינו
תכונת גן, והקוד אינו מצויד כעת לטיפול בסוג זה של תכונה.
כנראה שלא קשה להוסיף את זה, אז צור איתי קשר אם אתה מקבל את השגיאה הזו ותקבל
רוצה לקבל תמיכה בתכונות האלה.

"שגיאה: חייב להיות לפחות אקסונים או CDSs כדי לבנות תמליל: build_trnsc"
לחלק מהפיצ'רים היה transcript_id ובכל זאת לא היו אקסונים או CDS הקשורים אליהם
זה transcript_id כך שהתסריט לא הצליח לבנות תמליל.

"שגיאה: התנגשות seq_id: validate_and_finish_trnsc"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו תמליל שלא חלקו את אותו seq_id.

"שגיאה: התנגשות מקור: validate_and_finish_trnsc"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו תמליל שלא חלקו את אותו המקור.

"שגיאה: סוג התנגשות: validate_and_finish_trnsc"
נמצאו שתי תכונות באותו תמליל שצפויות לחלוק אותו
סוג ובכל זאת הם לא.

"שגיאה: התנגשות גדילים: validate_and_finish_trnsc"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו תמליל שלא חלקו את אותו גדיל.

"שגיאה: התנגשות seq_id: validate_and_build_gene"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו גן שלא חלקו את אותו seq_id.

"שגיאה: התנגשות מקור: validate_and_build_gene"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו גן שלא חלקו את אותו מקור.

"שגיאה: התנגשות גדילים: validate_and_build_gene"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו גן שלא חלקו את אותו גדיל.

"שגיאה: התנגשות של gene_id: validate_and_build_gene"
נמצאו שתי תכונות בתוך אותו גן שלא חלקו את אותו gene_id.

"FATAL: לא ניתן לפתוח את קובץ GTF: file_name לקריאה."
לא ניתן לפתוח את קובץ GTF לקריאה.

"FATAL: צריך אקסונים או CDS כדי לבנות תמלילים: process_start"
תכונת start_codon צוינה, ובכל זאת לא היו אקסונים או CDS משויכים
עם transcript_id הזה אז הסקריפט נכשל.

"FATAL: קוד לא נבדק ב-process_start. צור קשר עם המחבר לתמיכה."
התסריט נכתב כדי להסיק קודון התחלה על סמך נוכחות של UTR 5', אבל אנחנו
לא היה דוגמה ל-GTF מהסוג הזה כשכתבנו את הקוד, אז הרגנו את התהליך
מאשר להפעיל קוד לא נבדק. צור קשר עם המחבר לתמיכה.

"FATAL: סט תכונות לא חוקי: process_start"
ניסינו לשקול את כל הדרכים האפשריות להסיק קודון התחלה או להסיק לא-
הגן המקודד, ובכל זאת נכשלנו. השילוב שלך של תכונות גנים לא עושה
הגיוני לנו. אתה לא אמור לקבל את השגיאה הזו, ואם כן, נשמח מאוד לראות
קובץ GTF שיצר אותו. אנא צור קשר עם המחבר לתמיכה.

"FATAL: צריך אקסונים או CDS כדי לבנות תמלילים: process_stop"
תכונת stop_codon סומנה ולמרות זאת לא היו אקסונים או CDS קשורים
זה transcript_id כך שהסקריפט נכשל.

"FATAL: קוד לא נבדק ב-process_stop. צור קשר עם המחבר לקבלת תמיכה."
התסריט נכתב כדי להסיק קודון עצירה על סמך נוכחות של UTR 3', אבל אנחנו
לא היה דוגמה ל-GTF מהסוג הזה כשכתבנו את הקוד, אז הרגנו את התהליך
מאשר להפעיל קוד לא נבדק. צור קשר עם המחבר לתמיכה.

"FATAL: קבוצת תכונות לא חוקית: process_stop"
ניסינו לשקול את כל הדרכים האפשריות להסיק קודון עצירה או להסיק לא-
הגן המקודד, ובכל זאת נכשלנו. השילוב שלך של תכונות גנים לא עושה
הגיוני לנו. אתה לא אמור לקבל את השגיאה הזו, ואם כן, נשמח מאוד לראות
קובץ GTF שיצר אותו. אנא צור קשר עם המחבר לתמיכה.

"FATAL: קבוצת תכונות לא חוקית: process_exon_CDS_UTR"
ניסינו לשקול את כל הדרכים האפשריות להסיק אקסונים, CDS ו-UTRs ובכל זאת עשינו זאת
נִכשָׁל. השילוב שלך של תכונות גנים לא הגיוני לנו. אתה באמת
צריך אי פעם לקבל את השגיאה הזו, ואם כן, נשמח מאוד לראות את קובץ ה- GTF
יצר את זה. אנא צור קשר עם המחבר לתמיכה.

"FATAL: נדרשת הפניה למערך: sort_features."
משתמש לא אמור להיות מסוגל להפעיל שגיאה זו. זה כמעט בוודאות מעיד על א
באג תוכנה. נא ליצור קשר עם המחבר.

"FATAL: לא יכול לקבוע גדיל ב: sort_feature_types."
זה עשוי להצביע על כך שקובץ GTF שלך אינו מציין את הגדיל עבור תכונות ש
לדרוש את זה. זה עשוי גם להצביע על באג בתוכנה. נא ליצור קשר עם המחבר.

"FATAL: נדרשת הפניה ל-hash: sort_feature_types."
משתמש לא אמור להיות מסוגל להפעיל שגיאה זו. זה כמעט בוודאות מעיד על א
באג תוכנה. נא ליצור קשר עם המחבר.

"FATAL: ערך לא חוקי הועבר לגדיל: גדיל."
זה עשוי להצביע על כך שקובץ GTF שלך אינו מציין את הגדיל עבור תכונות ש
לדרוש את זה. שקול להשתמש בפרמטר DEFAULT_STRAND בקובץ התצורה. יכול להיות
מציין גם באג תוכנה. נא ליצור קשר עם המחבר.

תְצוּרָה ו הסביבה

קובץ תצורה מסופק עם הסקריפט הזה. התסריט יחפש את זה
קובץ תצורה ב-./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg או /etc/gtf2gff3.cfg בסדר זה.
אם קובץ התצורה לא נמצא באחד מאותם מיקומים ואחד לא מסופק
באמצעות הדגל --cfg הוא ינסה לבחור כמה ברירות מחדל שפויות, אבל אתה באמת צריך לספק
קובץ התצורה. ראה את קובץ התצורה שסופק עצמו וכן את ה-README
שהגיע עם החבילה הזו לפורמט ופרטים על קובץ התצורה.

תלות

סקריפט זה דורש את חבילות ה-perl הבאות הזמינות מ-CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Long; השתמש ב-Config::Std;

אי התאמה

אף אחת מהן לא דווחה.

השתמש ב-gtf2gff3p באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net