hhblits - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

hhblits - שיטת זיהוי הומולוגיה מהירה לחיפוש איטרטיבי במסד נתונים של HMM

תַקצִיר

hhblits -i שאלה [אפשרויות]

תיאור

HHblits גרסה 2.0.16 (ינואר 2013): רצף איטרטיבי המבוסס על HMM-HMM מהיר בזק
search HHblits הוא כלי חיפוש רצף איטרטיבי רגיש, לשימוש כללי
מייצג גם רצפי שאילתות וגם מסד נתונים על ידי HMMs. אתה יכול לחפש במאגרי מידע של HHblits
החל מרצף שאילתה בודד, יישור רצף מרובה (MSA), או HMM.
HHblits מדפיס רשימה מדורגת של HMMs/MSA של מסד נתונים ויכולה גם ליצור MSA על ידי
מיזוג HMMs/MSA של מסד הנתונים המשמעותיים לשאילתת MSA.

Remmert M., Biegert A., Hauser A., ​​and Soding J. HHblits: איטרטיבי מהיר ברק
חיפוש רצף חלבון על ידי יישור HMM-HMM. נאט. מתודות 9:173-175 (2011) (ג)
יוהנס סודינג, מייקל רמרט, אנדריאס ביגרט, אנדריאס האוזר

-i
קלט/שאילתה: רצף בודד או יישור רצף מרובה (MSA) ב-a3m, a2m, או
פורמט FASTA, או HMM בפורמט hhm

יכול להיות 'stdin' או 'stdout' לאורך כל הדרך.

אפשרויות

-d
שם מסד הנתונים (למשל uniprot20_29Feb2012) (ברירת מחדל=)

-n [1,8] מספר איטרציות (ברירת מחדל=2)

-e [0,1] חיתוך ערך אלקטרוני עבור הכללה ביישור התוצאה (def=0.001)

קֶלֶט יישור פורמט:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה;

' -' = מחק; '.' = פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)

-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה

-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה

תְפוּקָה אפשרויות:
-o
כתוב תוצאות בפורמט סטנדרטי לקובץ (ברירת מחדל = )

-oa3m
כתוב תוצאה MSA עם התאמות משמעותיות בפורמט a3m

אופסי
כתוב תוצאה MSA של התאמות משמעותיות בפורמט PSI-BLAST

-אוהמ
כתוב קובץ HHM לתוצאה MSA של התאמות משמעותיות

-אואליס
כתוב MSA בפורמט A3M לאחר כל איטרציה

-אופס
כתוב יישור זוג של התאמות משמעותיות בפורמט FASTA אנלוגי עבור
פלט בפורמט a3m ו-a2m (למשל -Oa3m)

-קחמ
כתוב קובץ HHM של קלט שאילתה מהאיטרציה האחרונה (ברירת מחדל=כבוי)

-Seq
מקסימום מספר רצפי שאילתות/תבנית המוצגים (ברירת מחדל=1)

-אליו
מספר עמודות בכל שורה ברשימת היישור (ברירת מחדל=80)

-p [0,100]
הסתברות מינימלית ברשימת הסיכום והיישור (ברירת מחדל=20)

-E [0,inf[
ערך אלקטרוני מקסימלי ברשימת הסיכום והיישור (ברירת מחדל=1E+06)

-Z
המספר המרבי של שורות ברשימת התאמות סיכום (ברירת מחדל=500)

-z
מספר מינימלי של שורות ברשימת התאמות סיכום (ברירת מחדל=10)

-B
המספר המרבי של יישורים ברשימת היישור (ברירת מחדל=500)

-b
מספר מינימלי של יישורים ברשימת היישור (ברירת מחדל=10)

אפשרויות סינון מראש

-noprefilt
השבת את כל שלבי הסינון

-noaddfilter
השבת את כל שלבי הסינון (למעט סינון מוקדם מהיר)

-נוד מסנן
השבת סינון נוסף של HMMs מסוננים מראש

-noblockfilter חפש את המטריצה ​​השלמה בויטרבי

-maxfilt
המספר המרבי של התאמות המותר לעבור מסנן מקדים שני (ברירת מחדל=2)

אפשרויות סינון הוחלו על MSA של שאילתות, MSA של מסד נתונים ו-MSA של תוצאה

-את כל הצג את כל הרצפים בתוצאה MSA; אל תסנן את התוצאה MSA

- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (def=90)

-הבדל [0,inf[
לסנן MSA על ידי בחירת קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על מספר זה לפחות
seqs בכל בלוק MSA באורך 50 (def=1000)

-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם רצף מאסטר (%) (def=0)

-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם רצף מאסטר (%) (def=0)

-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם רצף מאסטר (ברירת מחדל=-20.0)

-נף [1,inf]
גיוון יעד של יישור רצף מרובה (ברירת מחדל=כבוי)

הממ-הממ יישור אפשרויות:
-norealign
אין ליישר מחדש את ההיטים המוצגים עם אלגוריתם MAC (def=realign)

-מקט [0,1[
סף הסתברות אחורי ליישור מחדש של MAC (def=0.350) בקרות פרמטרים
חמדנות יישור: 0:גלובלי >0.1:מקומי

-גלוב/-loc
השתמש במצב יישור גלובלי/מקומי לחיפוש/דירוג (def=local)

-realign_max
ליישר מחדש את המקסימום התאמות (ברירת מחדל=1000)

-alt
להראות להרבה יישורים חלופיים משמעותיים (def=2)

-להטמיע לְמַזֵג התאמות לשאילתת MSA לפני יישור ההתאמות הנותרות (def=3)

-מִשׁמֶרֶת [-1,1]
קיזוז ציון פרופיל פרופיל (def=-0.03)

-ssm {0,..,4}
0: אין ss ניקוד 1,2: ss ניקוד לאחר או במהלך יישור [ברירת מחדל=2] 3,4: ss
ניקוד לאחר או במהלך יישור, חזוי לעומת חזוי

-ssw [0,1]
משקל של ציון ss (def=0.11)

פער עלות אפשרויות:
-gapb [0,inf[
תערובת פסאודו-ספירת מעבר (def=1.00)

-פער [0,inf[
תערובת פסאודו-ספירת מעבר עבור פער פתוח (ברירת מחדל=0.15)

-לִבהוֹת [0,1.5]
תערובת פסאודו-ספירת מעבר להארכת פער (def=1.00)

-פער ]0,inf]
גורם להגדלת/הפחתת העונש על מחיקות (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
גורם להגדלה/הקטנה של עונש פתיחה של פערים עבור הוספות (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
גורם להגדלת/הקטנת פער הארכת עונש למחיקות (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
גורם להגדלה/הקטנה של עונש הארכת פער עבור הוספות (def=0.60)

-למשל [0,inf[ עונש (סיביות) עבור פערי קצה המיושרים לשאריות שאילתה (def=0.00)

-egt [0,inf[ עונש (סיביות) עבור פערי קצה מיושרים לשאריות תבנית (def=0.00)

ספאודו-ספירת (מחשב) אפשרויות:
-pcm {0,..,2}
תלות במיקום של תערובת המחשב 'tau' (מצב מחשב, ברירת מחדל=2) 0: אין ספירת פסאודו:
tau = 0 1: קבוע tau = a 2: תלוי במגוון: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: מספר ה-seqs יעיל ב-MSA מקומי סביב עמודה i)

-pca [0,1] תערובת פסאודו-ספירת כללית (def=1.0)

-pcb [1,inf[ ערך סף Neff for -pcm 2 (בגדר 1.5)

-pcc [0,3] מעריך הכחדה ג עבור -pcm 2 (בגדר 1.0)

-pre_pca [0,1]
תערובת פסאודו-ספירת PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb סף [1,inf[ PREFILTER עבור Neff (def=1.8)

ספציפי להקשר ספירת פסאודו:
-nocontxt
השתמש ב-substitution-matrix במקום בפסאודו-ספירות ספציפיות להקשר

-קונטקסט קובץ הקשר לחישוב פסאודו-ספירות ספציפיות להקשר
(ברירת מחדל=./data/context_data.lib)

-cslib
קובץ מצב העמודה עבור סינון מוקדם של מסד נתונים מהיר (ברירת מחדל=./data/cs219.lib)

חיזוי מבנה משני

-מוסיפה הוסף מבנה שני שנחזה עם PSIPRED לתוצאה של MSA

-psipred ספרייה עם קובצי הפעלה של PSIPRED (ברירת מחדל =)

-psipred_data
ספרייה עם נתוני PSIPRED (ברירת מחדל=)

אחר אפשרויות:
-v
מצב מילולי: 0:אין פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות (הגדרה=2)

-neffmax ]1,20] דלג על איטרציות חיפוש נוספות כאשר גיוון Neff של השאילתה MSA

הופך לגדול מ-neffmax (ברירת מחדל=10.0)

-מעבד
מספר המעבדים לשימוש (עבור SMPs זיכרון משותף) (ברירת מחדל=2)

-ציונים כתוב ציונים עבור כל ההשוואות הזוגיות לקובץ

-atab כתוב את כל היישורים בפריסה טבלאית לקובץ

-maxres
מספר מקסימלי של עמודות HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ מקסימום זיכרון זמין ב-GB (def=3.0)

דוגמאות

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

הורד מסדי נתונים מftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

השתמש ב-hhblits באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net