hhmake - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

hhmake - בנה HMM מיישור קלט או המר בין פורמט HMMER ל-HHsearch
פוּרמָט

תַקצִיר

hhmake -i פילה [אפשרויות]

תיאור

HHmake גרסה 2.0.16 (ינואר 2013) בנה HMM מיישור קלט ב-A2M, A3M או
פורמט FASTA, או המרה בין פורמט HMMER (.hmm) לפורמט HHsearch (.hhm). רמרט
M, Biegert A, Hauser A ו-Soding J. HHblits: רצף חלבונים איטרטיבי מהיר ברק
חיפוש לפי יישור HMM-HMM. נאט. מתודות 9:173-175 (2011). (ג) יוהנס סודינג,
מייקל רמרט, אנדריאס ביגרט, אנדריאס האוזר

-i
יישור שאילתה (A2M, A3M או FASTA), או שאילתה HMM

תְפוּקָה אפשרויות:
-o
קובץ HMM לכתיבה (ברירת מחדל = )

-a
קובץ HMM לצירוף

-v
מצב מילולי: 0:ללא פלט מסך 1:אזהרות בלבד 2: מילוליות

-Seq
מקסימום מספר רצפי שאילתות/תבנית המוצגים (def=10) היזהר מהצפות! את כל
רצפים אלה מאוחסנים בזיכרון.

-חסרונות הפוך את רצף הקונצנזוס הראשי לרצף השאילתה MSA

- שם
השתמש בשם זה עבור HMM (ברירת מחדל: השתמש בשם של הרצף הראשון)

יישור רצף מרובה של שאילתת סינון

- [0,100] זהות רצף זוגית מקסימלית (%) (def=90)

-הבדל [0,inf[
לסנן MSA על ידי בחירת קבוצת הרצפים המגוונת ביותר, תוך שמירה על מספר זה לפחות
seqs בכל בלוק MSA באורך 50 (def=100)

-cov [0,100] כיסוי מינימלי עם שאילתה (%) (def=0)

-קיד [0,100] זהות רצף מינימלית עם שאילתה (%) (def=0)

-qsc [0,100] ציון מינימלי לכל עמודה עם שאילתה (def=-20.0)

-נף [1,inf]
מגוון יעד של יישור (ברירת מחדל=כבוי)

קֶלֶט יישור פורמט:
-M a2m משתמש ב-A2M/A3M (ברירת מחדל): אותיות רישיות = התאמה; אותיות קטנות = הוספה; '-' = מחק; '.' =
פערים מיושרים לתוספות (ניתן להשמיט)

-M ראשון
השתמש ב-FASTA: עמודות עם שאריות ברצף הראשון הן מצבי התאמה

-M [0,100]
השתמש ב-FASTA: עמודות עם פחות מ-X% פערים הם מצבי התאמה

ספאודו-ספירת (מחשב) אפשרויות:
-pcm תלות מיקום 0-2 של תערובת המחשב 'tau' (מצב מחשב, ברירת מחדל=0)

0: אין ספירת פסאודו:
טאו = 0

1: קבוע
טאו = א

2: תלוי במגוון: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: מספר של
סדרות אפקטיביות ב-MSA מקומי סביב עמודה i) 3: ספירת פסאודו של מגוון קבוע

-pca [0,1] תערובת פסאודו-ספירת כללית (def=1.0)

-pcb [1,inf[ ערך סף Neff for -pcm 2 (בגדר 1.5)

-pcc [0,3] מעריך הכחדה ג עבור -pcm 2 (בגדר 1.0)

-pre_pca [0,1]
תערובת פסאודו-ספירת PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb סף [1,inf[ PREFILTER עבור Neff (def=1.8)

ספציפי להקשר ספירת פסאודו:
-nocontxt
השתמש ב-substitution-matrix במקום בפסאודו-ספירות ספציפיות להקשר

-קונטקסט קובץ הקשר לחישוב פסאודו-ספירות ספציפיות להקשר
(ברירת מחדל=./data/context_data.lib)

-cslib
קובץ מצב העמודה עבור סינון מוקדם של מסד נתונים מהיר (ברירת מחדל=./data/cs219.lib)

דוגמה: hhmake -i test.a3m

השתמש ב-hhmake באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net