idba - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler לנתוני רצף היברידי

תַקצִיר

idba_hybrid -r read.fa -o output_dir [--התייחסות ref.fa]

תיאור

IDBA-Tran הוא מרכיב איטרטיבי של De Bruijn Graph De Novo לקריאה קצרה עבור תעתיק.
זהו אסמבלר דה נובו בלבד המבוסס על קריאות רצף RNA בלבד. IDBA-Tran משתמש מקומי
הרכבה כדי לשחזר k-mers חסרים בתמלילים בעלי ביטוי נמוך ולאחר מכן מעסיקה
חיתוך פרוגרסיבי על contigs כדי להפריד את הגרף לרכיבים. כל רכיב
מתאים לגן אחד ברוב המקרים ומכיל לא הרבה תעתיקים. היוריסטיקה
לאחר מכן נעשה שימוש באלגוריתם המבוסס על קריאה בקצה הזוגי כדי למצוא את האיזופרמים.

אפשרויות

-o, --הַחוּצָה arg (=out)
ספריית פלט

-r, --לקרוא גדול מ
fasta read file (<=128)

--read_level_2 גדול מ
קצה זוגי קורא fasta עבור פיגומים ברמה השנייה

--read_level_3 גדול מ
קצה זוגי קורא fasta עבור פיגומים ברמה שלישית

--read_level_4 גדול מ
קצה זוגי קורא fasta עבור פיגומים ברמה הרביעית

--read_level_5 גדול מ
קצה זוגי קורא fasta עבור פיגומים ברמה החמישית

-l, --קריאה_ארוכה גדול מ
fasta קובץ קריאה ארוכה (>128)

--התייחסות גדול מ
גנום התייחסות

--חַרפָּן arg (=20)
ערך k מינימום (<=124)

--maxk arg (=100)
ערך k מקסימלי (<=124)

--שלב arg (=20)
תוספת של k-mer של כל איטרציה

--מינק_פנימי arg (=10)
ערך k מינימלי פנימי

--צעד_פנימי arg (=5)
תוספת פנימית של k-mer

-קידומת arg (=3)
אורך קידומת המשמש לבניית טבלת תת k-mer

--מיני_ספירה arg (=2)
ריבוי מינימלי לסינון k-mer בעת בניית הגרף

--min_support arg (=1)
מינימום תמיכה בכל איטרציה

--מספר_חוטים arg (=0)
מספר חוטים

--seed_kmer arg (=30)
גודל קמר זרע ליישור

--min_contig arg (=200)
גודל מינימלי של contig

--min_region arg (=500)
גודל מינימלי של אזור בגנום הייחוס

--דוֹמֶה arg (=0.95)
דמיון ליישור

--max_mismatch arg (=3)
אי התאמה מקסימלית של תיקון שגיאות

--מיני_זוגות arg (=3)
מספר מינימלי של זוגות

--max_gap arg (=50)
פער מירבי בהתייחסות

--לא_מקומי
אל תשתמש בהרכבה מקומית

--אין_כיסוי
אל תחזור על הכיסוי

--לא_נכון
לא לעשות תיקון

--תיקון_קדם
לבצע תיקון מוקדם לפני ההרכבה

השתמש ב-idba באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net