אינדיגו-דקו - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

indigo-deco - זיהוי פיגום מולקולות ופירוק קבוצת R

תַקצִיר

אינדיגו-דקו קבצים [פרמטרים]

אינדיגו-דקו -h

תיאור

אינדיגו-דקו מבצע זיהוי פיגום מולקולות ופירוק קבוצת R. מְקוּבָּל
הפורמטים הם: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES ו-CML.

אפשרויות

אינדיגו-דקו מקבל את הפרמטרים הבאים.

-h הדפס הודעת עזרה

-a חשב פיגום משוער (ברירת המחדל היא מדויקת)

-s
כתוב מקסימום פיגום נמצא למולפיל

-S
כתוב את כל הפיגומים שנמצאו לקובץ SD

-l
אל תחשב פיגום, אלא טען אותו מהקובץ

-סר
כתוב פיגום עם R-sites לקובץ

-o
כתוב מולקולות מודגשות שהתקבלו לקובץ

-r
כתוב מולקולות שהתקבלו עם קבוצות r מופרדות לקובץ

נוצר אין שיקול ארומטי

-- מסמן את סוף האפשרויות

דוגמאות

אינדיגו-דקו *.מול -o hl.sdf -s scaf.sdf
קרא מולקולות מ-molfiles בספרייה הנוכחית, שמור מקסימום פיגום שנמצא
ל-scaf.mol ולשמור מולקולות מודגשות ב-hl.sdf.

אינדיגו-דקו structure.mol many.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
קרא מולקולה אחת מ-structure.mol ומולקולות מרובות מ-many.sdf, שמור
מולקולות עם r-rgoups ל-rg.sdf ולשמור את כל הפיגומים שנמצאו ל-allscafs.sdf.

אינדיגו-דקו *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
קרא מולקולות מרובות מכל קובץ SMILES בספרייה הנוכחית, קרא
פיגום מ-readyscaf.mol ושמור מולקולות מודגשות ב-hl.sdf.

השתמש באינדיגו-דקו באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net