indigo-depict - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

אינדיגו-תאר - שימוש בעיבוד מולקולה ותגובה

תַקצִיר

מתאר אינדיגו infile.{mol,rxn,cml,smi} קובץ outfile.{png,svg,pdf} [פרמטרים]

מתאר אינדיגו infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [פרמטרים]

מתאר אינדיגו infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [פרמטרים]

מתאר אינדיגו - סמיילים outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [פרמטרים]

מתאר אינדיגו עזרה

תיאור

מתאר אינדיגו משמש לתיאור מולקולות.

אפשרויות

מתאר אינדיגו יכול לקרוא קבצי קלט או קוד SMILES מהקלט הסטנדרטי. אלה יכולים להיות
ואחריו אחד או יותר מהפרמטרים הבאים.

-w
רוחב התמונה בפיקסלים

-h
גובה התמונה בפיקסלים

-אגרת חוב
אורך קשר ממוצע בפיקסלים

-שוליים
שוליים אופקיים ואנכיים, בפיקסלים. אין שוליים כברירת מחדל

-עוֹבִי
הגדר מקדם עובי יחסי. ברירת המחדל היא 1.0

-רוחב קו
הגדר מקדם רוחב קו חיבור. ברירת המחדל היא 1.0

-תווית
הגדר מצב תצוגת תווית אטום. ברירת המחדל היא טרמינלי-הטרו

-הידרו
הצג מימנים מרומזים. ברירת המחדל היא on

-[דה]ארום
כוח [דה] ארומטיזציה

-סטרו
מצב תצוגה של קבוצות סטריאו. ברירת המחדל היא זקן

-cdbwsa
קשרים כפולים מרכזיים שיש להם קשר סטריאו סמוך (מושבת כברירת מחדל)

-שאילתא התייחס לקלט כאל מולקולת שאילתה או תגובה (מושבת כברירת מחדל)

-חכמים
התייחס לקלט כאל מולקולת שאילתה או תגובה של SMARTS (מושבת כברירת מחדל)

-idfield
יש לשים שדה SDF/RDF במקום '%s' בשמות הקבצים השמורים (ברירת המחדל היא
מספר מולקולה/תגובה)

-זרזים
מיקום זרזי תגובה מול החץ. ברירת המחדל היא מעל ומתחת

-תגובה
הערת טקסט יש לשים מעל המולקולה או התגובה. אין ערך ברירת מחדל

-הקזת הערות
רווח אנכי (בפיקסלים) בין ההערה למבנה

- שדה הערות
השתמש בשדה SDF/RDF שצוין כהערה

-שם הערה
השתמש בשם המולקולה/תגובה כהערה

-הערות
גורם גודל גופן של הערות טקסט ביחס לעובי הקשר. ברירת המחדל היא 6

-הערות
מיקום הערת טקסט (למטה כברירת מחדל)

-תיאום תגובות <0..1>
יישור הערות טקסט, ערך צף: 0 = שמאל, 0.5 = מרכז, 1 = נכון

-גִוּוּן
הפעל/השבת צביעה. ברירת המחדל היא on

-עבה
אפשר הדגשה עם קווים עבים ותווים מודגשים

-hlcolor
אפשר הדגשה עם צבע. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-bgcolor
הגדר את צבע הרקע. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-צבע בסיסי
הגדר את צבע החזית המוגדר כברירת מחדל. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-aamcolor
הגדר את הצבע של מדדי AAM. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-dsgcolor
הגדר את הצבע של נתונים SGroups. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-צבע תגובה
הגדר את צבע ההערה. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]

-מספרי אטומים
הצג מספרי אטומים (למטרות איתור באגים בלבד)

-מספרי איגרות חוב
הצג מספרי איגרות חוב (למטרות איתור באגים בלבד)

-מבוסס אחד
התחל את מדדי האטום והקשרים מאחד. ברירת המחדל היא מאפס

עזרה הדפס הודעת עזרה זו

דוגמאות

מתאר אינדיגו infile.mol outfile.png -גִוּוּן כבוי -ארום
מתאר אינדיגו database.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno -עוֹבִי 1.1
מתאר אינדיגו database.smi database.sdf
מתאר אינדיגו - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -שאילתא
מתאר אינדיגו - OCO>>CC(C)N תגובה.rxn

השתמש באינדיגו מקוון באמצעות שירותי onworks.net