זוהי הפקודה ipcress שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
ipcress - מערכת הדמיית ניסוי PCR In-silico
תַקצִיר
ipcress [ אפשרויות ] <primer קובץ> <רצף שבילים>
תיאור
ipcress האם ה In-סיליקו PCR Eניסוי Sהדמיה Sמערכת.
זהו כלי לסימולציה של ניסויי PCR. אתה מספק קובץ המכיל פריימרים
ומערכת של רצפים, והיא מנבאת תוצרי PCR.
Ipcress דומה לתוכנית האלקטרוני PCR של ה-NCBI, אך מהירה הרבה יותר, ואינה
סובלים מבעיות בזיהוי התאמות כאשר יש סימני אי בהירות ליד הפריימר
מסתיים.
אם אתה מספק זוגות פריימרים רבים יחד, ipcress ידמה את ניסויי ה-PCR ב
מקביל, המאפשר הדמיה רחבה של הגנום של מספר רב של ניסויים. זה משתמש ברבים
ספריות מה- פטור כלי השוואת רצף.
קלט פורמט
הקלט עבור ipcress הוא קובץ פשוט מופרד ברווח לבן המתאר ניסוי אחד לכל
קַו. כל שורה מכילה את 5 השדות הבאים:
id מזהה עבור הניסוי הזה
primer_A רצף לפריימר הראשון
primer_B רצף לפריימר השני
min_product_len אורך מוצר מינימלי לדיווח
max_product_len אורך מוצר מקסימלי לדיווח
הנה שורה לדוגמה בפורמט זה:
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
תפוקה פורמט
פורמט הפלט מתאר מוצר PCR אחד לכל שורה,
ובקידומת "ipcress:", ואחריו 11 השדות הבאים:
sequence_id מזהה הרצף
experiment_id מזהה ניסוי PCR
אורך_מוצר אורך המוצר PCR
primer_5 פריימר 5' (או A או B)
pos_5 מיקום פריימר 5'
אי התאמה_5 מספר אי התאמות בפריימר 5'
primer_3 |
pos_3 | אותם שדות עבור פריימר 3'
אי התאמה_3 |
תיאור תיאור של מוצר ה-PCR
שדה התיאור הוא אחת מ-4 המחרוזות הבאות:
קָדִימָה מוצר רגיל, פריימר A ואחריו B
revcomp מוצר רגיל, פריימר B ואחריו A
יחיד_א מוצר גרוע שנוצר על ידי primer_A בלבד
יחיד_ב מוצר גרוע שנוצר על ידי primer_B בלבד
מוצג גם פלט קריא אנושי, אינו מיועד לניתוח (ראה:
--די למטה).
כללי אפשרויות
לרוב הטיעונים יש צורות קצרות וארוכות. הצורות הארוכות
יש סיכוי גבוה יותר להיות יציבים לאורך זמן, ולכן יש להשתמש בהם בסקריפטים אשר
להתקשר ל-ipcress.
-h | --shorthelp
הצג עזרה. זה יציג סיכום תמציתי של האפשרויות הזמינות, ברירות מחדל
והערכים המוגדרים כעת.
- עזרה
זה מציג את כל אפשרויות העזרה כולל ברירות המחדל, הערך המוגדר כעת,
ומשתנה הסביבה שבו ניתן להשתמש כדי להגדיר כל פרמטר. יהיו
להוות אינדיקציה אילו אפשרויות הן חובה. לאפשרויות חובה אין
ברירת המחדל, וחייב להיות מסופק ערך כדי ש-ipcress יפעל. אם אפשרויות חובה
משמשים לפי הסדר, ניתן לדלג על הדגלים שלהם משורת הפקודה (ראה דוגמאות
לְהַלָן). שלא כמו דף אדם זה, המידע מהאפשרות הזו תמיד יהיה למעלה
עד היום עם הגרסה העדכנית ביותר של התוכנית.
-v | --גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה. מציג גם מידע אחר כגון תאריך הבנייה
וגרסה גלייב בשימוש.
קובץ קלט אפשרויות
-i | --קֶלֶט
נתוני ניסוי PCR בפורמט קובץ ipcress שתואר לעיל.
-s | --סדר פעולות
ציין את הרצפים. ייתכן שצוינו כאן מספר קבצים, מה שמפחית את ה-FSM
בניית תקורה, וגורמת ל-ipcress לרוץ מהר יותר מאשר הפעלת התהליך
לְחוּד.
IPCRESS פרמטרים
-m | --חוסר התאמה
ציין את מספר אי ההתאמה המותרת לכל פריימר. מתן אי התאמה מפחית
יש לבנות את מהירות התוכנית כשכונת פריימר גדולה, ו
ניתן להכניס פחות ניסויים לזיכרון לפני כל סריקה של הרצף
מאגרי מידע.
-M | --זיכרון
ציין את כמות הזיכרון שהתוכנית צריכה להשתמש. כמה שיותר זיכרון
ipcress זמין, כך הוא יפעל מהר יותר, מכיוון שניתן לערוך יותר ניסויי PCR
בכל סריקה של מסדי הנתונים ברצף. זה לא כולל זיכרון ששימש במהלך
הסריקה (לאחסון תוצאות חלקיות ורצפים), כך שהכמות בפועל של
הזיכרון בשימוש יהיה מעט גבוה יותר.
-p | --יפה
הצג תוצאות בפורמט קריא אנושי, לא מיועד לניתוח.
-P | --מוצרים
הצג מוצרי PCR כרצף פורמט FASTA.
-S | --זֶרַע
ציין את אורך הזרע עבור המילה Neighbourhood עבור FSM. אם מוגדר לאפס,
נעשה שימוש בפריימר המלא. מילים קצרות יותר מקטינות את גודל השכונה, אבל
הגדל את הזמן שלוקח ל-ipcress לסנן התאמות חיוביות שגויות.
הסביבה
עדיין לא מתועד.
דוגמאות
ipcress test.ipcress sequence.fasta
זוהי הדרך הפשוטה ביותר שבה ניתן להשתמש ב-ipcress.
ipcress dbsts_human.ipcress --סדר פעולות ncbi30/*.fasta --חוסר התאמה 1
השווה קובץ קלט מול קבוצה של קבצי fasta, ואפשר אי התאמה אחת בכל אחד
תֶחֶל.
גִרְסָה
תיעוד זה מלווה את גירסה 2.2.0 של החבילה המשחררת.
השתמש ב-ipcress באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
