זוהי הפקודה load_genbankp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
load_genbank.pl - טען מסד נתונים Bio::DB::GFF מקבצי GENBANK.
תַקצִיר
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
הערה: הסקריפט bp_genbank2gff.pl בהפצת BioPerl זהה לסקריפט זה.
תיאור
סקריפט זה טוען מסד נתונים Bio::DB::GFF עם התכונות הכלולות ב-Local
קובץ genbank או הצטרפות שנשלפת מ-genbank. אפשרויות שורת פקודה שונות
מאפשרים לך לשלוט באיזה מסד נתונים לטעון והאם לאפשר למסד נתונים קיים
להיות מוחלף.
סקריפט זה משתמש כרגע רק ב-MySQL, אם כי הוא הוכחה לעיקרון ויכול בקלות
להרחיב לעבוד עם RDMS אחרים הנתמכים על ידי GFF באמצעות מתאמים.
שורת הפקודה אפשרויות
ניתן לקצר אפשרויות שורת הפקודה לאפשרויות באות אחת. למשל -d במקום
--מאגר מידע.
-- ליצור כוח יצירה ואתחול של מסד נתונים
--dsn מקור נתונים (ברירת מחדל dbi:mysql:test)
--מִשׁתַמֵשׁ שם משתמש לאימות mysql
--לַעֲבוֹר סיסמא לאימות mysql
--פרוקסי שרת פרוקסי לשימוש עבור גישה מרחוק
--file ארגומנטים הבאים הם שמות קבצים Genbank/EMBL (ברירת מחדל)
--הצטרפות הטיעונים הבאים הם מספרי הצטרפות ל-genbank
--stdout כתוב קובץ GFF שהומר ל-stdout במקום טעינה
השתמש ב-load_genbankp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
