זוהי הפקודה ltrsift שניתן להפעיל בספק האחסון החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
ltrsift - ממשק גרפי לעיבוד וסיווג של LTR
מועמדי רטרוטרנספוזון
תַקצִיר
ltrsift
תיאור
LTRsift הוא כלי שולחן עבודה גרפי לעיבוד שלאחר חצי אוטומטי של דה נובו חזוי
הערות רטרוטרנספוזון של LTR, כגון אלו שנוצרו על ידי LTRharvest ו-LTRdigest.
תְצוּרָה
הקבצים הבינאריים LAST (lastal ו-lastdb) צריכים להיות ממוקמים בנתיב החיפוש של המערכת. אם הם
אינם, האם ניתן לציין את מיקומם באמצעות סביבת "GT_LAST_PATH".
משתנה לפני הפעלת LTRsift. כך גם לגבי מיקום ה-BLAST. להשתמש
``GT_BLAST_PATH" כדי לציין את הנתיב המלא לקובץ ההפעלה "blastall".
קבצי סגנון (המתארים איך נראה הדיאגרמה הליניארית של התכונות המועמדות) יכולים להיות
מוגדר באמצעות משתנה הסביבה LTRSIFT_STYLE_FILE. נבנה סגנון ברירת מחדל הגיוני
לתוך LTRsift.
השתמש ב-ltrsift באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
