maq - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

Maq - מיפוי והרכבה עם איכויות

תַקצִיר

אבל ש הפקודה [אפשרויות] טיעונים

maq.pl הפקודה [אפשרויות] טיעונים

תיאור

Maq היא תוכנה שבונה מכלולי מיפוי מקריאות קצרות שנוצרו על ידי הבא-
דור מכונות רצף. הוא תוכנן במיוחד עבור Illumina-Solexa 1G Genetic
מנתח, ובעל פונקציונליות ראשונית לטיפול בנתוני AB SOLiD.

עם Maq אתה יכול:

· יישור מהיר של Illumina/SOLiD קריאות לגנום הייחוס. עם אפשרויות ברירת המחדל, אחת
ניתן למפות מיליון זוגות של קריאות לגנום האנושי תוך כ-10 שעות מעבד בפחות
מזיכרון 1G.

· למדוד במדויק את הסתברות השגיאה של היישור של כל קריאה בודדת.

· קרא לגנוטיפים הקונצנזוס, כולל פולימורפיזם הומוזיגוטי והטרוזיגוטי, עם
איכות הסתברותית Phred שהוקצתה לכל בסיס.

· מצא אינדלס קצר עם קריאות קצה מזווגות.

· מצא במדויק מחיקות גנומיות וטרנסלוקציות בקנה מידה גדול עם קריאות קצה מזווגות.

· גלה CNVs פוטנציאליים על ידי בדיקת עומק הקריאה.

· להעריך את הדיוק של איכויות בסיס גולמיות מסיקוונסרים ולעזור לבדוק את
טעויות שיטתיות.

עם זאת, מאק יכול לא:

· עשה de חדש הַרכָּבָה. (Maq יכול לקרוא לקונצנזוס רק על ידי מיפוי קריאות לאדם ידוע
התייחסות.)

· מפה קצרים קוראים כנגד עצמם. (Maq יכול למצוא רק חפיפה מלאה בין קריאה.)

· יישר קריאות נימיות או 454 קריאות להפניה. (Maq לא יכול ליישר קריאות יותר מ
63 bp.)

מאק פקודות

מפתח פקודות

fasta2bfa אבל ש fasta2bfa in.ref.fasta out.ref.bfa

המרת רצפים בפורמט FASTA לפורמט BFA (בינארי FASTA) של Maq.

fastq2bfq אבל ש fastq2bfq [-n nreads] in.read.fastq out.read.bfq⎪out.prefix

המר קריאות בפורמט FASTQ לפורמט BFQ (בינארי FASTQ) של Maq.

אפשרויות:

-n INT מספר קריאות לקובץ [לא צוין]

מַפָּה אבל ש מַפָּה [-n nmis] [-a maxins] [-c] [-1 len1] [-2 len2] [-d adapt3] [-m מוטציה]
[-u לא ממופה] [-ה maxerr] [-M c⎪g] [-N] [-H allhits] [-C maxhits] out.aln.map
in.ref.bfa in.read1.bfq [in.read2.bfq] 2> out.map.log

מפה קוראת לרצפי ההתייחסות.

אפשרויות:

-n INT מספר אי-התאמות המקסימליות שניתן למצוא תמיד [2]

-a INT מרחק חיצוני מרבי עבור זוג קריאה נכון [250]

-A INT מרחק חיצוני מרבי של שני קריאות RF בתשלום (0 לביטול) [0]

-c קריאת המפה במרחב הצבעים (עבור SOLiD בלבד)

-1 INT אורך הקריאה לקריאה הראשונה, 0 עבור אוטומטי [0]

-2 INT אורך הקריאה עבור הקריאה השנייה, 0 עבור אוטומטי [0]

-m לצוף קצב המוטציה בין רצפי הייחוס והקריאות [0.001]

-d קובץ ציין קובץ המכיל שורה אחת של רצף המתאם 3'
[ריק]

-u קובץ זרוק קריאות לא ממופה וקריאות המכילות יותר מ nmis אי התאמה ל
קובץ נפרד [null]

-e INT סף על סכום אי התאמה של איכויות בסיס [70]

-H קובץ זרוק מספר/כל 01-אי-התאמה להיטים אל קובץ [ריק]

-C INT מספר מרבי של כניסות לפלט. ללא הגבלה אם הוא גדול מ-512. [250]

-M מצב יישור מתילציה c⎪g. כל ה-C (או G) על הגדיל הקדמי יהיו
השתנה ל-T (או A). אפשרות זו מיועדת לבדיקה בלבד.

-N אחסן את מיקום אי ההתאמה בקובץ הפלט out.aln.map. כשזה
האפשרות בשימוש, אורך הקריאה המרבי המותר הוא 55bp.

הערה:

* קריאות קצה מזווגות יש להכין בשני קבצים, אחד לכל קצה, עם
קריאות ממוינות באותו סדר. פירוש הדבר הוא הקריאה הראשונה
הקובץ משודך עם הקריאה ה-k בקובץ השני. הקריאה המקבילה
השמות חייבים להיות זהים עד ל-`/1' או `/2'. למשל, כזה
מותרים צמד שמות קריאה: `EAS1_1_5_100_200/1' ו
'EAS1_1_5_100_200/2'. ה-tailing `/[12]' נוצר בדרך כלל על ידי ה-
GAPipeline כדי להבחין בין שני הקצוות בזוג.

* הפלט הוא קובץ בינארי דחוס. זה מושפע מהסבל.

* הדרך הטובה ביותר להפעיל פקודה זו היא לספק כ-1 עד 3 מיליון קריאות כ
קֶלֶט. יותר קריאות צורכות יותר זיכרון.

* אפשרות -n שולט ברגישות היישור. כברירת מחדל, להיט עם
תמיד ניתן למצוא עד 2 אי התאמה. גבוה יותר -n מוצא יותר להיטים וגם
משפר את הדיוק של איכויות המיפוי. עם זאת, זה נעשה במחיר
של מהירות.

* יישורים עם הרבה אי התאמה באיכות גבוהה יש למחוק כשווא
יישורים או זיהומים אפשריים. התנהגות זו נשלטת על ידי אפשרות
-e. ה -e סף מחושב רק בגלל איכויות בסיס
מחולקים ב-10 בשלב מסוים של היישור. ה -Q אפשרות ב
להרכיב הפקודה קבעה במדויק את הסף.

* זוג קריאות אמורים להיות מזווגים בצורה נכונה אם ורק אם
אוריינטציה היא FR והמרחק החיצוני של הזוג אינו גדול מ
maxins. אין הגבלה על גודל ההוספה המינימלי. הגדרה זו היא
נקבע על ידי אלגוריתם יישור הקצה המזווג המשמש ב-Maq. דורש א
גודל הוספה מינימלי יוביל לכמה יישורים שגויים עם מאוד
איכויות מיפוי מוערכות יתר על המידה.

* נכון לעכשיו, לצמדי קריאה מספריית Illumina/Solexa עם הוספה ארוכה יש קריאת RF
נטייה. גודל ההוספה המרבי נקבע לפי אפשרות -A. עם זאת, ארוך-
ספריית הוספה מעורבבת גם עם חלק קטן של קריאה קצרה
זוגות. -a צריך גם להיות מוגדר נכון.

* לפעמים 5'-end או אפילו כל רצף 3'-adapter עשוי להיות רצף.
מתן -d גורם ל-Maq לחסל את זיהומי המתאם.

* בהינתן 2 מיליון קריאות כקלט, אבל ש בדרך כלל לוקח 800MB זיכרון.

mapmerge אבל ש mapmerge out.aln.map in.aln1.map in.aln2.map [...]

מיזוג אצווה של יישורי קריאה יחד.

הערה:

* בתיאוריה, פקודה זו יכולה למזג מספר בלתי מוגבל של יישורים. עם זאת, כמו
mapmerge תקרא את כל התשומות בו-זמנית, היא עשויה לפגוע ב-
הגבלה של המספר המרבי של קבצי פתיחה שנקבעו על ידי מערכת ההפעלה. נכון לעכשיו, זה
יש לפתור באופן ידני על ידי משתמשי קצה.

* פקודה mapmerge יכול לשמש למיזוג קבצי יישור עם קריאה שונה
אורכים. כל הניתוחים הבאים אינם מניחים יותר אורך קבוע.

rmdup אבל ש rmdup out.rmdup.map in.ori.map

הסר זוגות עם קואורדינטות חיצוניות זהות. באופן עקרוני, משתלב עם
קואורדינטות חיצוניות זהות צריכות להתרחש לעתים רחוקות. עם זאת, בשל ה
הגברה בהכנת הדגימה, זה קורה הרבה יותר מאשר על ידי
הִזדַמְנוּת. ניתוחים מעשיים מראים שהסרת כפילויות עוזרת לשפר את
דיוק כללי של קריאת SNP.

להרכיב אבל ש להרכיב [-sp] [-m מקסימום] [-Q maxerr] [-r hetrate] [-t קוף] [-q minQ] [-N
nHap] out.cns in.ref.bfa in.aln.map 2> out.cns.log

קרא לרצפי הקונצנזוס ממיפוי קריאה.

אפשרויות:

-t לצוף מקדם תלות שגיאה [0.93]

-r לצוף חלק של הטרוזיגוטים בין כל האתרים [0.001]

-s קח איכות מיפוי קצה יחיד בתור איכות המיפוי הסופית;
אחרת תעשה שימוש באיכות מיפוי קצה מזווג

-p בטל קריאות קצה מזווגות שאינן ממופה בזוגות נכונים

-m INT המספר המרבי של אי-התאמות המותר לשימוש בקריאה
קריאת קונצנזוס [7]

-Q INT סכום מקסימלי מותר של ערכי איכות של בסיסים לא תואמים [60]

-q INT איכות מיפוי מינימלית אפשרה לשימוש בקריאה בקונצנזוס
מתקשר [0]

-N INT מספר הפלוטיפים במאגר (>=2) [2]

הערה:

* אפשרות -Q קובע מגבלה על הסכום המרבי של אי-התאמה של איכויות בסיס.
יש למחוק קריאות המכילות אי התאמה באיכות גבוהה.

* אפשרות -N קובע את מספר ההפלוטיפים בבריכה. זה נועד עבור
ריצוף מחדש של דגימות על ידי איחוד זנים/פרטים מרובים יחד. ל
ריצוף גנום דיפלואידי, אפשרות זו שווה ל-2.

גלפגן אבל ש גלפגן [-sp] [-m מקסימום] [-Q maxerr] [-r hetrate] [-t קוף] [-q minQ] [-N
nHap] out.cns in.ref.bfa in.aln.map 2> out.cns.log

חשב את סבירות היומן עבור כל הגנוטיפים ואחסן את התוצאות בפורמט GLF
(פורמט סבירות גנוטייפ). אנא בדוק באתר MAQ לקבלת פרטים
תיאורים של פורמט הקובץ וכלי השירות הקשורים.

indelpe אבל ש indelpe in.ref.bfa in.aln.map > out.indelpe

התקשר לאינדל עקבי מקריאת קצה מזווגת. הפלט מופרד עם TAB
כל שורה מורכבת מכרומוזום, מיקום התחלה, סוג האינדל, מספר
של קריאות על פני האינדל, גודל האינדל ונוקלאוטידים שהוכנסו/נמחקו
(מופרדים בנקודתיים), מספר אינדלים על הגדיל ההפוך, מספר אינדלס
על הגדיל הקדמי, רצף 5' לפני האינדל, רצף 3' אחריו
האינדל, מספר קריאות מיושר ללא אינדל ושלוש עמודות נוספות
עבור מסננים.

בעמודה השלישית, סוג האינדל, כוכב מציין שהאינדל אושר
על ידי קריאות משני הגדילים, פלוס פירושו שהאינדל נפגע על ידי שני קריאות לפחות
אבל מאותו גדיל, מינוס מראה שהאינדל נמצא רק בקריאה אחת,
ונקודה אומרת שהאינדל קרוב מדי לאינדל אחר והוא מסונן החוצה.

מומלץ למשתמשים לרוץ דרך `maq.pl indelpe' כדי לתקן את המספר של
קורא ממופה ללא אינדלס. לפרטים נוספים, עיין ב- `maq.pl indelpe'
סָעִיף.

indelsoa אבל ש indelsoa in.ref.bfa in.aln.map > out.indelsoa

התקשר לאינדלים הומוזיגוטים פוטנציאליים ונקודות שבירה על ידי זיהוי החריגה
דפוס יישור סביב אינדל ונקודות שבירה. הפלט הוא גם TAB
תחום כשכל קו מורכב מכרומוזום, קואורדינטה משוערת,
אורך האזור החריג, מספר הקריאות ממופה על פני המיקום,
מספר הקריאות בצד שמאל של המיקום ומספר הקריאות
הצד הימני. ניתן להתעלם מהעמודה האחרונה.

הפלט מכיל תוצאות חיוביות כוזבות רבות. מסנן מומלץ יכול להיות:

awk '$5+$6-$4 >= 3 && $4 <= 1' in.indelsoa

שימו לב שהפקודה הזו לא שואפת להיות גלאי אינדל מדויק, אבל
בעיקר עוזר להימנע מכמה תוצאות חיוביות כוזבות בשיחות החלפה. ב
בנוסף, זה עובד טוב רק בהינתן עומק עמוק (~40X למשל); אחרת ה
שיעור שלילי כוזב יהיה גבוה מאוד.

פוּרמָט המרה

sol2sanger אבל ש sol2sanger in.sol.fastq out.sanger.fastq

המר את Solexa FASTQ לפורמט FASTQ סטנדרטי/Sanger.

bfq2fastq אבל ש bfq2fastq in.read.bfq out.read.fastq

המר את פורמט BFQ של Maq לפורמט FASTQ סטנדרטי.

mapass2maq אבל ש mapass2maq in.mapass2.map out.maq.map

המר את פורמט המפה המיושן של mapass2 לפורמט המפה של Maq. הפורמט הישן כן
לא מכילים שמות שנקראו.

מֵידָע מחלץ

תצוגת מפה אבל ש תצוגת מפה [-bN] in.aln.map > out.aln.txt

הצג את יישור הקריאה בטקסט רגיל. עבור קריאות מיושרות לפני הסמית-
יישור Waterman, כל שורה מורכבת מקריאת שם, כרומוזום, מיקום,
גדיל, הכנס גודל מהקורניאטים החיצוניים של זוג, דגל מזווג, מיפוי
איכות, איכות מיפוי חד-קצה, איכות מיפוי חלופית, מספר
אי התאמה של הלהיט הטוב ביותר, סכום התכונות של בסיסים לא מתאימים של הטובים ביותר
פגע, מספר כניסות של 0 חוסר התאמה של 24bp הראשונים, מספר כניסות 1 של חוסר התאמה של
ה-24bp הראשונים בהפניה, אורך הקריאה, רצף הקריאה ושלו
איכות. איכות מיפוי חלופית תמיד שווה לאיכות מיפוי אם
קריאות אינן מותאמות. אם קריאות מותאמות, זה שווה למיפוי הקטן יותר
איכות שני הקצוות. איכות המיפוי החלופית הזו היא למעשה
איכות מיפוי של זוג חריג.

העמודה החמישית, דגל מזווג, היא דגל ביטבי. 4 הביטים התחתונים שלו נותנים את
כיוון: 1 מייצג FF, 2 עבור FR, 4 עבור RF ו-8 עבור RR, כאשר FR פירושו
שהקריאה עם קואורדינטה קטנה יותר נמצאת על הגדיל הקדמי, ובן זוגו כן
על הגדיל ההפוך. רק FR מותר לזוג נכון. הביטים הגבוהים יותר
של דגל זה לתת מידע נוסף. אם הזוג פוגש את הקצה המזווג
דרישה, 16 ייקבעו. אם שני הקריאות ממופים לשונות
כרומוזומים, 32 יקבעו. אם לא ניתן למפות את אחת משתי הקריאות כלל,
64 יוגדר. הדגל עבור זוג נכון תמיד שווה ל-18.

עבור קריאות מיושרות על ידי יישור Smith-Waterman לאחר מכן, הדגל הוא
תמיד 130. שורה מורכבת מקרא שם, כרומוזום, מיקום, גדיל, הוספה
גודל, דגל (תמיד 130), מיקום האינדל על הקריאה (0 אם אין indel),
אורך האינדלים (חיובי להוספות ושלילי למחיקות),
איכות מיפוי של בן הזוג שלו, מספר אי-התאמות של הפגיעה הטובה ביותר, סכום של
איכויות של בסיסים לא תואמים של המכה הטובה ביותר, שני אפסים, אורך הקריאה,
רצף הקריאה ואיכותו. בן הזוג של קריאה עם 130 דגלים תמיד מקבל א
דגל 18.

דגל 192 מציין שהקריאה לא ממופה אבל בן הזוג שלו ממופה. בשביל כאלה
זוג קריאה, לאחד יש דגל 64 ולשני יש 192.

אפשרויות:

-b אל תציג את רצף הקריאה ואת האיכות

-N להציג את המיקומים שבהם מתרחשות אי התאמה. הדגל הזה עובד רק
עם קובץ .map שנוצר על ידי `maq map -N'.

בדיקת map אבל ש בדיקת map [-s] [-m מקסימום] [-q minQ] in.ref.bfa in.aln.map > out.mapcheck

קרא בדיקת איכות. ה-mapcheck מדווח תחילה על ההרכב והעומק של
ההתייחסות. אחרי זה יש טופס. העמודה הראשונה מציינת את
עמדה בקריאה. לאחר ארבע עמודות המציגות את הנוקלאוטיד
יינתנו הרכב, שיעורי החלפה בין ההפניה לקריאה.
שיעורים אלה והמספרים בעמודות הבאות מותאמים ל-999 ו
מעוגל למספר השלם הקרוב ביותר. קבוצת העמודות הבאה מציגה את ההתפלגות של
איכויות בסיס לאורך הקריאה במרווח איכות של 10. דעיכה באיכות
בדרך כלל ניתן לראות, מה שאומר שהבסיסים בסוף הקריאה פחותים
מְדוּיָק. קבוצת העמודות האחרונה מציגה את חלק ההחלפות עבור
לקרוא בסיסים במרווח איכות. זה מודד את הדיוק של איכות הבסיס
אוּמדָן. באופן אידיאלי, אנחנו מצפים לראות 1 מתוך 3? עמודה, 10 ב-2? טור
ו-100 ב-1? טור.

אפשרויות:

-s קח איכות מיפוי קצה יחיד כאיכות המיפוי הסופית

-m INT המספר המרבי של פספוסים המותר לספירת קריאה [4]

-q INT איכות מיפוי מינימלית המותרת לספירת קריאה [30]

ערימה אבל ש ערימה [-spvP] [-m מקסימום] [-Q maxerr] [-q minQ] [-l קובץ site] in.ref.bfa
in.aln.map > out.pileup

הצג את היישור בפורמט טקסט של 'pileup'. כל שורה מורכבת מ
כרומוזום, מיקום, בסיס התייחסות, עומק והבסיסים על הכריכה הזו
עמדה זו. אם -v מתווסף בשורת הפקודה, איכויות בסיס ומיפוי
האיכויות יוצגו בטור השישי והשביעי לפי הסדר.

העמודה החמישית תמיד מתחילה ב- `@'. בעמודה זו, קרא בסיסים זהים
להפניה מוצגים בפסיק `,' או נקודה `.', וקוראים בסיסים שונים
מההפניה במכתבים. פסיק או אותיות גדולות מציינים שהבסיס
מגיע מקריאה מיושרת על הגדיל הקדמי, בעוד נקודה או אותיות קטנות
הגדיל ההפוך.

פקודה זו מיועדת למשתמשים שרוצים לפתח מתקשרי SNP משלהם.

אפשרויות:

-s קח איכות מיפוי קצה יחיד כאיכות המיפוי הסופית

-p בטל קריאות קצה מזווגות שאינן ממופה כזוגות נכונים

-v פלט מידע מילולי כולל איכויות בסיס ומיפוי
תכונות

-m INT המספר המרבי של אי-התאמות המותר לשימוש בקריאה [7]

-Q INT המספר המרבי המותר של ערכי איכות של אי התאמה [60]

-q INT איכות מיפוי מינימלית המותרת לשימוש בקריאה [0]

-l קובץ קובץ המכיל את האתרים שבהם יודפס ה-pileup. בזה
קובץ העמודה הראשונה נותנת את שמות ההפניה והשנייה
הקואורדינטות. תתעלם מעמודות נוספות. [ריק]

-P פלט גם את מיקום הבסיס בקריאה

cns2fq אבל ש cns2fq [-Q minMapQ] [-n minNeiQ] [-d minDepth] [-D מקסימום עומק] in.cns >
out.cns.fastq

חלץ את רצפי הקונצנזוס בפורמט FASTQ. בקווי הרצף, בסיסים
באותיות קטנות הן בעצם חוזרות או שאין להן כיסוי מספיק; בסיסים
באותיות גדולות מציינים אזורים שבהם ניתן לקרוא באופן אמין SNPs. בתוך ה
קווי איכות, ASCII של תו מינוס 33 נותן איכות PHRED.

אפשרויות:

-Q INT איכות מיפוי מינימלית [40]

-d INT עומק קריאה מינימלי [3]

-n INT איכות שכנה מינימלית [20]

-D INT עומק קריאה מקסימלי. >=255 ללא הגבלה. [255]

cns2snp אבל ש cns2snp in.cns > out.snp

חלץ אתרי SNP. כל קו מורכב מכרומוזום, מיקום, בסיס ייחוס,
בסיס קונצנזוס, איכות קונצנזוס דמוית Phred, עומק קריאה, המספר הממוצע של
פגיעות של קריאות המכסות את המיקום הזה, איכות המיפוי הגבוהה ביותר של הקריאות
מכסה את הפוזיציה, איכות הקונצנזוס המינימלית באגף 3bp
אזורים בכל צד של האתר (6bp בסך הכל), הקריאה השנייה הטובה ביותר, יומן
יחס סבירות של השיחה השנייה הכי טובה ושלישית הכי טובה, והשלישית הכי טובה
שיחה.

העמודה החמישית היא קריטריון המפתח כאשר אתה שופט את המהימנות של SNP.
עם זאת, מאחר ואיכות זו מחושבת רק בהנחה של עצמאות האתר, אתה
צריך לשקול גם עמודות אחרות כדי לקבל קריאות SNP מדויקות יותר. תַסרִיט
פקודה `maq.pl מסנן SNP' מיועד לכך (ראה להלן).

העמודה השביעית מרמזת אם האתר נופל באזור שחוזר על עצמו. אם לא
לקרוא המכסה את האתר ניתן למפות באיכות מיפוי גבוהה, האגף
ייתכן שהאזור חוזר על עצמו או בחוסר קריאות טובות. SNP באתר כזה
בדרך כלל אינו אמין.

העמודה ה-8 נותנת בערך את מספר ההעתקה של האזור האגף ב-
גנום התייחסות. ברוב המקרים, מספר זה מתקרב ל-1.00, כלומר
האזור הוא בערך ייחודי. לפעמים אתה עשוי לראות עומק קריאה שאינו אפס אבל 0.00 בשעה
העמודה השביעית. זה מצביע על כך שלכל הקריאות המכסות את העמדה יש ​​ב
לפחות שתי אי התאמה. Maq סופר רק את מספר ההתאמות של 0 ו-1 לחוסר התאמה
ההתייחסות. זה נובע מבעיה טכנית מורכבת.

העמודה ה-9 נותנת את האיכות השכנה. סינון על עמודה זו הוא גם
נדרש כדי לקבל SNPs אמינים. רעיון זה הוא בהשראת NQS, אם כי NQS כן
תוכנן בתחילה לקריאה בודדת במקום קונצנזוס.

cns2view אבל ש cns2view in.cns > out.view

הצג מידע מפורט בכל האתרים. פורמט הפלט זהה ל
cns2snp לדווח.

cns2ref אבל ש cns2ref in.cns > out.ref.fasta

חלץ את רצף ההתייחסות.

cns2win אבל ש cns2win [-w winsize] [-c chr] [-b להתחיל] [-e סוף] [-q minQ] in.cns >
out.win

חלץ מידע בממוצע בחלון עיבוד. הפלט מופרד ב-TAB,
המורכב משם התייחסות, קואורדינטה חלקי 1,000,000, שיעור SNP,
הקצב, עומק קריאה גולמי, עומק קריאה באזורים ייחודיים בערך, ה
מספר ממוצע של כניסות של קריאות בחלון ואחוז GC.

אפשרויות:

-w INT גודל חלון [1000]

-c STR רצף התייחסות ייעודי; אחרת ייעשה שימוש בכל ההפניות
[ריק]

-b INT מיקום התחלה, 0 ללא מגבלה [0]

-e INT מיקום סיום, 0 ללא אילוץ [0]

-q INT איכות קונצנזוס מינימלית של האתרים שבהם יש להשתמש [0]

הדמיה מוצרים מקושרים

fakemut אבל ש fakemut [-r מוטציה] [-R indelfrac] in.ref.fasta > out.fakeref.fasta 2>
out.fake.snp

הכנס באופן אקראי תחליפים ואינדלים להתייחסות. חילופים ו
ניתן להוסיף אינדלים של זוג בסיסים בודדים.

אפשרויות:

-r לצוף שיעור מוטציה [0.001]

-R לצוף חלק מהמוטציות יהיו אינדלס [0.1]

סימוטרין אבל ש סימוטרין out.simupars.dat in.read.fastq

אומדן/רכבת פרמטרים להדמיית קריאה.

לדמות אבל ש לדמות [-d במידה] [-s stdev] [-N nReads] [-1 readLen1] [-2 readLen2] [-r
mutRate] [-R indelFrac] [-h] out.read1.fastq out.read2.fastq in.ref.fasta
in.simupars.dat

הדמיית קריאות קצה מזווגות. קוֹבֶץ in.simupars.dat קובע את אורכי הקריאה ו
הפצה איכותית. זה נוצר מ סימוטרין, או ניתן להוריד מ
אתר מאק. בקבצי הקריאה של הפלט, שם קריאה מורכב מההפניה
שם הרצף והקואורדינטות החיצוניות של צמד הקריאות המדומות. על ידי
ברירת מחדל לדמות מניח שהקריאה מגיעה מרצף דיפלואידי שנוצר
על ידי הוספת שתי קבוצות שונות של מוטציות, כולל אינדלס אחד של זוג בסיסים, ל
in.ref.fasta.

אפשרויות:

-d INT ממוצע המרחק החיצוני של גדלי הוספה [170]

-s INT סטיית תקן של גדלי הוספה [20]

-N INT מספר זוגות של קריאות שייווצרו [1000000]

-1 INT אורך הקריאה הראשונה [נקבע על ידי in.simupars.dat]

-2 INT אורך הקריאה השנייה [נקבע על ידי in.simupars.dat]

-r לצוף שיעור מוטציה [0.001]

-R לצוף חלק של 1bp indels [0.1]

-h להוסיף את כל המוטציות ל in.ref.fasta וליצור קריאות מהסינגל
רצף מוטציה (מצב הפלואידי)

הערה:

* קריאות המופקות מפקודה זו הן בלתי תלויות, החורגות מה-
אֶמֶת. בעוד הערכת יישור פחות מושפעת מכך, הערכה ממשיכה
קריאת SNP צריכה להתבצע בזהירות. תלות שגיאה עשויה להיות אחת מהן
הגורמים העיקריים לשיחות SNP שגויות.

סימוסטט אבל ש סימוסטט in.simu-aln.map > out.simustat

הערכת איכויות מיפוי מקריאות מדומות.

מוצק מוצרים מקושרים

fasta2csfa אבל ש fasta2csfa in.nucl-ref.fasta > out.color-ref.fasta

המרת נוקלאוטיד FASTA ל-FASTA מקודדת צבע. דֶגֶל -c לאחר מכן יש ליישם
ל מַפָּה פקודה. בפלט, האות 'A' מייצגת צבע 0, 'C' עבור 1, 'G'
עבור 2 ו-'T' עבור 3. כל רצף בפלט קצר ב-1bp מהקלט.

csmap2nt אבל ש csmap2nt out.nt.map in.ref.nt.bfa in.cs.map

המרת יישור צבע ליישור נוקלאוטידים. הקלט in.ref.nt.bfa האם ה
קובץ ייחוס FASTA בינארי נוקלאוטיד. זה חייב להתאים לקובץ המקורי
שממנו מומרת הפניה לצבע. אפשר לקרוא קונצנזוס נוקלאוטידים
מהיישור שנוצר.

שונות/מתקדמים פקודות

מפת משנה אבל ש מפת משנה [-q minMapQ] [-Q maxSumErr] [-m maxMM] [-p] out.map in.map

סנן יישורים גרועים ב in.map. אפשרויות שורת הפקודה מתוארות ב-
`להרכיב' פקודה.

eland2maq אבל ש eland2maq [-q defqual] out.map ברשימה in.eland

המר את יישור ה-eland לפורמט ה-.map של maq. קוֹבֶץ ברשימה מורכב
שמות רצף המופיעים בעמודה השביעית של קובץ יישור האילנד
in.eland והשם שאתה מצפה לראות ביישור maq. להלן א
דוּגמָה:

cX.fa chrX
c1.fa chr1
c2.fa chr2

אם אתה מיישר קריאות בכמה אצוות באמצעות eland, חשוב לעשות זאת
השתמש באותו ברשימה עבור ההמרה. בנוסף, maq יטען את כל
יישורים ומיון אותם בזיכרון. אם יש לך שרשרת כמה אילנד
פלט לקובץ אחד ענק, עליך להפריד אותו לקבצים קטנים יותר
למנוע מ-maq לאכול את כל זיכרון המכשיר שלך.

פקודה זו למעשה שואפת להראות יישור Eland ב-Maqview. כאין איכות
המידע זמין, אין להשתמש בקובץ יישור ה-maq שנוצר
לקרוא גנוטיפים של קונצנזוס.

export2maq אבל ש export2maq [-1 read1len] [-2 read2len] [-a maxdist] [-n] out.map ברשימה
in.export

המר את פורמט הייצוא של Illumina לפורמט של Maq .מַפָּה פוּרמָט. פורמט ייצוא הוא חדש
פורמט יישור מאז SolexaPipeline-0.3.0 אשר גם מחשב מיפוי
תכונות כמו maq. ניתן להשתמש בקובץ שנוצר כדי לקרוא לגנוטיפים של קונצנזוס
מכיוון שרוב המידע הדרוש זמין עבור maq לעשות זאת במדויק.

אפשרויות:

-1 INT אורך הקריאה הראשונה [0]

-2 INT אורך הקריאה השנייה [0]

-a INT מרחק חיצוני מרבי עבור זוג קריאה נכון [250]

-n שמור קריאות מסוננות

MAQ-PERL פקודות

הדגמה maq.pl הדגמה [-h] [-s] [-N nזוגות] [-d outDir] in.fasta in.simudat

הדגימו את השימוש ב אבל ש והתסריטים הנלווים לו. פקודה זו תהיה
לדמות קריאות מקובץ FASTA in.fasta. אורך הרצף ואיכויות
נקבעים על ידי in.simudat אשר נוצר מ אבל ש סימוטרין או יכול להיות
הורדה מאתר Maq. לאחר מכן ימופו הקריאה המדומה עם
maq.pl easyrun. דיוק היישור מוערך על ידי אבל ש סימוסטט, ה
דיוק קונצנזוס על ידי אבל ש simucns, ודיוק ה-SNP על ידי maq_eval.pl.

כברירת מחדל, קריאות קצה מזווגות יחולו סימולציה ורצף דיפלואידי יהיה
נוצר מהקלט על ידי הוספת מוטציות לכל אחד מהסוגים הפלואידים. התוספת
הגודל ושיעור המוטציות נשלטים על ידי אבל ש לדמות.

אפשרויות:

-h לדמות רצף הפלואידי במקום רצף דיפלואידי

-s השתמש במצב קצה יחיד כדי ליישר קריאות במקום מצב קצה מזווג

-N INT מספר זוגות קריאות שיש לדמות [1000000]

-d DIR ספריית פלט [maqdemo]

הערה:

* קבצי הפלט מ maq_eval.pl לא תועדו, אבל אתה יכול לעשות
ניחוש טוב בחלק מהקבצים האלה.

* פקודה זו רק מדגימה את השימוש בחבילת maq. הדיוק על אמיתי
הנתונים כמעט תמיד נמוכים ממה שאתה רואה מסימולציה טהורה.

easyrun maq.pl easyrun [-1 קרא 1 לן] [-d out.dir] [-n nReads] [-A מתאם 3] [-e minDep]
[-q minCnsQ] [-p] [-2 קרא 2 לן] [-a maxIns] [-S] [-N] in.ref.fasta in1.fastq
[in2.fastq]

מנתח צינור עבור גנומים קטנים. פקודת Easyrun תפעיל את רוב הניתוחים
מיושם ב אבל ש. כברירת מחדל, easyrun מניח את כל רצפי הקריאה של הקלט
קבצים הם חד-קצה ובלתי תלויים; מתי -p צוין, שני רצף קריאה
נדרשים קבצים, אחד לכל קצה.

ייווצרו מספר קבצים out.dir, ביניהם הקבצים הבאים
פלט המפתח:

cns.final.snp שיחות SNP סופיות עם אלה שסוננו באיכות נמוכה

cns.fq רצפי קונצנזוס ואיכויות בפורמט FASTQ

אפשרויות:

-d DIR ספריית פלט [easyrun]

-n INT מספר קריאות/זוגות באצווה אחת של יישור [2000000]

-S להחיל ניתוח קריאה מפוצלת של אינדלס קצר (אולי איטי מאוד)

-N INT מספר הפלוטיפים/זנים בבריכה (>=2) [2]

-A קובץ קובץ עבור מתאם 3'. הקובץ צריך להכיל שורה אחת של רצף
[ריק]

-1 INT אורך הקריאה הראשונה, 0 עבור אוטומטי [0]

-e INT עומק קריאה מינימלי הנדרש כדי לקרוא ל-SNP (עבור SNPfilter) [3]

-q INT איכות קונצנזוס מינימלית עבור SNPs ב cns.final.snp [30]

-p עבור למצב יישור קצה מזווג

-2 INT אורך הקריאה השנייה מתי -p מוחל [0]

-a INT גודל הוספה מקסימלי כאשר -p מוחל [250]

הערות:

* עבור SNP קורא על דגימות מאוחדות, המשתמש צריך להגדיר נכון `-N' בנוסף ל
`-E 0 '.

* קובץ הקלט יכול להיות בפורמט הבינארי של maq. maq.pl יזהה אוטומטית
פורמט הקובץ.

מסנן SNP maq.pl מסנן SNP [-d minDep] [-D maxDep] [-Q maxMapQ] [-q minCnsQ] [-w
indelWinSize] [-n minNeiQ] [-F in.indelpe] [-f in.indelsoa] [-s minScore] [-m
maxAcross] [-a] [-N maxWinSNP] [-W densWinSize] in.cns2snp.snp >
out.filtered.snp

שלל SNPs המכוסים על ידי מעט קריאות (מצוין על ידי -d), על ידי יותר מדי
קורא (מצוין על ידי -D), ליד (מצוין על ידי -w) לאינדל פוטנציאלי, נופל
באזור אפשרי שחוזר על עצמו (מאופיין על ידי -Q), או בעל איכות נמוכה
בסיסים שכנים (מצוין על ידי -n). אם maxWinSNP או יותר SNPs מופיעים בכל אחד
densWinSize חלון, הם גם יסוננו יחד.

אפשרויות:

-d INT עומק קריאה מינימלי הנדרש כדי לקרוא ל-SNP [3]

-D INT עומק קריאה מרבי הנדרש כדי לקרוא ל-SNP (<255, אחרת התעלמו ממנו)
[256]

-Q INT נדרשת איכות מיפוי מקסימלית של קריאות המכסות את ה-SNP [40]

-q INT איכות קונצנזוס מינימלית [20]

-n INT איכות קונצנזוס מינימלית סמוכה [20]

-w INT גודל החלון סביב האינדלים הפוטנציאליים. SNPs קרובים
לאינדל ידחקו [3]

-F קובץ אל האני indelpe פלט [null]

-f קובץ אל האני indelsoa פלט [null]

-s INT ציון מינימלי עבור סוה-אינדל להיחשב [3]

-m INT המספר המרבי של קריאות שניתן למפות על פני soa-indel [1]

-a מסנן חלופי ליישור קצה בודד

indelpe maq.pl indelpe in.indelpe > out.indelpe

תקן את מספר הקריאות הממופות ללא אינדלים עבור קטעים הומופולימרים. זֶה
הפקודה שנה את ה-4, ה-10 ושלושת העמודות האחרונות של in.indelpe ו
פלט את התוצאה ב out.indelpe. לאחר התיקון, הבא awk
הפקודה נותנת אינדלים הומוזיגוטים משוערים:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4>=0.75'

והדברים הבאים נותנים הטרוזיגוטים:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4<0.75'

יש לציין כי זו indelpe הפקודה רק מיישמת מספר כללים היוריסטיים.
זה לא מתקן עבור ריצות הומופולימר לא טהור או די-נוקלאוטיד/טריפלט
חוזר. כתוצאה מכך, שתי הפקודות awk נותנות רק hom/het משוער
אינדלס.

דוגמאות

· סקריפט Easyrun:
maq.pl easyrun -d easyrun ref.fasta part1.fastq part2.fastq

· פקודות מפתח מאחורי easyrun:
maq fasta2bfa ref.fasta ref.bfa;
maq fastq2bfq part1.fastq part1.bfq;
maq fastq2bfq part2.fastq part2.bfq;
מפת maq part1.map ref.bfa part1.bfq;
מפת maq part2.map ref.bfa part2.bfq;
maq mapmerge aln.map part1.map part2.map;
maq assemble cns.cns ref.bfa aln.map;

השתמש ב-maq באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net