mdrun_mpi.openmpi - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-mdrun - בצע סימולציה, בצע ניתוח מצב רגיל או מזעור אנרגיה

תַקצִיר

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-שולחן [<.xvg>]]
[-טאבלט [<.xvg>]] [-שולחן [<.xvg>]] [-שולחן [<.xvg>]]
[-שידור חוזר [<.xtc/.trr/...>]] [-יי [<.edi>]]
[-רבות [ [...]]] [-חבר [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-מנ [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-שדה [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-טפיד [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-אָדוּק [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-רו [<.xvg>]] [-רא [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-דנ [<.ndx>]]
[-אם [<.xvg>]] [-לְהַחלִיף [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-סדר ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [פינים ] [-pinoffset ]
[- סיכה ] [-gpu_id ] [-[no]ddcheck]
[-rdd ] [-רקון ] [-דלב ] [-dds ]
[-gcom ] [-נ.ב ] [-נסטליסט ] [-[no]tunepme]
[-[לא]v] [-[לא]קומפקטי] [-pforce ] [-[ללא] תוכחה]
[-cpt ] [-[no]cpnum] [-[לא] להוסיף] [צעדים ]
[-מקסימום ] [-רַב ] [-רפלקס ] [-נלקס ]
[-זרע ]

תיאור

זֶה גרסה of מה היא התוכנית יצטרך רק לָרוּץ בזמן באמצעות מה היא OpenMPI במקביל מחשוב
סִפְרִיָה. לִרְאוֹת מפירון(1). השתמש מה היא נוֹרמָלִי GMX(1) התוכנית ל מקובל חוט אחד
פעולות.

GMX mdrun הוא מנוע הכימיה החישובית העיקרי בתוך GROMACS. ברור, זה
מבצעת סימולציות של דינמיקה מולקולרית, אבל היא יכולה גם לבצע דינמיקה סטוכסטית,
מזעור אנרגיה, החדרת חלקיקים בדיקה או חישוב (מחדש) של אנרגיות. מצב נורמלי
ניתוח הוא אפשרות נוספת. במקרה הזה mdrun בונה מטריצה ​​הסית מסינגל
קונפורמציה. עבור חישובים רגילים דמויי מצבים רגילים, ודא שהמבנה
בתנאי הוא ממוזער אנרגיה כראוי. ניתן לאלכסן את המטריצה ​​שנוצרה על ידי GMX
nmeig.

השמיים mdrun התוכנית קוראת את קובץ הקלט ההפעלה (-s) ומפיצה את הטופולוגיה על פני הדרגות אם
נָחוּץ. mdrun מייצר לפחות ארבעה קבצי פלט. קובץ יומן בודד (-g) כתוב.
קובץ המסלול (-o), מכיל קואורדינטות, מהירויות וכוחות אופציונליים. ה
קובץ מבנה (-c) מכיל את הקואורדינטות והמהירויות של הצעד האחרון. האנרגיה
קובץ (-e) מכיל אנרגיות, טמפרטורה, לחץ וכו', הרבה מהדברים האלה
מודפס גם בקובץ היומן. אופציונלי ניתן לכתוב קואורדינטות לדחוס
קובץ מסלול (-x).

האפשרות -dhdl משמש רק כאשר חישוב אנרגיה חופשית מופעל.

הפעלת mdrun ביעילות במקביל היא נושא מורכב, שהיבטים רבים שלו הם
מכוסה במדריך למשתמש המקוון. כדאי לחפש שם עצות מעשיות לגבי שימוש ברבים
מהאפשרויות הזמינות ב-mdrun.

דגימת ED (דינמיקה חיונית) ו/או פוטנציאל הצפה נוסף מופעלים על ידי
באמצעות -יי דגל ואחריו an .edi קובץ. ה .edi ניתן להפיק את הקובץ עם
make_edi כלי או באמצעות אפשרויות בתפריט essdyn של תוכנית WHAT IF. mdrun
מייצר א .xvg קובץ פלט המכיל תחזיות של מיקומים, מהירויות וכוחות
על וקטורים עצמיים נבחרים.

כאשר נבחרו פונקציות פוטנציאליות המוגדרות על ידי המשתמש ב- .mdp הגש את -שולחן
אופציה משמשת כדי לעבור mdrun טבלה מעוצבת עם פונקציות פוטנציאליות. הקובץ נקרא
מהספרייה הנוכחית או מהספרייה GMXLIB מַדרִיך. מספר מעוצבים מראש
טבלאות מוצגות ב GMXLIB dir, עבור 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 לנארד-ג'ונס
פוטנציאלים עם קולומב רגיל. כאשר קיימות אינטראקציות זוגיות, טבלה נפרדת עבור
פונקציות אינטראקציה זוגיות נקראות באמצעות ה- -שולחן אוֹפְּצִיָה.

כאשר פונקציות קשורות בטבלאות קיימות בטופולוגיה, פונקציות אינטראקציה הן
קרא באמצעות ה -שולחן אוֹפְּצִיָה. עבור כל אינטראקציה שונה בטבלאות הקלד את הטבלה
שם הקובץ משתנה בדרך אחרת: לפני סיומת הקובץ יש קו תחתון
מצורף, לאחר מכן 'b' עבור קשרים, 'a' עבור זוויות או 'd' עבור dihedrals ולבסוף
מספר הטבלה של סוג האינטראקציה.

האפשרויות -px ו -pf משמשים לכתיבת קואורדינטות וכוחות pull COM בעת משיכה
נבחר ב- .mdp קובץ.

לבסוף ניתן לבדוק כמה אלגוריתמים ניסיוניים כאשר האפשרויות המתאימות היו
נָתוּן. כרגע בבדיקה הם: קיטוב.

האפשרות -חבר עושה את מה שהיה פעם g_membed, כלומר מטמיע חלבון לתוך ממברנה.
מודול זה דורש מספר הגדרות הניתנות בקובץ נתונים שהוא
הטיעון של אפשרות זו. לפרטים נוספים בהטבעת ממברנה, עיין בתיעוד ב
המדריך למשתמש. האפשרויות -מנ ו -mp משמשים כדי לספק את קבצי האינדקס והטופולוגיה
משמש להטבעה.

האפשרות -pforce שימושי כאשר אתה חושד שסימולציה קורסת עקב קריסה גדולה מדי
כוחות. עם אפשרות זו קואורדינטות וכוחות של אטומים עם כוח גדול מ-a
ערך מסוים יודפס ל-stderr.

נקודות ביקורת המכילות את המצב המלא של המערכת נכתבות במרווחי זמן קבועים
(אוֹפְּצִיָה -cpt) לקובץ -cpo, אלא אם כן אפשרות -cpt מוגדר ל-1. המחסום הקודם
מגובה ל state_prev.cpt כדי לוודא שהמצב האחרון של המערכת הוא תמיד
זמין, גם כאשר הסימולציה מסתיימת תוך כתיבת מחסום. עם -cpnum
כל קבצי המחסום נשמרים ומצורפים למספר הצעד. סימולציה יכולה להיות
המשיך על ידי קריאת המצב המלא מקובץ עם אפשרות -cpi. אפשרות זו אינטליגנטית
באופן שאם לא נמצא קובץ ביקורת, GROMACS פשוט מניח ריצה רגילה ו
מתחיל מהשלב הראשון של .tpr קוֹבֶץ. כברירת מחדל, הפלט יתווסף ל
קבצי הפלט הקיימים. קובץ המחסום מכיל סכומי ביקורת של כל קבצי הפלט,
כך שלעולם לא תאבד נתונים כאשר חלק מקבצי הפלט משתנים, מושחתים או
הוסר. ישנם שלושה תרחישים עם -cpi:

* אין קבצים עם שמות תואמים: נכתבים קבצי פלט חדשים

* כל הקבצים קיימים עם שמות וסיכומי ביקורת התואמים לאלו המאוחסנים בנקודת הבידוק
קובץ: קבצים מצורפים

* אחרת לא משתנים קבצים ונוצר שגיאה קטלנית

עם -לא נפילה קבצי פלט חדשים נפתחים ומספר החלק של הסימולציה מתווסף לכולם
שמות קבצי פלט. שימו לב שבכל המקרים קובץ המחסום עצמו אינו שונה שם ו
יוחלף, אלא אם השם שלו אינו תואם את -cpo אוֹפְּצִיָה.

עם נקודת ביקורת הפלט מצורף לקבצי פלט שנכתבו בעבר, אלא אם כן
-לא נפילה נמצא בשימוש או שאף אחד מקבצי הפלט הקודמים אינו קיים (פרט ל-
קובץ מחסום). תקינות הקבצים שיש לצרף מאומתת באמצעות סכומי ביקורת
אשר מאוחסנים בקובץ המחסום. זה מבטיח שלא ניתן לערבב פלט או
פגום עקב צירוף קובץ. כאשר קיימים רק חלק מקבצי הפלט הקודמים,
נוצרת שגיאה קטלנית ואין קבצי פלט ישנים משתנים ואין קבצי פלט חדשים
נפתחים. התוצאה עם הוספה תהיה זהה לריצה בודדת. ה
התוכן יהיה בינארי זהה, אלא אם אתה משתמש במספר שונה של דרגות או דינמיות
איזון עומסים או שספריית FFT משתמשת באופטימיזציות באמצעות תזמון.

עם אפשרות -מקסימום סימולציה מסתיימת ובתחילה נכתב קובץ מחסום
שלב חיפוש שכנים שבו זמן הריצה חורג -מקסימום*0.99 שעות. אפשרות זו היא
שימושי במיוחד בשילוב עם הגדרה צעדים ל-1 או ב-mdp או באמצעות
אפשרות שורת הפקודה בשם דומה. זה מביא לריצה אינסופית, שהופסקה בלבד
כאשר מגבלת הזמן שנקבעה על ידי -מקסימום מגיע (אם יש) או עם קבלת אות.

מתי mdrun מקבל אות TERM, הוא יקבע nsteps לשלב הנוכחי פלוס אחד. מתי
mdrun מקבל אות INT (למשל כאשר לחיצה על ctrl+C), הוא יפסיק לאחר הבא
שלב חיפוש שכן (עם nstlist=0 בשלב הבא). בשני המקרים הכל כרגיל
הפלט ייכתב לקובץ. כאשר פועל עם MPI, אות לאחד מה- mdrun דרגות
מספיק, אין לשלוח אות זה ל-mpirun או ל- mdrun תהליך שהוא ה
הורה של האחרים.

ניתן להפעיל דינמיקה מולקולרית אינטראקטיבית (IMD) על ידי שימוש באחד מהשלושה לפחות
מתגי IMD: ה -imdterm מתג מאפשר לסיים את הסימולציה מה-
צופה מולקולרי (למשל VMD). עם -אימדווייט, mdrun מושהה בכל פעם שאין לקוח IMD
מְחוּבָּר. ניתן להפעיל משיכה משלט ה-IMD על ידי -imdpull. הנמל mdrun
להאזין ניתן לשנות על ידי -imdport.הקובץ שהצביע עליו על ידי -אם מכיל מדדי אטום ו
כוחות אם נעשה שימוש במשיכת IMD.

מתי mdrun הוא התחיל עם MPI, הוא לא פועל בצורה יפה כברירת מחדל.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (אופציונלי)
קובץ מחסום

-שולחן [<.xvg>] (table.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-טאבלט [<.xvg>] (tabletf.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-שולחן [<.xvg>] (tablep.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-שולחן [<.xvg>] (table.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-שידור חוזר [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (אופציונלי)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-יי [<.edi>] (sam.edi) (אופציונלי)
קלט דגימת ED

-רבות [ [...]] (רונדיר) (אופציונלי)
הפעל את הספרייה

-חבר [<.dat>] (membed.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי

-mp [<.top>] (membed.top) (אופציונלי)
קובץ טופולוגיה

-מנ [<.ndx>] (membed.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (אופציונלי)
מסלול דחוס (פורמט tng או פורמט xdr נייד)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (אופציונלי)
קובץ מחסום

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
קובץ אנרגיה

-g [<.log>] (md.log)
קובץ לוג

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-שדה [<.xvg>] (field.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-טפיד [<.xvg>] (tpidist.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אָדוּק [<.xvg>] (deviatie.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-רו [<.xvg>] (rotation.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-רא [<.log>] (rotangles.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

-rt [<.log>] (rottorque.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (אופציונלי)
מטריצה ​​הסיאנית

-דנ [<.ndx>] (dipole.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-אם [<.xvg>] (imdforces.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-לְהַחלִיף [<.xvg>] (swapions.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-deffnm
הגדר את שם הקובץ המוגדר כברירת מחדל עבור כל אפשרויות הקובץ

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-dd (0 0 0)
רשת פירוק תחום, 0 היא אופטימיזציה

-סדר (אינטרליף)
סדר דירוג DD: interleave, pp_pme, cartesian

-npme (-1)
מספר הדרגות הנפרדות לשימוש עבור PME, -1 הוא ניחוש

-nt (0)
המספר הכולל של שרשורים להתחיל (0 הוא ניחוש)

-ntmpi (0)
מספר שרשורי פתיל-MPI להתחלה (0 הוא ניחוש)

-ntomp (0)
מספר שרשורי OpenMP לכל דירוג MPI להתחלה (0 הוא ניחוש)

-ntomp_pme (0)
מספר שרשורי OpenMP לכל דירוג MPI להתחלה (0 הוא -ntomp)

פינים (אוטומטי)
האם על mdrun לנסות להגדיר זיקות שרשור: אוטומטי, מופעל, כבוי

-pinoffset (0)
מספר הליבה הלוגי הנמוך ביותר שאליו mdrun צריכה להצמיד את החוט הראשון

- סיכה (0)
מרחק הצמדה בליבות לוגיות עבור שרשורים, השתמש ב-0 כדי למזער את מספר
חוטים לכל ליבה פיזית

-gpu_id
רשימה של מזהי מכשירי GPU לשימוש, מציינת את דירוג ה-PP לכל צומת למיפוי GPU

-[no]ddcheck (כן)
בדוק את כל האינטראקציות המחוברות עם DD

-rdd (0)
המרחק המקסימלי עבור אינטראקציות מלוכדות עם DD (ננומטר), 0 נקבע מתוך
קואורדינטות ראשוניות

-רקון (0)
המרחק המרבי עבור P-LINCS (ננומטר), 0 הוא אומדן

-דלב (אוטומטי)
איזון עומסים דינמי (עם DD): אוטומטי, לא, כן

-dds (0.8)
שבר ב-(0,1) שבאמצעות ההדדיות שלו יגדל גודל תא ה-DD הראשוני
על מנת לספק מרווח שבו איזון עומסים דינמי יכול לפעול תוך שימור
גודל התא המינימלי.

-gcom (-1)
תדר תקשורת גלובלי

-נ.ב (אוטומטי)
חשב אינטראקציות לא קשורות ב: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-נסטליסט (0)
הגדר nstlist בעת שימוש בסובלנות מאגר Verlet (0 הוא ניחוש)

-[no]tunepme (כן)
מטב עומס PME בין דרגות PP/PME או GPU/CPU

-[לא]v (לא)
תהיה רועש ורועש

-[לא]קומפקטי (כן)
כתוב קובץ יומן קומפקטי

-pforce (-1)
הדפס את כל הכוחות הגדולים מזה (kJ/mol ננומטר)

-[ללא] תוכחה (לא)
נסו להימנע מאופטימיזציות שמשפיעות על יכולת השחזור הבינארית

-cpt (15)
מרווח נקודות ביקורת (דקות)

-[no]cpnum (לא)
קבצי שמירה ומספר נקודות ביקורת

-[לא] להוסיף (כן)
הוסף לקובצי פלט קודמים בעת המשך מנקודת ביקורת במקום להוסיף
מספר החלק של הסימולציה לכל שמות הקבצים

צעדים (-2)
הפעל את מספר השלבים הזה, עוקף את אפשרות הקובץ .mdp (-1 פירושו אינסופי, -2 פירושו
השתמש באפשרות mdp, קטן יותר אינו חוקי)

-מקסימום (-1)
סיים לאחר 0.99 פעמים הפעם (שעות)

-רַב (0)
בצע סימולציות מרובות במקביל

-רפלקס (0)
נסה להחליף העתקים מעת לעת עם תקופה זו (שלבים)

-נלקס (0)
מספר החלפות אקראיות לביצוע כל מרווח החלפה (N^3 הוא אחד
הַצָעָה). -nex zero או לא צוין נותן חילופי העתקים של שכן.

-זרע (-1)
זרע להחלפת העתקים, -1 הוא יצירת זרע

השתמש ב-mdrun_mpi.openmpi באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net