זוהי שיטת הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
mhap - רצף הסתברותי חופף
תיאור
אנא הגדר את -s או -p אפשרויות. ראה אפשרויות למטה: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
כלי למציאת חפיפות של רצפים שנקראו ארוכות (כגון PacBio או Nanopore) ב
ביואינפורמטיקה.
גרסה: 1.6, זמן בנייה: 09/12/2015 11:46 שימוש 1 (ביצוע ישיר): java
-שרת -Xmx -קַנקַן -s[-q
קובץ>] [-f ] שימוש 2 (צור מחושבים מראש
קבצים בינאריים): java -שרת -Xmx -קַנקַן -p
-q [-ו ]
--יישור, ברירת מחדל = false
אפשרות נסיונית.
--יישור-היסט, ברירת מחדל = -0. 535
הקיזוז כדי לקחת בחשבון את השונות בציון התאמת היישור.
--ניקוד-יישור, ברירת מחדל = 1.0E-6
ציון הסף עבור התאמות יישור.
--סף מסנן, ברירת מחדל = 1.0E-5
[כפול], החתך שבו נחשב ה-k-mer בקובץ הסינון k-mer
חוזר על עצמו. ערך זה עבור k-mer ספציפי מצוין בעמודה השנייה ב
קובץ הסינון. אם לא מסופק קובץ סינון, אפשרות זו תתעלם.
- עזרה, ברירת מחדל = false
מציג את תפריט העזרה.
--max-shift, ברירת מחדל = 0.2
[כפול], גודל אזור משמאל ומימין לחפיפה המשוערת, כפי שנגזר
מההזזה החציונית ואורך הרצף, כאשר התאמות k-mer עדיין
נחשב תקף. מסנן שלב שני בלבד.
--מינימום אורך החנות, ברירת מחדל = 0
[int], האורך המינימלי של הקריאה המאוחסנת בתיבה. משמש לסינון
קריאה קצרה מקובץ FASTA.
--מהיר ננופורי, ברירת מחדל = false
הגדר את כל הפרמטרים להגדרות המהירות של Nanopore. זה הטוב ביותר הנוכחי
הנחיות, ויכול להשתנות בכל עת ללא אזהרה.
--אין עצמי, ברירת מחדל = false
אל תחשב את החפיפות בין רצפים בתוך תיבה. יש להשתמש כאשר
לרצפים וממנו מגיעים מקבצים שונים.
--num-hashes, ברירת מחדל = 512
[int], מספר ה-min-mers לשימוש ב-MinHashing.
--מספר-דקה-התאמות, ברירת מחדל = 3
[int], מינימום # min-mer שיש לשתף לפני חישוב מסנן שלב שני.
כל רצף מתחת לערך זה נחשב ללא חופפים.
--מספר חוטים, ברירת מחדל = 12
[int], מספר שרשורים לשימוש לחישוב. בדרך כלל מוגדר ל-2 x #cores.
--פאקביו-מהיר, ברירת מחדל = false
הגדר את כל הפרמטרים עבור ההגדרה המהירה של PacBio. זה הטוב ביותר הנוכחי
הנחיות, ויכול להשתנות בכל עת ללא אזהרה.
--רגיש לפקביו, ברירת מחדל = false
הגדר את כל הפרמטרים עבור ההגדרות הרגישות של PacBio. זה הטוב ביותר הנוכחי
הנחיות, ויכול להשתנות בכל עת ללא אזהרה.
--חנות-מלא-מזהה, ברירת מחדל = false
אחסן מזהים מלאים כפי שניתן לראות בקובץ FASTA, במקום לאחסן רק את הרצף
מיקום בקובץ. לחלק מקבצי FASTA יש IDS ארוך, מה שמאט את הפלט של התוצאות.
מתעלמים מאפשרויות אלה בעת שימוש בפורמט קובץ דחוס.
--מפתן, ברירת מחדל = 0.04
[כפול], חיתוך ציון הדמיון לשלב השני במיון-מיזוג
לְסַנֵן. זה מבוסס על המספר הממוצע של התאמת k-mers בחפיפה
אזור.
--גִרְסָה, ברירת מחדל = false
מציג את הגרסה וזמן הבנייה.
--מְשׁוּקלָל, ברירת מחדל = false
בצע MinHashing משוקלל.
-f, ברירת מחדל = ""
קובץ סינון k-mer המשמש לסינון k-mers שחוזרים על עצמם מאוד. יש למיין
בסדר יורד של תדירות (עמודה שנייה).
-h, ברירת מחדל = false
מציג את תפריט העזרה.
-k, ברירת מחדל = 16
[int], גודל k-mer משמש עבור MinHashing. גודל k-mer עבור מסנן שלב שני הוא
נפרד, ולא ניתן לשנות.
-p, ברירת מחדל = ""
שימוש 2 בלבד. הספרייה המכילה קבצי FASTA שאליהם יש להמיר
פורמט בינארי לאחסון.
-q, ברירת מחדל = ""
שימוש 1: קובץ ה-FASTA של קריאות, או ספריית קבצים, שאליו יושוו
ערכת הקריאה בתיבה (ראה -s). שימוש 2: ספריית הפלט עבור הבינארי
קבצי דאט מעוצבים.
-s, ברירת מחדל = ""
שימוש 1 בלבד. FASTA או קובץ dat בינארי (ראה שימוש 2) של קריאות זה יהיה
מאוחסן בקופסה, ושכל הקריאות הבאות יושוו אליה.
השתמש ב-mhap באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
