זוהי הפקודה micro_razers שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
מיקרו_רייזרים
תַקצִיר
micro_razers [OPTIONS]
תיאור
MicroRazerS משתמש באסטרטגיית מיפוי מבוססת קידומת כדי למפות קריאות RNA קטנות
מכיל רצף מתאמים של 3'.
(ג) זכויות יוצרים 2009 מאת Anne-Katrin Emde.
-h, - עזרה
מציג הודעת עזרה זו.
--גִרְסָה
הצגת מידע על גרסה
אפשרויות עיקריות::
-o, --תְפוּקָה קובץ
שנה את שם קובץ הפלט. בְּרִירַת מֶחדָל: .תוֹצָאָה.
-רר, --שיעור ההכרה NUM
הגדר את אחוז הזיהוי בטווח [80..100]. ברירת מחדל: 100.
-sL, --אורך זרע NUM
אורך זרע בטווח [10..inf]. ברירת מחדל: 16.
-sE, --שגיאת זרעים
אפשר שגיאה אחת בזרע
-f, --קָדִימָה
המפה קוראת רק לגדילים קדימה.
-r, --לַהֲפוֹך
המפה קוראת רק כדי להפוך גדילים.
-mN, --match-N
'N' תואם לכל שאר הדמויות
-m, --מקסימום-להיטים NUM
פלט רק NUM מההיטים הטובים ביותר בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 100.
-אבא, --טיהור-דו-משמעי
ניקוי קריאות עם יותר ממקסימום ההתאמות הטובות ביותר
-לם, --זיכרון נמוך
להפחית את השימוש בזיכרון על חשבון זמן הריצה
-v, --מִלוּלִי
מצב מילולי
-vv, --רבות
מצב מאוד מילולי
אפשרויות פורמט פלט::
-שֶׁל, --פורמט פלט NUM
הגדר פורמט פלט. 0 = פורמט MicroRazerS, 1 = SAM. בטווח [0..1].
-a, --יישור
זרוק את היישור עבור כל התאמה
-gn, --שם גנום NUM
בחר כיצד נקראים גנומים. 0 = השתמש במזהה Fasta, 1 = מנה מתחיל ב-1. In
טווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.
-רן, --קרא-שם NUM
בחר כיצד נקראות קריאות. 0 = השתמש במזהה Fasta, 1 = מנה מתחיל ב-1. In
טווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.
-לכן, --סדר המיון NUM
בחר את אופן מיון ההתאמות. 0 = מספר קריאה, 1 = מיקום הגנום. בטווח
[0..1]. ברירת מחדל: 0.
-pf, --פורמט מיקום NUM
בחר מספור מיקום התחלה/סיום (ראה סעיף קואורדינטות להלן). 0 = רווח מרווח,
1 = רווח מיקום. בטווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.
גִרְסָה
גירסת micro_razers: 1.0.1 עדכון אחרון יולי 2009
השתמש ב-micro_razers באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
