אנגליתצרפתיתספרדי

Ad


סמל OnWorks

mincresample - מקוון בענן

הפעל את mincresample בספק אירוח חינמי של OnWorks על אובונטו אונליין, פדורה אונליין, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

זוהי הפקודה mincresample שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

תָכְנִית:

שֵׁם


mincresample - דגימה מחדש של קובץ minc לאורך ממדים מרחביים חדשים

תַקצִיר


דגימה קטנה [ ]

תיאור


Mincresample ידגום מחדש קובץ minc לאורך ממדים מרחביים חדשים עם ווקסל חדש
עמדות. כל אמצעי אחסון בקובץ הקלט (ניתן על ידי הממדים המרחביים xspace, yspace
ו-zspace) נדגמים מחדש בהתאם לאפשרויות שורת הפקודה. מימדים לא מרחביים הם
נשמר בסדר המקורי שלהם, אבל מימדים מרחביים ניתן לסדר מחדש לתת
תמונות רוחביות, סגיטליות או קורונליות. ערכי הווקסל החדשים מחושבים באמצעות tri-
אינטרפולציה ליניארית, תלת-קובית או הקרובה ביותר.

בעולם קואורדינטות


קואורדינטות עולמיות מתייחסות לקואורדינטות מילימטריות ביחס למקור פיזי כלשהו
(או הסורק או מבנה אנטומי כלשהו). קואורדינטות Voxel הן פשוט
מדדים לנפח התמונה של ווקסל נתון. על מנת לציין מתאים
דגימה מחדש של אפשרויות, יש צורך להבין כיצד פועלות המרות קואורדינטות MINC.

כל מימד של נפח תמונת MINC מצוין בשם - הממדים המרחביים הם
xspace, yspace ו-zspace. המוסכמה היא שקואורדינטות xspace חיוביות פועלות מה-
מצד שמאל של המטופל לצד ימין, קואורדינטות yspace חיוביות פועלות מאחור של המטופל
לקואורדינטות zspace קדמיות וחיוביות עוברות מנחותות לעליונות. עבור כל אחד מ
מממדים מרחביים אלה, המרת הקואורדינטות העולמית מוגדרת על ידי זוג של
תכונות: צעד והתחל. קואורדינטת העולם xspace, למשל, מחושבת באמצעות x
= v*step + start, כאשר x היא קואורדינטת העולם x ו-v היא ספירת ה-voxel (החל מ-
אֶפֶס). לפיכך גודל תכונת הצעד מציין את המרחק בין ווקסלים ו
הסימן של תכונת הצעד מציין את כיוון הציר.

ישנו טוויסט נוסף: מותר לקבצי MINC להיות בעלי צירים לא אורתוגונליים עם ה-
מידות לא מיושרות בצורה מושלמת עם הציר הנקוב. יכול להיות כיוון_קוסינוס
תכונה שנותנת את הכיוון האמיתי של הציר. לדוגמה, בדרך כלל ה-xspace
הממד צריך ליישר קו עם ציר x העולם, כלומר. כיוון קוסינוס = (1,0,0); למרות זאת,
אפשר לקבל קוסינוס לכיוון של (0.9, 0.43589, 0).

תכונות אלו (צעד, התחלה וכיוון_קוסינוס) מספקות המרה מ-voxel
קואורדינטות לקואורדינטות עולמיות. בשילוב עם מספר אלמנטים או דוגמאות לאורך
ציר, הם מספקים תיאור מלא של היכן צריכה להיות דגימת הפלט.
עם זאת, כאשר אנו דוגמים מחדש נתונים, אנו מעוניינים לעתים קרובות בשינוי עולם
קואורדינטות: ממערכת הקואורדינטות של סורק MRI למערכת הקואורדינטות של סורק PET,
למשל, או מנפח בחלל הרכישה שלו לקואורדינטות בסטנדרטיזציה
מֶרחָב. ניתן לציין שינוי זה של קואורדינטות עולם באמצעות שימוש ב-a
קובץ טרנספורמציה (.xfm). לפיכך, באופן כללי, הדגימה מחדש כוללת שלושה
טרנספורמציות: מקואורדינטות ה-voxel של קובץ הקלט לקואורדינטות העולם שלו
(מצוין בקובץ הקלט), מקואורדינטות עולם הקלט לעולם הפלט
קואורדינטות (המצוינות על ידי קובץ הטרנספורמציה), ומעולם קובץ הפלט
קואורדינטות לקואורדינטות ה-voxel שלה (מצוין לפי אפשרויות שורת הפקודה).

באופן כללי, לעתים נדירות משתמשים בקוסינוסים לכיוון - כיוון מחדש של הציר מצוין על ידי a
שינוי קואורדינטות עולם (קובץ הטרנספורמציה). כמו כן, דגימה מחדש של עמדות
(המרת עולם פלט ל-voxel) מצוינים לעתים קרובות ביחס לקובץ מודל (כלומר.
דגימה מחדש את הקובץ הזה כך שהוא ייראה כמו הקובץ הזה). למרות שיש הרבה אפשרויות עבור א
מפרט מלא של הטרנספורמציה, בדרך כלל לא צריך לציין יותר
מאשר כמה מהם.

אפשרויות


שימו לב שניתן לציין אפשרויות בצורה מקוצרת (כל עוד הן ייחודיות) ו
ניתן לתת בכל מקום בשורת הפקודה.

כללי אפשרויות


-2 צור קבצי פלט בפורמט MINC 2.0.

-קלובר
החלף קובץ קיים.

-נוקלובר
אל תדרוס קובץ קיים (ברירת מחדל).

-שורש
הדפס מידע התקדמות עבור כל פרוסה מחושבת (ברירת מחדל).

-שֶׁקֶט אל תדפיס מידע על התקדמות.

Resampling מפרט


אפשרויות שנותנות דגימת הפלט (כל הדברים הבאים למעט -טרנספורמציה) הם
מנותחים בסדר שהם מופיעים בשורת הפקודה. לפיכך פקודה עם , כמו
file.mnc -זנאלמנטים 34 -זסטפ 2 ייתן דגימה כזו בקובץ ב file.mnc אבל
עם 34 דגימות ב-2 מ"מ לאורך zspace צִיר. דגימת ברירת המחדל נלקחת מה-
קובץ קלט, שעבר טרנספורמציה לפי כל טרנספורמציה.

-טרנספורמציה file.xfm
ציין קובץ שנותן שינוי קואורדינטות בעולם (ברירת המחדל היא הזהות
טרנספורמציה).

-היפוך_טרנספורמציה
הפוך את השינוי לפני השימוש בו.

-transformation_noinvert
אל תהפוך את השינוי (ברירת מחדל).

-tfm_input_sampling
הפוך את דגימת הקלט (באמצעות הטרנספורמציה שצוינה על ידי -טרנספורמציה)
יחד עם הנתונים והשתמש בזה בתור דגימת ברירת המחדל (ברירת מחדל).

-use_input_sampling
השתמש בדגימת הקלט כדגימת ברירת המחדל, כפי שהיא, ללא טרנספורמציה, אפילו
למרות שהנתונים עוברים טרנספורמציה (התנהגות ישנה).

, כמו file.mnc
ציין קובץ מודל שנותן לעולם הפלט טרנספורמציה ומספר של ווקסל
של אלמנטים (כלומר, להפוך את הקובץ הזה כך שייראה כמו זה).

-דגימה_סטנדרטית
הגדר את הדגימה לערכים סטנדרטיים (התחלה = 0, שלב = 1, נקודת קוסינוס כיוון
לאורך צירים מתאימים).

-סוג רווח מחרוזת
הגדר את השם של מרחב הפלט (בדרך כלל יָלִיד____ or talairach_).

-טלאירך
הגדר את שם מרחב הפלט ל-talairach_.

-יחידות מחרוזת
הגדר את היחידות של מרחב הפלט.

-מָקוֹר ox oy oz
ציין את הקואורדינטה של ​​הווקסל הראשון. זה לא זהה לערך ההתחלה
אם הקוסינוסים לכיוון אינם סטנדרטיים. כמו כן, ההתחלה היא לא רק א
היטל מאונך של המקור על הציר, זוהי השלכה מקבילה
(כמו בהקרנת מקבילית רב מימדית). ההמרה מטופלת
כראוי על ידי אפשרות זו.

-אלמנטים nx ny nz
מספר האלמנטים לאורך כל אחד מממדי העולם.

-xnelements nx
מספר האלמנטים לאורך ממד xspace.

-ינאלמנטים ny
מספר האלמנטים לאורך הממד yspace.

-זנאלמנטים nz
מספר האלמנטים לאורך ממד zspace.

-שלב xstep ystep zstep
צעד בין ווקסלים לאורך כל אחד מממדי העולם.

-xstep xstep
צעד בין ווקסלים לאורך מימד xspace.

-סטפ ystep
צעד בין ווקסלים לאורך מימד yspace.

-זסטפ zstep
צעד בין ווקסלים לאורך מימד zspace.

-הַתחָלָה xstart תתחיל zstart
מיקום מרכז הווקסל הראשון לאורך כל אחד מממדי העולם.

-xstart xstart
מיקום מרכז הווקסל הראשון לאורך ממד xspace.

-ystart תתחיל
מיקום מרכז הווקסל הראשון לאורך ממד ה-yspace.

-zstart zstart
מיקום מרכז ה-voxel הראשון לאורך ממד zspace.

-דירקוס x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
כיוון קוסינוס לכל אחד מצירי העולם.

-xdircos x1 x2 x3
כיוון קוסינוס עבור ממד xspace.

-ידרקוס y1 y2 y3
כיוון קוסינוס עבור מימד yspace.

-זדירקוס z1 z2 z3
כיוון קוסינוס לממד zspace.

מֵמַד הזמנת


ברירת המחדל היא לשמר את סדר הממדים המקורי.

-רוחבי
כתוב פרוסות רוחביות.

-סגיטל
כתוב פרוסות סגיטליות.

-קורונלי
כתוב פרוסות עטרה.

תְפוּקָה נתונים סוג ו רכס


ברירת המחדל עבור סוג, סימן וטווח חוקי היא להשתמש באלו של קובץ הקלט. אם הסוג הוא
שצוין, אז גם סימן וגם טווח חוקי מוגדרים כברירת מחדל עבור סוג זה. אם סימן הוא
שצוין, ואז טווח חוקי מוגדר לברירת המחדל עבור הסוג והסימן.

-בייט אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 8 סיביות.

-קצר אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 16 סיביות.

-int אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 32 סיביות.

-ארוך הוחלף על ידי -int.

-לָצוּף אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 32 סיביות.

-לְהַכפִּיל
אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 64 סיביות.

-חתם
כתוב ערכים כמספרים שלמים בסימן (ברירת מחדל לקצרים ולארוכים). התעלמו עבור
סוגי נקודה צפה.

-לא חתום
כתוב ערכים כמספרים שלמים ללא סימנים (ברירת מחדל עבור בייט). התעלמו בגלל צף
סוגי נקודות.

-טווח דקות מקסימום
מציין את הטווח החוקי של ערכי ווקסל פלט. ברירת המחדל היא הטווח המלא עבור
הקלד וחתום. אפשרות זו מתעלמת עבור ערכי נקודה צפה.

-שמור על טווח_אמיתי
שמרו על המינימום והמקסימום האמיתיים מנפח הקלט, כך שהערכים יהיו
קנה מידה באותו אופן בפלט. זה שימושי במיוחד לדגימה מחדש של תווית
נפחים שבהם אינטרפולציה של ערכי עוצמה אינה הגיונית.

-nokeep_real_range
חשב מחדש את המינימום והמקסימום האמיתיים עבור כל פרוסת פלט. זוהי ברירת המחדל.

טיפול of לא מוגדר (לא חוקי) ווקסל ערכים


-למלא לקולרי פלט הנופלים מחוץ לנפח הקלט יש ערכים לא מוגדרים. כאשר
-למלא נעשה שימוש באופציה, הווקסלים הללו מקבלים ערך שהוא מחוץ לחוק
טווח (פחות מהמינימום התקף, אם הסוג, השלט והטווח התקף מאפשרים זאת).
שניתן לזהות אותם על ידי תוכנות אחרות. הערכים של ווקסלים אלה אינם
כלול ב תמונה מקסימלית ו תמונה-דקה משתנים.

-ללא מילוי
השתמש בערך אמיתי/פיזי (לא ערך ווקסל) של אפס עבור נקודות מחוץ לקלט
כרך. נקודות אלו נכללות בחישוב של תמונה מקסימלית ו תמונה-דקה
משתנים. זוהי ברירת המחדל.

ערך מילוי fillvalue
מציין ערך אמיתי/פיזי (לא ערך ווקסל) עבור נקודות מחוץ לקלט
כרך. הנקודות אינן נכללות בחישוב של תמונה מקסימלית ו תמונה-
דקות משתנים.

שִׁרבּוּב אפשרויות


-תלת ליניארי
בצע אינטרפולציה תלת-לינארית בין ווקסלים. קצוות הכרך נמצאים ב-
מרכז הווקסל הראשון והאחרון של מימד. זוהי ברירת המחדל.

-טריקובי
בצע אינטרפולציה תלת-קובית בין ווקסלים. קצוות הכרך נמצאים ב-
מרכז הווקסל הראשון והאחרון של מימד.

-השכן_הכי קרוב
בצע אינטרפולציה של שכן הקרוב ביותר בין ווקסלים (כלומר מצא את ה-Voxel הקרוב ביותר אליו
את הנקודה והשתמש בערך שלה). קצוות הכרך נמצאים בקצה הראשון
ווקסלים אחרונים של מימד (מרכז +/- הפרדת ווקסל חצי).

-מאז בצע אינטרפולציה מחודשת של חלונות-סינק בין ווקסלים, כפי שתואר על ידי Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

רוחב n
מציין את חצי הרוחב של ליבת האינטרפולציה sinc, בטווח שבין 1 ל
10. רוחב ליבת sinc המלא הוא n * 2 + 1, ולכן משתנה מ-3 ל-21.
ערך ברירת המחדל הוא 5 נותן רוחב מלא של 11.

-הנינג
השתמש בחלון האנינג עם האינטרפולנט של sinc. זוהי ברירת המחדל.

-המינג
השתמש בחלון Hamming עם האינטרפולנט של sinc.

כללי אפשרויות


עזרה הדפס סיכום של אפשרויות שורת הפקודה וצא.

-הפך
הדפס את מספר הגרסה של התוכנית וצא.

דוגמאות


דגום מחדש את המוח של אדם במרחב מתוקנן על רשת דגימה סטנדרטית:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-like standard_sampling.mnc

דגום מחדש נפח MRI כדי להתאים לנפח PET, אך ברזולוציה עדינה יותר:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-שלב 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-nelements 256 256 64

הפוך נפח רוחבי לנפח סגיטלי:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-סגיטל -הקרוב ביותר

הפוך נפח רוחבי בגודל 256x256x64 (1x1x2 מ"מ) לנפח סגיטלי של 256x128x256 (1x1x1 מ"מ):

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-זשלב 1 -זנלם 128

קבל דגימה צירית עדינה יותר על נפח PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

השתמש ב-mincresample באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net


שרתים ותחנות עבודה בחינם

הורד אפליקציות Windows & Linux

  • 1
    CalcTools
    CalcTools
    מקור Java נועד לשמש כ
    קשר להוראת הן מתמטיקה והן
    פתרונות תוכנה לחישוב על
    משוואות איטרטיביות. ממשקים ציבוריים
    לאפשר...
    הורד את CalcTools
  • 2
    Rocket.Chat Desktop Client
    Rocket.Chat Desktop Client
    לקוח שולחן העבודה של Rocket.Chat הוא
    אפליקציית שולחן העבודה הרשמית עבור Rocket.Chat,
    האינטרנט הפשוט אך העוצמתי בקוד פתוח
    פלטפורמת צ'אט. זה נבדק על macOS,
    חלונות ...
    הורד את Rocket.Chat Desktop Client
  • 3
    OfficeFloor
    OfficeFloor
    OfficeFloor מספק היפוך של
    בקרת צימוד, עם: - התלות שלה
    הזרקה - הזרקת המשך -
    הזרקת חוט למידע נוסף
    בקר ב...
    הורד את OfficeFloor
  • 4
    DivKit
    DivKit
    DivKit הוא שרת מונחה קוד פתוח
    מסגרת ממשק משתמש (SDUI). זה מאפשר לך
    להפיץ עדכונים ממקור שרת ל
    גרסאות אפליקציה שונות. כמו כן, זה יכול להיות
    בשימוש עבור ...
    הורד את DivKit
  • 5
    ממיר משנה
    ממיר משנה
    כלי להמרה בין שונים
    פורמט מנוי. משתמשי Shadowrocket
    צריך להשתמש ב-ss, ssr או v2ray כמטרה.
    אתה יכול להוסיף &remark= ל
    HT דמוי טלגרם...
    הורד ממיר משנה
  • 6
    SWASH
    SWASH
    SWASH הוא מספרי למטרות כלליות
    כלי להדמיית חוסר יציבות,
    לא הידרוסטטי, משטח חופשי,
    תופעות זרימה ותחבורה סיבובית
    במימי החוף כמו...
    הורד את SWASH
  • עוד »

פקודות לינוקס

Ad