mincreshape - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mincreshape - חותך hyperslab מתוך קובץ טחון (עם סידור מחדש של הממדים)

תַקצִיר

צורה קטנה [ ] .mnc .mnc

תיאור

של Mincreshape העבודה העיקרית היא לחתוך תבנית יתר מקובץ טחון ולהכניס אותו לקובץ חדש
קובץ minc. "מה זה hyperslab?", אתה שואל. זוהי פשוט תיבה רב מימדית שצוינה
עם אינדקס התחלתי (וקטור שנותן קואורדינטת ווקסל) ווקטור ספירה (מספר של
ווקסלים לאורך כל ציר). פרוסה בודדת מתוך נפח היא hyperslab (עם ספירה של 1
בכיוון הפרוסה), בלוק קטן שנשלף מנפח גדול הוא היפר-לוח, א
נפח הד בודד מתוך מערך נתונים רב-הד של MRI הוא hyperslab, נקודה חד פעמית מתוך א
רכישה דינמית היא היפר-slab - אתה מבין את הרעיון. בדוק את -הַתחָלָה, -לספור ו
- לא מפריע אפשרויות לפרטים נוספים כיצד לעשות זאת (והסתכל על הדוגמאות!). אם אתה
שולפים רק נקודה אחת לאורך מימד, יש לך אפשרות לעשות את
מימד להיעלם, אז צורה קטנה נותן לך את היכולת להפחית את הממדיות של
קובץ טחון. כמו כן, אינך מוגבל לציין hyperslab שנמצא רק בתוך
קובץ הקלט, אתה יכול להרחיב מעבר לגבולות הממדים בקובץ הקלט, ו
בנוסף, אתה יכול לתת ספירה שתהפוך את הנתונים לאורך ממד.

כאילו כל זה לא מספיק, צורה קטנה יש את היכולת לסדר מחדש מידות. הכי
מקרה ברור הוא המרת תמונה רוחבית לתמונה עטרה. אבל אתה יכול להקליד א
רשימה של שמות ממדים כדי לקבל סדר שרירותי של ממדים.

אתה רוצה עוד!?! בסדר בסדר. Mincreshape עושה את כל פעולות ICV של ספריית minc
זמין בשורת הפקודה. למי שאוהב דברים מוגדרים, ICV הוא תמונה
משתנה המרה (אל תשאל אותי למה קראתי לזה ככה) שבעצם מאפשר לך להגיד את
נתונים איך זה יראה. במילים אחרות, זה עושה לך הרבה המרות.
המרות אלו כוללות שינוי סוג, טווח ונורמליזציה של ערכי ה-voxel,
הרחבת או כיווץ תמונות (על ידי שכפול ווקסל או מיצוע) כדי לתת נתון מוגדר
גודל תמונה, והמרת תמונות וקטוריות לסקלריות.

רק כדי שלא תתבלבלו תן לי לומר לך בבירור כאן: צורה קטנה עושה את כל
תחילה המרות ICV ולאחר מכן מיושמים חומרי ה-Hyper-slab וסדר הממדים מחדש
התוצאה של זה. אז אם אתה רוצה לערבב אותם יחד (כמו -גודל תמונה, -הַתחָלָה, -לספור),
קודם כל תבהיר את זה בראש.

אוקיי, תחזיקו במושבכם: הנה רשימה של אפשרויות.

אפשרויות

שימו לב שניתן לציין אפשרויות בצורה מקוצרת (כל עוד הן ייחודיות) ו
ניתן לתת בכל מקום בשורת הפקודה.

כללי אפשרויות

-2 צור קבצי פלט בפורמט MINC 2.0.

-קלובר
החלף קובץ קיים.

-נוקלובר
אל תדרוס קובץ קיים (ברירת מחדל).

-שורש
הדפס מידע התקדמות עבור כל נתח נתונים שהועתק (ברירת מחדל). נתח
משתנה בגודל תלוי בעיקר אם אתה מזמין מחדש מידות או לא ו
כמה גדול מותר למאגר הפנימי להיות.

-שֶׁקֶט אל תדפיס מידע על התקדמות.

-max_chunk_size_in_kb גודל
ציין את הגודל המרבי של מאגר ההעתקה (ב-kbytes). ברירת המחדל היא 4096 קילובייט
(4 מג).

תמונה המרה אפשרויות (פיקסל סוג ו טווח):

ברירת המחדל עבור סוג, סימן וטווח חוקי היא להשתמש באלו של קובץ הקלט. אם הסוג הוא
שצוין, אז גם סימן וגם טווח חוקי מוגדרים כברירת מחדל עבור סוג זה. אם סימן הוא
שצוין, ואז טווח חוקי מוגדר לברירת המחדל עבור הסוג והסימן.

-סוג קובץ
אל תבצע המרת סוג כלשהו (ברירת מחדל).

-בייט אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 8 סיביות.

-קצר אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 16 סיביות.

-int אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 32 סיביות.

-ארוך הוחלף על ידי -int.

-לָצוּף אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 32 סיביות.

-לְהַכפִּיל
אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 64 סיביות.

-חתם
כתוב ערכים כמספרים שלמים בסימן (ברירת מחדל לקצרים ולארוכים). התעלמו עבור
סוגי נקודה צפה.

-לא חתום
כתוב ערכים כמספרים שלמים ללא סימנים (ברירת מחדל עבור בייט). התעלמו בגלל צף
סוגי נקודות.

-טווח_תקף דקות מקסימום
מציין את הטווח התקף של ערכי ווקסל פלט בייצוג המספרים השלמים שלהם.
ברירת המחדל היא הטווח המלא עבור הסוג והסימן. אפשרות זו מתעלמת עבור
ערכי נקודה צפה.

-טווח_תמונה דקות מקסימום
נרמל תמונות לערך אמיתי מינימלי ומקסימלי נתון (לא ערך ווקסל).

-לנרמל
נרמל תמונות למינימום ומקסימום אמיתיים עבור כל קובץ הקלט.

-לא לנרמל
אל תנרמל תמונות (ברירת מחדל).

-nopixfill
אל תמיר ערכים מחוץ לטווח בקובץ קלט, פשוט העתק אותם דרכם.

-pixfill
החלף ערכים מחוץ לטווח בקובץ הקלט בערך הקטן ביותר האפשרי (ברירת מחדל).

-pixfillvalue ערך
ציין ערך פיקסל חדש שיחליף ערכים מחוץ לטווח בקובץ הקלט.

תמונה המרה אפשרויות (מֵמַד כיוון ו גודל):

-סקלר
המר תמונות וקטוריות לתמונות סקלריות (תמונה וקטורית היא אחת עם ממד וקטור
כממד המשתנה המהיר ביותר). הממד הווקטור מוסר והערכים כן
בממוצע.

-נוסקלרי
אל תמיר תמונות וקטוריות לתמונות סקלריות (ברירת מחדל).

+כיוון
הפוך תמונות כדי לתת ערך צעד חיובי עבור צירים מרחביים. שימו לב שההיפוך
של צירים מרחביים חל רק על "מידות תמונה". אלה שני המהירים ביותר
מימדים משתנים (לא וקטוריים) בקובץ. אם אתה רוצה להפוך תמונה לא
ממד, אתה יכול להמיר אותו לממד תמונה באמצעות -להקטין את הגודל לעמעום= -1 (
-1 אומר לא באמת לשנות את הגודל). בדוק את הדוגמאות.

-כיוון
הפוך תמונות כדי לתת ערך צעד שלילי עבור צירים מרחביים.

-לכל כיוון
אל תהפוך תמונות לאורך צירים מרחביים (ברירת מחדל).

+xdirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך xspace:step חיובי (משמאל לימין).

-xdirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך xspace:step שלילי (מימין לשמאל).

-xanydirection
אל תהפוך תמונות לאורך ציר ה-X.

+ydirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך חיובי של yspace:step (אחורי לקדמי).

-ydirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך yspace:step שלילי (מקדימה לאחור).

-yanydirection
אל תהפוך תמונות לאורך ציר ה-y.

+zdirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך zspace:step חיובי (נחות ממעלון).

-zdirection
הפוך תמונות כדי לתת ערך zspace:step שלילי (מעולה-לתחתית).

-zanydirection
אל תהפוך תמונות לאורך ציר ה-Z.

-שמירה על תשומת לב
שמור על יחס רוחב-גובה בעת שינוי גודל תמונות. פירוש הדבר הוא שוכפלים של ווקסלים
(או ממוצע) אותו מספר פעמים לאורך כל ממד תמונה.

-nokeepaspect
אל תכפה שימור של יחס רוחב-גובה בעת שינוי גודל תמונות (ברירת מחדל).

-גודל תמונה גודל
ציין את גודל התמונה הרצוי (בשימוש אם -גודל שורות or -קולסייז לא ניתן).

-גודל שורות גודל
ציין את מספר השורות הרצוי בתמונה.

-קולסייז גודל
ציין את מספר העמודות הרצוי בתמונה.

-להקטין את הגודל ממד=גודל
ציין את הגודל של ממד בעל שם (ממד=גודל). שימו לב ששינוי הגודל בלבד
חל על "ממדי תמונה" - בדרך כלל שניים המשתנים הכי מהר (לא וקטור)
ממדים. כדי לשנות את גודל הממדים, כל הממדים המשתנים הכי מהר עד ל-
ממד בעל שם הופכים לממדים של תמונה, ואלו מושפעים לאחר מכן
אפשרויות הכיוון. שם הממד והגודל חייבים להיות בשורת פקודה אחת
טיעון, אז אם אתה משתמש ברווחים (וזה בסדר), זכור להשתמש במירכאות כדי להסתיר אותם
מהקליפה.

מעצבים מחדש אפשרויות:

-רוחבי
כתוב פרוסות רוחביות.

-סגיטל
כתוב פרוסות סגיטליות.

-קורונלי
כתוב פרוסות עטרה.

-דימורדר dim1,dim2,dim3, ...
ציין סדר ממד, היכן עָמוּם? הם שמות המידות. אתה יכול לתת
פחות ממדים ממה שקיימים בקובץ: ההנחה היא שהם משתנים הכי מהר
מידות בקובץ הפלט (כך -רוחבי שווה ערך בדיוק ל- -דימורדר
zspace,yspace,xspace). שוב, מותר רווחים בין שמות, אבל זכרו
להסתיר אותם מהקליפה עם מרכאות.

- לא מפריע שמש=התחלה[,לספור]
ציין את טווח הכתוביות של הממדים עבור ממד שמש. אם לספור חסר או
0, אז זה מתכוון ל-1, אבל הסר את הממד מקובץ הפלט (א
ספירה של 1 תשמור על ממד בגודל 1). שלילי לספור פירושו להפוך את הנתונים
לאורך הממד הזה - במקרה הזה התחלה מציין את קואורדינטת ה-voxel הגבוהה ביותר
עבור הממד (- לא מפריע xspace=3,-3 נותן גרסה מתהפכת של
- לא מפריע xspace=1,3). האפשרויות -הַתחָלָה ו -לספור לספק דרך חלופית ל
לציין את אותו מידע.

-הַתחָלָה coord0,coord1,coord2, ...

מציין את פינת ההתחלה של ה-hyperslab (הקואורדינטות משתנות מהאיטית ביותר
הממד למהיר ביותר). אם ניתנות פחות קואורדינטות מאשר קיימות מידות ב-
קובץ, אז מניחים שהם חלים על הממדים המשתנים האיטיים ביותר ועל
הקואורדינטות הנותרות מוגדרות ל-0. ראה - לא מפריע לפרטים נוספים. שניהם -הַתחָלָה ו
-לספור תן וקטורים התואמים לממדים של קובץ הקלט אחרי התמונה
הוחלו אפשרויות המרה (ICV).

-לספור גודל,גודל,גודל, ...
מציין אורכי קצוות של hyperslab לקריאה (הקואורדינטות משתנות מהאיטיות ביותר
הממד למהיר ביותר). אם ניתנים פחות גדלים ממה שקיימים בקובץ,
אז מניחים שהם חלים על הממדים המשתנים הכי איטיים ועל הנותרים
הגדלים מוגדרים לגודל המלא של הממד. לִרְאוֹת - לא מפריע לקבלת פרטים נוספים.
שניהם -הַתחָלָה ו -לספור תן וקטורים התואמים לממדים של קובץ הקלט לאחר
הוחלו אפשרויות המרת התמונה (ICV).

חסר נתונים אפשרויות:

-ללא מילוי
השתמש בערך אפס עבור נקודות מחוץ לנפח הקלט (ברירת מחדל).

-למלא השתמש בערך מילוי עבור נקודות מחוץ לנפח הקלט (ערך מינימלי אפשרי).

ערך מילוי ערך
ציין ערך מילוי עבור נקודות מחוץ לנפח הקלט (זהו ערך אמיתי,
לא ערך פיקסל).

כללי אפשרויות ל את כל פקודות:

עזרה הדפס סיכום של אפשרויות שורת הפקודה וצא.

-הפך
הדפס את מספר הגרסה של התוכנית וצא.

דוגמאות:

נניח שיש לנו נפח עם ממדים zspace, yspace, xspace (זה רוחבי)
ומידות 128, 256, 256. אם נרצה להוציא ממנו פרוסה 40 (שמירה על הקואורדינטה
מידע עבור ממד zspace), אז נוכל להשתמש

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

לחלופין, נוכל להשתמש

mincreshape original.mnc new.mnc -התחלה 40,0,0 -ספירה 1,256,256

או בפשטות

mincreshape original.mnc new.mnc -התחלה 40 -ספירה 1

אם נרצה להיפטר מממד zspace, נוכל להשתמש

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

בוא נוציא גוש מהאמצע ונהפוך אותו לאורך xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-התחלה 40,10,240 -ספירה 1,200,-200

אבל למה להתאפק? בוא נצא מחוץ לתחום:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-התחלה 40,-100,340 -ספירה 1,200,-200

אם אתה רוצה נפח סגיטלי, השתמש בזה:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

מה דעתך על כמה ראשים הצידה - הפוך את x ו-y. והמר לבייט כדי לחסוך מקום בזמן
אנחנו בזה:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

אתה אוהב לאחסן נפחים בסדר x,y,z (זה ה-z משתנה הכי מהר! אני מכיר כמה אנשים ש
תעשה את זה!)? בסדר.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

אבל אתה מינימליסט (ולא אכפת לך לקחת סיכון). הנה אותו הדבר (אבל זה
עלול להישבר לקובץ אחר):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

בואו נוודא שלכל המימדים יש מאפיין צעד שלילי (ראה אפשרות +כיוון
לקצת פרטים):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

השתמש ב-mincreshape באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net