זוהי הפקודה mirabait שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
mirabait - בחר קריאות מאוסף קריאה
תַקצִיר
מיראבייט [-f ] [-t [-ת ...]] [-איקלור] infile baitfile
תיאור
מיראבייט בוחר קריאות מאוסף קריאה שחלקן דומות או שוות להן
רצפים המוגדרים כפיתיונות מטרה. דמיון מוגדר על ידי מציאת משתמש הניתן להתאמה
מספר k-mers נפוצים (רצפים של k בסיסים עוקבים) שהם זהים בפיתיון
רצפים והרצפים המוקרנים שייבחרו, קדימה או אחורה
כיוון משלים.
אפשרויות
-f
טען סוג זה של קבצי פרויקט, כאשר fromtype הוא:
רצפי caf מ-CAF
רצפי maf מ-MAF
רצפי דוקטורט מתוך PHD
רצפי gbf מ-GBF
רצפי פאסטה מ-FASTA
רצפי fastq מתוך FASTQ
-t
כתוב את הרצפים לסוג זה (אזכורים מרובים של -t מורשים):
רצפי fasta ל-FASTA
רצפי fastq ל-FASTQ
רצפי caf ל-CAF
רצפי maf ל-MAF
שמות רצף txt לקובץ טקסט
-k k-mer, אורך הפיתיון בבסיסים (<32, ברירת מחדל=31)
-n מינימום מספר פיתיונות k-mer הדרושים (ברירת מחדל=1)
-i פגיעה הפוכה: כותב רק רצפים שאינם פוגעים בפיתיון
-r אין בדיקה של כיוון משלים הפוך
-o אופסט באיכות fastq (רק עבור -f = 'fastq') קיזוז ערכי איכות ב-FASTQ
קוֹבֶץ. ברירת מחדל: 33 ערך של 0 מנסה לזהות אוטומטית.
-f
טען סוג זה של קבצי פרויקט, כאשר fromtype הוא:
רצפי caf מ-CAF
רצפי maf מ-MAF
רצפי דוקטורט מתוך PHD
רצפי gbf מ-GBF
רצפי פאסטה מ-FASTA
רצפי fastq מתוך FASTQ
-t
כתוב את הרצפים לסוג זה (אזכורים מרובים של -t מורשים):
רצפי fasta ל-FASTA
רצפי fastq ל-FASTQ
רצפי caf ל-CAF
רצפי maf ל-MAF
שמות רצף txt לקובץ טקסט
-k k-mer, אורך הפיתיון בבסיסים (<32, ברירת מחדל=31)
-n מינימום מספר פיתיונות k-mer הדרושים (ברירת מחדל=1)
-i פגיעה הפוכה: כותב רק רצפים שאינם פוגעים בפיתיון
-r אין בדיקה של כיוון משלים הפוך
-o אופסט באיכות fastq (רק עבור -f = 'fastq') קיזוז ערכי איכות ב-FASTQ
קוֹבֶץ. ברירת מחדל: 33 ערך של 0 מנסה לזהות אוטומטית.
השתמש ב-mirabait באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
