זוהי הפקודה prettyplote שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
prettyplot - צייר יישור רצף עם עיצוב pretty
תַקצִיר
יפהפייה -רצפים seqset [-matrixfile מַטרִיצָה] [-שאריותספרליין מספר שלם]
[-שבירה מחדש מספר שלם] [צבעים בוליאני] [-תקרית מחרוזת]
[דמיון מחרוזת] [-cother מחרוזת] [-docolour בוליאני] [-צֵל מחרוזת]
[-זוג מערך] [-זהות מספר שלם] [-קופסא בוליאני] [-boxcol בוליאני]
[-שימוש בקופסה מחרוזת] [- שם בוליאני] [מקסנמלן מספר שלם] [-מספר בוליאני]
[-רשימת אפשרויות בוליאני] [-רוֹב קוֹלוֹת לצוף] [-קוֹנסֶנזוּס בוליאני]
[-הִתנַגְשׁוּת בוליאני] [-חֲלוּפָה רשימה] [-ציון המופע מספר שלם]
[-דיוקן בוליאני] -גרָף גרף
יפהפייה עזרה
תיאור
יפהפייה היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זהו חלק מקבוצת הפקודות "יישור:תצוגה מרובה".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצפים seqset
-matrixfile מַטרִיצָה
זהו קובץ מטריצת הניקוד המשמש בעת השוואת רצפים. כברירת מחדל זה ה
קובץ 'EBLOSUM62' (עבור חלבונים) או הקובץ 'EDNAFULL' (עבור רצפי גרעין). אלה
קבצים נמצאים בספריית 'נתונים' של התקנת EMBOSS.
נוסף סעיף
-שאריותספרליין מספר שלם
מספר השאריות שיוצגו בכל שורה ערך ברירת מחדל: 50
-שבירה מחדש מספר שלם
ערך ברירת מחדל: $(residuesperline)
צבעים בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-תקרית מחרוזת
ערך ברירת מחדל: אדום
דמיון מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ירוק
-cother מחרוזת
ערך ברירת מחדל: שחור
-docolour בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-צֵל מחרוזת
הגדר ל-BPLW עבור הצללה רגילה (שחור, חיוור, בהיר, לבן) כך שהזוג = 1.5,1.0,0.5
וגוון = ציון שאריות BPLW צבע 1.5 ומעלה... שחור (B) 1.0 עד 1.5 ... חום
(P) 0.5 עד 1.0 ... חיטה (L) מתחת ל-0.5 .... לבן (W) ארבע האותיות היחידות המותרות
הם BPLW, בכל סדר.
-זוג מערך
ערך ברירת מחדל: 1.5,1.0,0.5
-זהות מספר שלם
-קופסא בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-boxcol בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-שימוש בקופסה מחרוזת
ערך ברירת מחדל: אפור
- שם בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
מקסנמלן מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 10
-מספר בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-רשימת אפשרויות בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-רוֹב קוֹלוֹת לצוף
ערך ברירת מחדל: @( $(sequences.totweight) / 2)
קונסנסוס סעיף
-קוֹנסֶנזוּס בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-הִתנַגְשׁוּת בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y
-חֲלוּפָה רשימה
הערכים הם 0: בדיקת התנגשות רגילה. (ברירת מחדל) 1: משווה ציונים זהים עם ה-
ציון מקסימלי שנמצא. לכן, אם שאריות אחרות תואמות את אותו הציון, אזי מתרחשת התנגשות
קרה. 2: אם לשארית אחרת יש ציון תואם גדול או שווה לציון זה ו
אם אלה אינם תואמים, אזי התרחשה התנגשות. 3: בודק את כל אלה שאינם ב
קונצנזוס נוכחי. אם אחד מאלה נותן ציון גבוה עבור ציונים תואמים או זהים
אז התרחשה התנגשות.
-ציון המופע מספר שלם
ערך ברירת מחדל: -1
-דיוקן בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
תְפוּקָה סעיף
-גרָף גרף
השתמש ב- prettyplote באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
