פרופסור - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

פרופסור - מבנה משני ומנבא נגישות ממס

תַקצִיר

פרופ' [INPUTFILE+] [אפשרויות]

תיאור

מבנה משני נחבא על ידי מערכת של דירוג רשתות עצביות בצפי
דיוק ממוצע > 72% עבור שלושת המצבים הסליל, הגדיל והלולאה (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; ורוסט אנד סנדר,
חלבונים, 1994, 19, 55-72; הערכת דיוק). מוערך על אותו מערך נתונים,
PROFsec מדורג ברמת דיוק גבוהה יותר ב-XNUMX נקודות אחוז בשלושת המדינות מאשר בשיטות בהן נעשה שימוש
מידע על רצף בודד בלבד, ובעל יותר משש נקודות אחוז גבוה מ-,
למשל, שיטה המשתמשת במידע יישור המבוסס על נתונים סטטיסטיים (Levin, Pascarella, Argos &
גרנייה, פרוט. Engng., 6, 849-54, 1993). לחיזוי PHDsec יש שלוש תכונות עיקריות:

1. דיוק משופר באמצעות מידע אבולוציוני ממספר יישורי רצף
2. חיזוי גדילי בטא משופר באמצעות הליך אימון מאוזן
3. חיזוי מדויק יותר של מקטעי מבנה משני באמצעות מערכת מרובת רמות

נגישות הממס צפויה על ידי דירוג שיטת רשת עצבית בקורלציה
מקדם (מתאם בין הממס היחסי שנצפה בניסוי לממס היחסי החזוי
נגישות) של 0.54 מאומתת על קבוצה של 238 חלבונים כדוריים (Rost & Sander,
חלבונים, 1994, 20, 216-226; הערכת דיוק). הפלט של הרשת העצבית
קודים עבור 10 מצבים של נגישות יחסית. מבוטא ביחידות של ההפרש
בין חיזוי על ידי דוגמנות הומולוגיה (השיטה הטובה ביותר) לבין חיזוי באקראי (הגרוע ביותר
השיטה), PROFacc עדיפה בכ-26 נקודות אחוז על פני רשת עצבית דומה
שימוש בשלושה מצבי פלט (קבור, ביניים, חשוף) ושימוש ללא מידע מ
יישורים מרובים.

סלילים טרנסממברניים בחלבוני ממברנה אינטגרליים נחזו על ידי מערכת עצבית
רשתות. החיסרון של מערכת הרשת הוא שלעיתים קרובות סלילים ארוכים מדי
ניבא. אלה נחתכים על ידי מסנן אמפירי. התחזית הסופית (Rost et al.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; הערכת דיוק) יש צפי לכל שארית
דיוק של כ-95%. מספר התוצאות השוואיות, כלומר, סלילים טרנסממברניים
החזוי בחלבונים כדוריים, הוא כ-2%. חיזוי הרשת העצבית של
סלילים טרנסממברניים (PHDhtm) מעודנים על ידי אלגוריתם דמוי תכנות דינמי. זֶה
השיטה הביאה לתחזיות נכונות של כל הסלילים הטרנסממברניים עבור 89% מ-131
חלבונים המשמשים בבדיקת אימות צולב; יותר מ-98% מהסלילים הטרנסממברניים היו
חזוי נכון. הפלט של שיטה זו משמש לניבוי טופולוגיה, כלומר, את
אוריינטציה של מונח N ביחס לממברנה. הדיוק הצפוי של ה
חיזוי טופולוגיה הוא > 86%. דיוק החיזוי גבוה מהממוצע עבור איקריוטים
חלבונים ונמוכים מהממוצע עבור פרוקריוטים. PHDtopology מדויקת יותר מכל
שיטות אחרות שנבדקו על מערכי נתונים זהים.

אם אין אפשרות קובץ פלט (כגון --fileRdb or --fileOut) מקבל את ה-RDB בפורמט
הפלט נכתב לתוך ./INPUTFILENAME.prof שבו 'פרופ' מחליף את ההרחבה של ה
קובץ קלט. בהיעדר סיומת '.prof' מצורף לשם קובץ הקלט.

תְפוּקָה פוּרמָט
פורמט ה-RDB מציין ביאור עצמי, ראה פלטים לדוגמה ב /share/profphd/prof/exa.

ביבליוגרפיה

Rost, B. and Sander, C. (1994a). שילוב מידע אבולוציוני ורשתות עצביות ל
לחזות מבנה משני של חלבון. חלבונים, 19(1), 55-72.
Rost, B. and Sander, C. (1994b). שימור וחיזוי של נגישות ממסים ב
משפחות חלבונים. חלבונים, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., and Sander, C. (1995). סלילים טרנסממברניים
חזוי בדיוק של 95%. מדע חלבון, 4(3), 521-33.

אפשרויות

עיין בכל מילת מפתח לקבלת עזרה נוספת. רובם עשויים להיות שבורים.

דפוסי קישוריות חלופיים (ברירת מחדל=3)

3 חיזוי שניות + acc + htm

acc מנבא נגישות ממסים, בלבד

ali הוסף יישור לקבצי פלט PROF 'ניתנים לקריאה לאדם'

קשת
ארכיטקטורת מערכת (למשל: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
כתוב קבצי פלט PROF 'ניתנים לקריאה לאדם'

הטוב ביותר
PROF עם הדיוק הטוב ביותר וזמן הריצה הארוך ביותר

שניהם
לחזות מבנה משני ונגישות ממסים

נתונים
נתונים= עבור HTML out: רק אותם חלקים של התחזיות שנכתבו

באגים
שמור את רוב קבצי הביניים, הדפס הודעות איתור באגים

dirWork
ספריית עבודה, ברירת מחדל: ספרייה זמנית מקובץ::Temp::tempdir. חייב להיות מלא
נתיב מוסמך.

ידוע כעובד.

doEval
עשה הערכה עבור רשימה (רק עבור מבנים ורשימות ידועים)

doFilterHssp
לסנן את קובץ ה-HSSP הקלט (לא כולל כמה זוגות)

doHtmfil
האם לסנן את חיזוי הממברנה (ברירת מחדל)

doHtmisit
בדוק את החוזק של סליל הממברנה החזוי (ברירת מחדל)

doHtmref
עדיף לחדד את חיזוי הממברנה (ברירת מחדל)

doHtmtop
DO טופולוגיה של סליל ממברנה (ברירת מחדל)

dssp
המרת PROF לפורמט DSSP

להרחיב
הרחב תוספות בעת המרת פלט לפורמט MSF

מָהִיר
PROF עם הדיוק הנמוך ביותר והמהירות הגבוהה ביותר

fileCasp
שם פלט PROF בפורמט CASP (file.caspProf)

fileDssp
שם פלט PROF בפורמט DSSP (file.dsspProf)

fileHtml
שם פלט PROF בפורמט HTML (file.htmlProf)

fileMsf
שם פלט PROF בפורמט MSF (file.msfProf)

fileNotHtm
שם הקובץ המסמן שלא נמצא סליל ממברנה

fileOut
שם פלט PROF בפורמט RDB (file.rdbProf)

ידוע כעובד.

fileProf
שם פלט PROF בפורמט קריא אנושי (file.prof)

שבור.

fileRdb
שם פלט PROF בפורמט RDB (file.rdbProf)

ידוע כעובד.

fileSaf
שם פלט PROF בפורמט SAF (file.safProf)

לסנן
לסנן את קובץ ה-HSSP הקלט (לא כולל כמה זוגות)

טוב
PROF עם דיוק טוב ומהירות מתונה

גרף
הוסף גרף ASCII לקבצי פלט PROF 'ניתנים לקריאה לאדם'

htm השתמש: 'htm= ' נותן סליל טרנסממברני מינימלי שזוהה ברירת המחדל היא 'htm=0'
(בהתאמה htm=0.8) מספרים קטנים יותר, יותר חיוביות שגויות ופחות שליליות שגויות!

ארגומנט html
'hmtl' או 'html= ' כתוב פורמט HTML של חיזוי 'html' יביא
שהפלט PROF מומר ל-HTML 'html=body' מגביל את קובץ ה-HTML ל-
חלק התג 'html=head' של HTML_BODY מגביל את קובץ ה-HTML לחלק התג HTML_HEADER
'html=all' נותן גם HEADER וגם BODY

keepConv
שמור את ההמרה של קובץ הקלט לפורמט HSSP

ארגומנט keepFilter
<*|doKeepFilter=1> שמור את קובץ ה-HSSP המסונן

טיעון keepHssp
<*|doKeepHssp=1> שמור את קובץ ה-HSSP הביניים

ארגומנט keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> שמור את קבצי ה-DbNet הביניים

ארגומנט רשימה
קובץ הקלט <*|isList=1> הוא רשימה של קבצים

msf המרת PROF לפורמט MSF

נחמד
תן 'nice-D' כדי לקבוע את הערך הנחמד (עדיפות) של העבודה

noProfHead
אל תעתיק קובץ עם טבלאות לספרייה המקומית

noSearch
קיצור של doSearchFile=0, כלומר אין חיפוש בקבצי DB

noascii
לחץ על כתיבת קבצי תוצאות ASCII (כלומר קריא אנושיים).

nohtml
לחץ על כתיבת קבצי תוצאות HTML

לא נחמד
העבודה לא תהיה נחמדה, כלומר לא תפעל בעדיפות נמוכה יותר

notEval
אל תבדוק את הדיוק גם כאשר מבנים ידועים

notHtmfil
אל תסנן את חיזוי הממברנה

לא
אל תבדוק אם סליל הממברנה חזק מספיק או לא

לאHtmref
אל תחדד את חיזוי הממברנה

לאHtmtop
אל תעשה טופולוגיה של סליל ממברנה

nresPerLineAli
מספר התווים המשמשים לקובץ MSF. ברירת מחדל: 50.

numresMin
מספר מינימלי של שאריות להפעלת הרשת, אחרת prd=symbolPrdShort. ברירת מחדל: 9.

optJury
מוסיף PHD לחבר המושבעים. ברירת מחדל: 'רגיל, השתמש בPHD'.

פרמטרים רבים אחרים משנים את ברירת המחדל עבור זה כתופעת לוואי, הרשימה היא
לא מקיף:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
קובץ פרמטרים עבור sec+acc+htm. ברירת מחדל: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
קובץ פרמטרים עבור acc. ברירת מחדל: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraBoth
קובץ פרמטרים עבור sec+acc. ברירת מחדל: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
קובץ פרמטרים לשנייה. ברירת מחדל: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
אינדקס אמינות מינימלי (RI) עבור תת-קבוצת PROFacc. ברירת מחדל: 4.

riSubSec
אינדקס אמינות מינימלי (RI) עבור תת-קבוצת PROFsec. ברירת מחדל: 5.

riSubSym
סמל לשאריות החזוי עם RI < riSubSec/Acc. ברירת מחדל: `.'.

לדלג
בעיות, מדריך, רמזים, סימון, txt, ידוע, DONE, תאריך, תאריך, aa, Lhssp, numaa,
קוד

saf להמיר PROF לפורמט SAF

scrAddHelp
scrGoal
מיתוג רשתות עצביות

scrHelpTxt
פורמטי קבצי קלט מקובלים:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
list_of_files (או קובץ בודד) parameter_file

scrName
פרופ '

scrNarg
2

שניות לחזות מבנה משני, בלבד

שקט
אין מידע שנכתב למסך - זוהי ברירת המחדל

דלג חסר
אל תבטל אם חסר קובץ קלט!

קובץ מקור
פרופ '

מבחן
זה רק מבחן (מהיר יותר)

translate-jobid-in-param-values
המחרוזת 'jobid' מוחלפת ב-$par{jobid}

בדיקה מהירה של התוכנית, דיוק נמוך

המשתמש
שם משתמש

--גִרְסָה
גרסת הדפסה

השתמש בפרופסור מקוון באמצעות שירותי onworks.net