זוהי הפקודה rawtominc שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
rawtominc - ממיר זרם של נתוני תמונה בינאריים לקובץ בפורמט minc
תַקצִיר
rawtominc [אפשרויות] פלט.mnc [[szXNXX] szXNXX] szXNXX szXNXX
תיאור
רותומינק קורא זרם של נתונים בינאריים (בייט, קצר, ארוך, צף או כפול) מפונקציות סטנדרטיות
קלט (אלא אם כן ה- -קֶלֶט האפשרות (בשימוש) וכותב אותה לקובץ בפורמט minc
פלט.mncהמשתמש מציין את גדלי המידות מהאיטי ביותר המשתנה למהיר ביותר
משתנה. יש לתת לפחות שני ממדים (תמונה) אך יכולים להיות עד ארבעה.
האפשרויות נותנות למשתמש שליטה על שמות ממדים, סוגי נתונים ווקסלים לעולם.
המרת קואורדינטות. ניתן גם לקרוא נתוני סוג וקטור (כגון נתוני פיקסלים RGB).
PIXEL ערך מפרט
ערכי פיקסלים מוגדרים על ידי סוג וסימן (לדוגמה, מספר שלם קצר עם סימן). הם גם
מאופיין במגוון ערכים משפטיים. לדוגמה, סורקים רבים מייצרים תמונות המאוחסנות
עם ערכי פיקסלים שלמים קצרים. לחלקם יש ערכים בטווח 0 עד 4095, לאחרים 0 עד
32000, אחרים -32768 עד 32767. טווח זה הוא הטווח התקף, שצוין על ידי -טווח
אפשרות (עבור ערכי נקודה צפה, הטווח התקף הוא המקסימום והמינימום של השלם
מערך נתונים). רותומינק מאפשר למשתמש לציין גם את סוג הקלט, הסימן וגם את הטווח
כסוג הפלט, הסימן והטווח (קריאת ערכים קצרים, אחסון ערכי בייט, לדוגמה).
יש כאן תפנית נוספת. ערכי פיקסלים שלמים נחשבים בדרך כלל כמתוארכים בקנה מידה פשוט.
ייצוגי פיקסלים של ערכים פיזיקליים אמיתיים (משמעותיים). ערכי נקודה צפה הם
נחשב לערך האמיתי עצמו. לכן ערכי נקודה צפה נסרקים עבור המקסימום
ומינימום, מכיוון שהם יכולים להיות כל דבר (הם מאוחסנים במשתני MINC תמונה מקסימלית
ו תמונה-דקה). עם זאת, ערכי מספרים שלמים אינם נסרקים כברירת מחדל, מכיוון שהטווח שלהם יכול
ניתן על ידי אפשרות. כדי לאלץ סריקה של ערכים שלמים כאשר המקסימום והמינימום
אינם ידועים (חלק מהסורקים מייצרים קבצים עם טווחים משתנים), השתמשו באפשרות
טווח_סריקה.
בעולם קואורדינטות
קואורדינטות עולמיות מתייחסות לקואורדינטות מילימטריות ביחס למקור פיזי כלשהו
(או הסורק או מבנה אנטומי כלשהו). קואורדינטות Voxel הן פשוט
מדדים לתוך נפח התמונה של ווקסל נתון. כדאי לתאר בקצרה כיצד MINC
המרות קואורדינטות פועלות מכיוון שהדבר ישפיע על מידת ההצלחה של קובץ ה-MINC החדש.
לִהיוֹת.
כל ממד של תמונת MINC מצוין בשמו - הממדים המרחביים הם xspace,
yspace ו zspaceהמוסכמה היא שחיובית xspace קואורדינטות עוברות מ-
מצד שמאל של המטופל לצד ימין, חיובי yspace הקואורדינטות עוברות מאחור המטופל
לקדמית וחיובית zspace הקואורדינטות עוברות מחלק תחתון לעליון. עבור כל אחד מ
מממדים מרחביים אלה, המרת הקואורדינטות העולמית מוגדרת על ידי זוג של
מאפיינים you צעד ו התחלה. ה xspace קואורדינטות עולמיות, לדוגמה, מחושב באמצעות
x = v*step + start, כאשר x הוא קואורדינטת העולם x ו-v הוא ספירת הווקסלים (התחלתי
באפס). לפיכך גודל ה- צעד התכונה מציינת את המרחק בין ווקסלים
והסימן של ה- צעד התכונה מציינת את כיוון הציר. תוכניות
השתמשו במידע זה כדי להציג תמונות עם יחס גובה-רוחב וכיוון נכונים, כך
ודא שאתה עושה את זה נכון. סורקים רבים מאחסנים תמונות רוחביות עם הקודם
פיקסל בצד הקדמי/ימני של המטופל, כך שיהיה צורך לתת x שלילי
וערכי צעד y. מוסכמות אחרות פועלות בצורה הפוכה: פיקסל ראשון אצל המטופל
אחורי/שמאלי, כך שערכי הצעד חיוביים. לפעמים הפרוסה הראשונה נמוכה יותר, כך שה
צעד z צריך להיות חיובי. פעמים אחרות הוא גבוה יותר, ולכן צעד z שלילי.
צירי התמונה אינם חייבים להיות מיושרים עם צירי הקואורדינטות העולמיים. הציר
כיוונים נרשמים בקובץ כקוסינוסים של כיוון - וקטורים ליחידה - אחד עבור כל
ציר מרחבי. במקרה זה, ה צעד ו התחלה תכונות שתוארו קודם לכן
הפסקה מתייחסת למרחקים לאורך הציר, לא לקואורדינטות של הווקסל הראשון. זה
הופך אותם ללא משתנים תחת שינוי כיוון הציר (כל מערכת הקואורדינטות יכולה להיות ב
למעשה ניתן לסובב רק על ידי שינוי קוסינוסי הכיוון). אם הקואורדינטה של הראשון
כאשר הווקסל ידוע, ניתן להמיר אותו (להקרין אותו) לקבוצת ערכי התחלה באמצעות ה-
-מָקוֹר אוֹפְּצִיָה.
אפשרויות
מֵמַד הזמנת
-רוחבי
תמונות רוחביות: [[זמן] z] yx (ברירת מחדל)
-סגיטל
תמונות סגיטליות: [[זמן] x] zy
-קורונלי
תמונות קורונליות: [[זמן] y] zx
-time תמונות לפי סדר זמן: [[z] זמן] yx
-xyz סדר מידות: [[זמן] x] yz
-xzy סדר ממד: [[זמן] x] zy
-yxz סדר מידות: [[זמן] y] xz
-yzx סדר המימדים: [[זמן] y] zx
-zxy סדר ממד: [[זמן] z] xy
-זיקס סדר מידות: [[זמן] z] yx
-דימורדר dim1,dim2[,dim3[,dim4]]
ציין סדר ממדים שרירותי, שניתן על ידי רשימה מופרדת בפסיקים של 2
ושמות של 4 ממדים.
-וֶקטוֹר גודל
נותן את גודל הממד הווקטורי (תמיד הממד המשתנה הכי מהר).
ברירת המחדל היא ללא ממד וקטורי.
קֶלֶט נתונים סוג ו רכס
-בייט ערכים שלמים של 8 סיביות (ברירת מחדל).
-קצר ערכים שלמים של 16 סיביות.
-int ערכים שלמים של 32 סיביות.
-ארוך הוחלף על ידי -int.
-לָצוּף ערכי נקודה צפה בדיוק יחיד.
-לְהַכפִּיל
ערכי נקודה צפה בדיוק כפול.
-חתם
ערכים הם מספרים שלמים עם סימן חתימה (ברירת מחדל עבור קצר וארוך). הערך מתעלם עבור נקודה צפה.
סוגים.
-לא חתום
ערכים הם מספרים שלמים לא חתומים (ברירת מחדל עבור בייט). אינם נלקחים בחשבון עבור סוגי נקודה צפה.
-טווח דקות מקסימום
מציין את טווח ערכי הפיקסלים התקף. ברירת המחדל היא הטווח המלא עבור הסוג
וסימן. אפשרות זו מתעלמת עבור ערכי נקודה צפה.
טווח_ממשי דקות מקסימום
מציין את הטווח האמיתי של ערכי תמונה המתאים לערכי הפיקסלים של
אוֹפְּצִיָה -טווחברירת המחדל היא לא לאחסן את המינימום והמקסימום של התמונה האמיתית. אם
טווח_סריקה נעשה שימוש, אזי המינימום והמקסימום של התמונה המתאימים ל-
מינימום ומקסימום של פיקסל סרוק מחושבים ונשמרים. אפשרות זו מתעלמת
עבור ערכי נקודה צפה.
-swap_bytes
ערכי קלט (או -קצר or -int) צריך להמיר בין מוטורולה (גדול-
פורמט נתונים של endian) ו-Intel (little-endian). אם צוין קלט "קצר",
בתים סמוכים מוחלפים. אם מצוין קלט "int", בתים פנימיים וחיצוניים מוחלפים
זוגות מוחלפים. לאפשרות זו אין השפעה על סוגי קלט אחרים.
תְפוּקָה נתונים סוג ו רכס
-אובייט אחסון ערכים שלמים של 8 סיביות (ברירת המחדל היא סוג קלט).
-אושורט
אחסון ערכים שלמים של 16 סיביות (ברירת המחדל היא סוג קלט).
משחה אחסון ערכים שלמים של 32 סיביות (ברירת המחדל היא סוג קלט).
-אולונג הוחלף על ידי משחה.
-לצוף
ערכי נקודה צפה בדיוק יחיד (ברירת המחדל היא סוג קלט).
-double
ערכי נקודה צפה בדיוק כפול (סוג קלט הוא כברירת מחדל).
-חתום
ערכים הם מספרים שלמים עם סימן חתימה (ברירת מחדל עבור קצר וארוך). הערך מתעלם עבור נקודה צפה.
סוגים. אם סוג הפלט לא צוין, ברירת המחדל היא סוג סימן הקלט.
-לא חתום
ערכים הם מספרים שלמים לא חתומים (ברירת מחדל עבור בייט). אינם נלקחים בחשבון עבור סוגי נקודה צפה.
אם לא צוין סוג פלט, ברירת המחדל היא סוג סימן קלט.
-כָּתוֹם דקות מקסימום
מציין את טווח ערכי הפיקסלים התקף. ברירת המחדל היא הטווח המלא עבור הסוג
וסימן. אפשרות זו מתעלמת עבור ערכי נקודה צפה. אם סוג הפלט הוא וסימן
לא צוינו, אז ברירת המחדל היא טווח הקלט.
סריקה מספרים שלמים ל רכס
טווח_noscan
אין לסרוק ערכים שלמים עבור המינימום והמקסימום שלהם - נניח ש-
האפשרות נותנת את טווח ערכי הפיקסלים המתאים (ברירת מחדל). אין צורך בשינוי קנה מידה של
ערכי הפיקסלים נעשים (אלא אם כן סוג הפלט שונה מסוג הקלט) ו-
מניחים שתמונות שנוצרו בעלות ערך מינימלי ומקסימלי אמיתי (לא פיקסל) של
אפס ואחד.
טווח_סריקה
ערכי מספרים שלמים נסרקים עבור המינימום והמקסימום שלהם. ערכי הפיקסלים עוברים שינוי קנה מידה.
כדי לתת את מלוא טווח ערכי הפיקסלים והמינימום והמקסימום האמיתיים מוגדרים ל
מינימום ומקסימום של פיקסל (אלא אם כן נעשה שימוש ב-real_range). זה צריך להיות
שווה ערך להמרת הקלט לסוג נקודה צפה וקריאתו באמצעות
-float -oshort (לדוגמה) בהנחה ש--real_range אינו בשימוש.
כתיבה תפוקה פילה
-2 צור קבצי פלט בפורמט MINC 2.0.
-קלובר
החלפת קובץ minc קיים (ברירת מחדל).
-נוקלובר
אין להחליף קובץ minc קיים.
קריאה החל מ- קלט פילה
-קֶלֶט קובץ קלט
קרא נתוני קלט מ קובץ קלט במקום קלט רגיל.
-לדלג אורך
דלג על הראשון אורך בתים של הקלט.
עולם לתאם המרה
-xstep xstep
גודל צעד עבור ממד x (ברירת מחדל = ללא).
-סטפ ystep
גודל צעד עבור ממד y (ברירת מחדל = ללא).
-זסטפ zstep
גודל צעד עבור ממד z (ברירת מחדל = ללא).
-xstart xstart
קואורדינטת התחלה עבור ממד x (ברירת מחדל = ללא). זהו מרחק מקביל
אל הציר.
-ystart תתחיל
קואורדינטת התחלה עבור ממד y (ברירת מחדל = ללא). זהו מרחק מקביל
אל הציר.
-zstart zstart
קואורדינטת התחלה עבור ממד z (ברירת מחדל = ללא). זהו מרחק מקביל
אל הציר.
-xdircos x1 x2 x3
קוסינוסים של כיוון עבור ממד x (ברירת מחדל = ללא).
-ידרקוס y1 y2 y3
קוסינוסים של כיוון עבור ממד y (ברירת מחדל = ללא).
-זדירקוס z1 z2 z3
קוסינוסים של כיוון עבור ממד z (ברירת מחדל = ללא).
-מָקוֹר o1 o2 o3
ציין את הקואורדינטות המרחביות של הווקסל הראשון. אם קוסינוסי הכיוון הם
לא ניתנים או שהם ברירת המחדל, אפשרות זו תיתן את אותן תוצאות כמו שימוש
האפשרויות -start. אחרת, הקואורדינטה מוקרנת במקביל לצירים כדי
לקבוע את ערכי ההתחלה המתאימים.
מסגרת זמן ו אורך מפרט
זמני_מסגרת t1,t2,t3, ...
ציין את תחילתה של כל מסגרת זמן. מספר הערכים הנתונים חייב להיות שווה ל-
אורך ממד הזמן שצוין בשורת הפקודה. כל הערכים
הנתון חייב להיות בארגומנט אחד (אין רווחים ביניהם, או שהמחרוזת חייבת להיות
(מרכאות). הפרדה באמצעות רווחים במקום פסיקים מותרת.
רוחב_מסגרת w1,w2,w3, ...
ציין את משך כל מסגרת זמן. ההערות עבור זמני_מסגרת להגיש מועמדות כאן כ
כן.
כדי להגדיר את ערכי ההתחלה והשלב עבור קובץ פונקציונלי עם זמני פריימים קבועים, השתמש ב-
מה היא ייחוס דגל המתואר להלן כדלקמן:
זמן ייחוס: שלב=1 זמן ייחוס: התחלה=0
הדמיה אָפְנוּת
-נומודליות
אין לאחסן את סוג המודליות בקובץ (ברירת מחדל).
-לְלַטֵף נתוני PET.
-mri נתוני MRI.
ספקט נתוני SPECT.
-גמא נתונים ממצלמת גמא.
-גְבֶרֶת נתוני ספקטרוסקופיית MR.
-mra נתוני אנגיוגרפיה של MR.
-ct נתוני CT.
-dsa נתוני חיפוש נייחים (DSA)
-ד"ר נתוני רדיוגרפיה דיגיטלית.
תכונה מפרט
-תכונה משתנה:תכונה=ערך
ציין זאת משתנה צריך להיווצר עם מחרוזת תכונה מכוון ל ערך. ה
מפרט מלא, כולל משתנה, תכונה ו ערך, צריך להיות
כלול בארגומנט אחד בלבד לתוכנית - ייתכן שיהיה צורך בציטוט עבור מחרוזות
המכילים ריקים.
ייחוס משתנה:תכונה=ערך :
כמו -תכונה, אלא עבור ציון ערכי מאפיינים בעלי דיוק כפול.
-תְכוּנָה משתנה:תכונה=ערך
כמו -תכונה or ייחוס, אלא שהסוג נבחר על ידי ניסיון תחילה ל
לפרש את הערך כדיוק כפול - אם זה נכשל, אז הערך נקבע
להיות מחרוזת.
כללי אפשרויות
עזרה הדפס סיכום של אפשרויות שורת הפקודה וצא.
-הפך
הדפס את מספר הגרסה של התוכנית וצא.
השתמש ב-rawtominc באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
