אוגן - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

אוגן - חבילת ביואינפורמטיקה משולבת

תַקצִיר

ugene -וי

ugene [אפשרויות]

תיאור

אוגן היא סביבה חוצת פלטפורמות לניתוח רצפי DNA וחלבונים. אוגן
משלב את אלגוריתמי החישוב הביואינפורמטיקה הפופולריים ביותר ומספק גם ממשק משתמש גרפי (GUI)
וממשק שורת פקודה לביצוע ניתוח מורכב של הנתונים הגנומיים.

התכונות העיקריות של אוגן:

* צפייה וניתוח של רצפי DNA או חלבונים מוערים

* ויזואליזציה ועריכה של כרומטוגרמות

* מציג תלת-ממדי משולב לקבצים בפורמטים PDB ו-MMDB

* תמיכה משולבת בבקשות חיפוש למאגרי מידע של NCBI

* יישור רצפים מרובים באמצעות MUSCLE3, MUSCLE4 ו-KAlign

* בנייה וחיפוש של פרופילי HMM, בהתבסס על מקור HMMER2 ו-HMMER3

אלגוריתמים מודרניים לחיזוי מבנה משני של חלבונים המבוססים על GORIV ו-PsiPred

* ניתוח פילוגנטי עם פיליפ

* תכנון פריימרים של PCR באמצעות חבילת Primer3

* שיבוט in silico

* חיפוש אתרי קישור לגורמי שעתוק ברצפי DNA באמצעות SITECON

* חיפוש אנזימי הגבלה ואינטגרציה עם REBASE

* חיפוש חזרות ישירות והפוכות

* הרכבת DNA באמצעות עניבת פרפר

* תרגום חלבונים חזרה

* חיפוש אחר ORFs

* מעצב/ת לתהליכי עבודה ושאילתות חישוביות מורכבות

אוגן בעל מבנה מודולרי וכמעט כל הפונקציונליות שלו מגיעה בתוך תוספים.
כְּלַפֵּי פְּנִים אוגן מתוכנן עם תמיכה במקביליות כדי להפיק רווח משימוש
מחשבים מרובי ליבות. כל משימת חישוב ב אוגן מתבצע ברקע ועושה
לא לחסום את האינטראקציה של המשתמש עם הממשק הגרפי.

אפשרויות

-וי הפעל גרסת GUI של אוגן

- עזרה הדפס הודעת שימוש המסכמת בקצרה את כל אפשרויות שורת הפקודה ואת התוכנית
גרסה, לאחר מכן צא.

--רישיון
מידע על רישיון dump

--משימה= or שם-הסכימה> אפשרויות סכימה
הפעלת סכמת זרימת עבודה נתונה

--הסתרת-סרגל-הסטטוס
אל תציג את סרגל המצב של המשימות

קובץ-ini=
טען קובץ הגדרות UGENE מותאם אישית

--רמת אי-הופעה ביומן
אל תציג את רמת ההודעה ביומן

--log-אי-הופעה-תאריך
אל תציג מידע על תאריך ושעה ביומן

--קטגוריה של אי-הופעה בלוג
אל תציג את קטגוריית ההודעות ביומן

--מעקב-רמת-לוגריתמים
הצגת הודעות יומן מעקב

--רמת-לוג-ללא
אל תציג הודעות יומן

--info-level-log
הצג הודעות שגיאה ויומן מידע (ברירת מחדל)

--שגיאה ברמת הלוג
הצג רק הודעות יומן שגיאה

--פרטי-רמת-הלוג
הצג פרטים על הודעות יומן

--פלט-צבע-לוג
הודעות פלט צבעוניות

--משימה-מכונה-מרוחקת=
הפעלת משימות שסופקו במחשב מרוחק נתון

--אוג'ין-הישאר-בחיים
אל תפסיקו את האוגן לאחר סיום משימות נתונות

--תרגום=
טען תרגומים של השפה שצוינה. השפה מצוינת כ-ISO בן שתי אותיות
קוד שפה 639

פקודות

אוגן מכיל פקודות עבור רוב התכונות המשמעותיות. ניתן להריץ פקודות כ
ugene [פקודה-ארגומנטים]
ugene --משימה= [פקודה-ארגומנטים]
ראה עזרה עבור כל פקודה הפועלת ugene --עזרה= .
ניתן להעתיק את רשימת הפקודות הזמינות באמצעות ugene --עֶזרָה.

השתמש ב-ugene באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net