זוהי הפקודה vcf-query שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
vcf-query - שאילתת קבצי VCF
תַקצִיר
query-vcf [אפשרויות] file.vcf.gz
אפשרויות
-c, --עמודות
רשימה של שמות עמודות מופרדות בפסיקים.
-f, --פוּרמָט
ברירת המחדל היא '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n'
-l, -- רשימה-עמודות
רשימת עמודות.
-r, --אזור chr: from-to
אחזר את האזור. (מפעיל את Tabix.)
-h, -?, - עזרה
הודעת עזרה זו.
דוגמאות
query-vcf file.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' query-vcf file.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
השתמש ב-vcf-query באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
