זוהי הפקודה WigeoN שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
wigeon - יישום מחדש של הכלי Pintail 16S לזיהוי אנומליות של DNA
תיאור
WigeoN בוחנת את שימור הרצף בין שאילתה להפניה מהימנה
רצף, שניהם בפורמט יישור NAST. מבוסס על זהות הרצף בין השאילתה
ורצף ההתייחסות, יש כמות צפויה של שונות בין היישור.
אם השונות הנצפית גדולה מהכמות של 95% מההתפלגות של
שוני שנצפתה בין רצפים לא חריגים, ואז הוא מסומן כאנומליה.
WigeoN הוא יישום מחדש מבוסס שורת פקודה גמיש של אלגוריתם Pintail Appl
Environ Microbiol. דצמבר 2005; 7112:7724-36.
WigeoN שימושי לסימון כימרות וחריגות רק ב-16S rRNA כמעט באורך מלא
רצפים. ל-WigeoN אין רגישות עם רצפים של פחות מ-1000 bp.
כדי להפעיל את WigeoN, אתה צריך רצפים בפורמט NAST שנוצרו על ידי כלי השירות nast-ier.
WigeoN הוא חלק מחבילת microbiomeutil.
אפשרויות
דָרוּשׁ:
--query_NAST
קובץ multi-fasta המכיל רצפי שאילתות בפורמט יישור
אופציונלי:
--db_NAST
db בפורמט NAST
--db_FASTA
db בפורמט fasta (בפורמט מגבלסט)
--num_top_hits
ברירת מחדל 1: משתמש רק בהתאמה הטובה ביותר.
--עלילה
--לנפות
--exec_dir
cd אל exec_dir לפני ההפעלה
השתמש ב-WigeoN באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
