מאתר מילים - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

מאתר מילים - התאמת רצפים גדולים לרצף אחד או יותר

תַקצִיר

מחפש מילים -רצף seqset -בהמשך המשך [-קובץ מידע matrixf] -gapoopen לצוף
-gapextend לצוף [רוחב מספר שלם] [-wordlen מספר שלם] [-התאמה למגבלות מספר שלם]
[-ליווי מוגבל מספר שלם] [-התאמה נמוכה מספר שלם] [-lowalign מספר שלם] -תיק ליישר
[-קובץ שגיאה אוסף]

מחפש מילים עזרה

תיאור

מחפש מילים היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "יישור:מקומי".

אפשרויות

קֶלֶט סעיף
-רצף seqset

-בהמשך המשך

-קובץ מידע matrixf
זהו קובץ מטריצת הניקוד המשמש בעת השוואת רצפים. כברירת מחדל זה ה
קובץ 'EBLOSUM62' (עבור חלבונים) או הקובץ 'EDNAFULL' (עבור רצפי גרעין). אלה
קבצים נמצאים בספריית 'נתונים' של התקנת EMBOSS.

דרוש סעיף
-gapoopen לצוף
ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 30.0 : 30.0)

-gapextend לצוף
ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 1.5 : 1.5)

נוסף סעיף
רוחב מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 16

-wordlen מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 6

-התאמה למגבלות מספר שלם

-ליווי מוגבל מספר שלם

-התאמה נמוכה מספר שלם

-lowalign מספר שלם

תְפוּקָה סעיף
-תיק ליישר

-קובץ שגיאה אוסף
קובץ שגיאה שיש לכתוב אליו ערך ברירת מחדל: wordfinder.error

השתמש ב-Wordfindere באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net