זוהי הפקודה wossdatae שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
wossdata - מוצא תוכניות לפי נתוני EDAM
תַקצִיר
wossdata -מזהה מחרוזת [-לְהִתְפּוֹצֵץ בוליאני] [-הצג מילות מפתח בוליאני] -רָגִישׁ בוליאני
-מחלקות משנה בוליאני -מְיוּשָׁן בוליאני -הבלטה בוליאני -שגרירות בוליאני
-שגרירות מחרוזת -המעי הגס בוליאני -גוי בוליאני [-תיק אוסף] [-html לְמַתֵג]
[-קבוצות בוליאני] [-אלפביתי בוליאני]
wossdata עזרה
תיאור
wossdata היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפיקוד "אונטולוגיה:EDAM,תיעוד".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-מזהה מחרוזת
נוסף סעיף
-לְהִתְפּוֹצֵץ בוליאני
לקבוצות שאליהן שייכים יישומי EMBOSS יש שתי צורות, מפוצצות ולא
התפוצץ. שמות הקבוצות המפוצצים רבים יותר ולעתים קרובות מנוסחים במעורפל מאשר
אלה שלא התפוצצו. השמות המפוצצים נוצרים מהגדרות של הקבוצה
שמות שמתחילים כמו NAME1:NAME2 ואשר לאחר מכן מורחבים לשילובים רבים
מבין השמות כמו: 'NAME1', 'NAME2', 'NAME1 NAME2', NAME2 NAME1'. השמות הלא מורחבים
הם פשוט כמו: 'NAME1 NAME2'. ערך ברירת מחדל: N
-הצג מילות מפתח בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
מתקדם סעיף
-רָגִישׁ בוליאני
כברירת מחדל, מילות המפתח של השאילתה מותאמות לשמות המונחים של EDAM (ומילים נרדפות)
רק. אפשרות זו גם מתאימה את מילות המפתח מול הגדרות המונחים והרצון של EDAM
לכן (בדרך כלל) דווח על התאמות נוספות. ערך ברירת מחדל: N
-מחלקות משנה בוליאני
הרחב את התאמות השאילתה כך שיכלול את כל המונחים שהם התמחויות (EDAM
תת-מחלקות) מהסוג המותאם. ערך ברירת מחדל: Y
-מְיוּשָׁן בוליאני
התנהגות ברירת המחדל היא לא להשתמש או להחזיר תנאים מיושנים. אפשרות זו אם מוגדרת תהיה
לכלול את כל התנאים. ערך ברירת מחדל: N
-הבלטה בוליאני
אם תשתמש באפשרות זו, יתבצע חיפוש בתיעוד של תוכנית EMBOSS. אם זה
האפשרות מוגדרת כ-false, אז רק תכניות EMBASSY יבוצעו חיפוש (אם
-אפשרות השגרירות נכונה). תוכניות EMBASSY אינן אך ורק חלק מ-EMBOSS, אלא שימוש
אותן ספריות קוד וחולקות את אותו המראה והתחושה, אך מפותחות בדרך כלל
על ידי אנשים שרוצים שהתוכניות יהיו מחוץ לתכנית הרישיון הציבורי הכללי של גנו
ערך ברירת מחדל: Y
-שגרירות בוליאני
אם תשתמש באפשרות זו, יתבצע חיפוש בתיעוד של תוכנית EMBASSY. אם זה
האפשרות מוגדרת כ-false, אז רק תוכניות ה-EMBOSS ייבדקו (אם
-אפשרות הבלטה נכונה). תוכניות EMBASSY אינן אך ורק חלק מ-EMBOSS, אלא משתמשות ב-
אותן ספריות קוד וחולקות את אותו המראה והתחושה, אך מפותחות בדרך כלל על ידי
אנשים שרוצים שהתוכניות יהיו מחוץ לתכנית הרישיון הציבורי הכללי של גנו
ערך ברירת מחדל: Y
-שגרירות מחרוזת
אם אתה משתמש באפשרות זו, תיעוד תוכנית חבילת EMBASSY זה יהיה
חיפשו. תוכניות EMBASSY אינן אך ורק חלק מ-EMBOSS, אלא משתמשות באותו קוד
ספריות וחולקות את אותו המראה והתחושה, אך מפותחות בדרך כלל על ידי אנשים אשר
רוצה שהתוכניות יהיו מחוץ לתכנית הרישיון הציבורי הכללי של GNU
-המעי הגס בוליאני
הקבוצות שיישומי EMBOSS שייכים לעד שתי רמות, למשל
לקבוצה הראשית 'ALIGNMENT' יש כמה תת-קבוצות, או קבוצות ברמה השנייה, למשל:
קונצנזוס, הבדלים, עלילות נקודות, גלובליות, מקומיות, מרובות. כדי לסייע לתוכניות שמנתחות
הפלט של wossname שדורשים את השמות של תת-קבוצות אלו, נקודתיים ':' יהיה
ממוקם בין הרמה הראשונה והשנייה של שם הקבוצה אם אפשרות זו נכונה.
הערה: זה לא חל אם שמות הקבוצות התפוצצו עם ה-'פיצוץ'
אוֹפְּצִיָה. ערך ברירת מחדל: N
-גוי בוליאני
אפשרות זו נועדה לסייע למי שמעצב ממשקי משתמש גרפיים
יישומי EMBOSS. חלק מתוכניות EMBOSS אינן מתאימות להפעלה ב-GUI,
אלה כוללים תוכניות תפריט אחרות ועורכי עור אינטראקטיביים. אפשרות זו מאפשרת לך
דווח רק על התוכניות שניתן להפעיל מ-GUI ערך ברירת מחדל: N
תְפוּקָה סעיף
-תיק אוסף
ערך ברירת מחדל: stdout
Html סעיף
-html לְמַתֵג
אם אתה שולח את הפלט לקובץ, זה יעצב אותו להצגה כטבלה
במסמך WWW. ערך ברירת מחדל: N
-קבוצות בוליאני
אם תשתמש באפשרות זו, רק שמות הקבוצות יישלחו לקובץ ברירת המחדל
ערך: N
-אלפביתי בוליאני
אם תשתמש באפשרות זו, תקבל רשימה אחת של שמות התוכניות ו
תיאורים במקום שהתוכניות יופיעו בקבוצות הפונקציונליות שלהן. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: N
השתמש ב-wossdatae באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
