זוהי אפליקציית לינוקס בשם Exact Subgraph Matching Algorithm, אשר את הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם esm-1.0.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם אלגוריתם התאמה תת-גרפי מדויק עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
אלגוריתם התאמה מדויקת של תת-גרף
Ad
תיאור
בעיית התאמת תת-גרפים (איזומורפיזם תת-גרף) היא NP-שלמה. עיצבנו אלגוריתם התאמת תת-גרפים מדויקת (ESM) פשוט עבור גרפי תלות באמצעות גישת מעקב לאחור. סיבוכיות האלגוריתם הכוללת במקרה הגרוע ביותר היא O(n^2 * k^n) כאשר n הוא מספר הקודקודים ו-k הוא דרגת הקודקוד.
הדגמנו את השימוש המוצלח באלגוריתם שלנו בשלושה יישומים ביו-רפואיים לחילוץ קשרים ואירועים: משימות משותפות של BioNLP 2011 בנושא חילוץ אירועים, זיהוי אסוציאציות בין שאריות חלבון וזיהוי אינטראקציה בין חלבונים.
יישום ג'אווה זה מיישם את אלגוריתם ה-ESM שלנו. ראה קובץ README: https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/files/
אם אתם משתמשים ביישום ESM שלנו לתמיכה במחקר אקדמי, אנא צטו את המאמר הבא:
חייבין ליו, ולאדו קסלג' וכריסטיאן בלוין. בחינת גישת התאמת תת-גרפים לחילוץ אירועים ביולוגיים מהספרות. בינה חישובית, 2013.
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
Java
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
