זוהי אפליקציית לינוקס בשם NGSEP להפעלה מקוונת בלינוקס, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם NGSEPcore_4.0.1.jar. ניתן להפעיל אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם NGSEP כדי להריץ אותה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
NGSEP לריצה מקוונת בלינוקס
תיאור
NGSEP היא מסגרת משולבת לניתוח נתוני רצף תפוקה גבוהה של DNA. השימוש העיקרי ב-NGSEP הוא בנייה וניתוח במורד הזרם של מערכי נתונים גדולים של שונות גנומית. NGSEP מבצעת זיהוי וגנוטיפ מדויקים של וריאנטים נוקלאוטידים בודדים (SNVs), אינדלים קטנים וגדולים, חזרות טנדם קצרות (STRs), היפוכים וריאנטים של מספר העתקות (CNVs). NGSEP מספקת גם מודולים לביאורים פונקציונליים, סינון, המרת פורמטים, השוואה, אשכולות, זקיפה, ניתוח כניסות וסוגים שונים של סטטיסטיקה. רשימה מלאה של פונקציות זמינה בוויקי שלנו (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).חדשות: זה עתה פרסמנו את גרסת שורת הפקודה הראשונה של גרסה 4, כולל יישום משלנו של יישור קריאות מבוסס אינדקס FM. השימוש בשורת הפקודה תוקן בכל האפליקציה. אנא קחו את הזמן לעדכן את הסקריפטים כדי לשדרג לגרסה החדשה הזו. פרטים נוספים זמינים בוויקי.
תכונות
- זיהוי SNPs, CNVs וגרסאות מבניות
- יישור קריאות גולמיות לגנום ייחוס
- מניפולציה של VCF: ביאור פונקציונלי, מיזוג, סינון, השוואה, המרת פורמט, זקיפה
- חישוב ותרשים סטטיסטי של SAM/BAM ו-VCF
- קורא Demultiplexing
- יישור של מכלולי גנום מוערים
- סטטיסטיקה וסינון על הודעות תעתיק בפורמט GFF3
קהל
תעשיית הבריאות, מדע/מחקר, קהל אחר, חקלאות
ממשק משתמש
Java SWT, קונסולה/טרמינל, Eclipse
שפת תכנות
Java
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ngsep/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
